Среди братии Высокопетровского монастыря был в то время молодой архимандрит Алексий (Сергеев). Он не любил монашеского образа жизни и не стремился к духовному подвигу. ОГПУ предложило ему сотрудничество, на что он дал согласие и стал время от времени составлять списки прихожан и монахов и сообщать о них сведения, необходимые для их ареста. Все в монастыре, а также близкие к монастырю прихожане знали о его зловещей роли и сторонились его. В начале 1933 года архимандрит Алексий подал в ОГПУ сведения о том, что при храме преподобного Сергия созданы нелегальный монастырь и Духовная академия, и во время следствия выступил свидетелем обвинения против братии и прихожан Сергиевского храма. Он показал на следствии: «Сергиевская церковь, по существу, является нелегальным монастырем, где группируются контрреволюционные антисоветские элементы… Руководящую роль в контрреволюционной деятельности нелегального монастыря занимают, кроме епископа Варфоломея (Ремова)… (далее он перечислил восемь священноиноков и среди них иеродиакона Феодора. — И. Д.). Контрреволюционная деятельность означенного нелегального монастыря проводилась в направлении активной борьбы с властью путем вербовки и обработки в антисоветском духе молодежи с целью создания контрреволюционных кадров тайного монашества в советских учреждениях, путем нелегальных богослужений на квартирах с целью подготовки перехода в подполье, организации нелегальной академии, организации нелегальной помощи сосланным за контрреволюционную деятельность церковникам. Контрреволюционная организация в процессе деятельности успела обработать в контрреволюционном духе молодежь, завербовав в тайные послушники следующих лиц… (далее он перечислил имена четырнадцати человек. — И. Д.). Молодежь обрабатывалась таким способом, чтобы не только ее оторвать от общественной жизни и общественных организаций, но и внушалась мысль, что общественные организации развращают молодежь… Монастырем завербовано в тайное монашество шестьдесят человек, фамилий всех не знаю, но некоторые из них мне известны… Монашки руководились иеромонахами через ежедневное писание рапортичек–помыслов о повседневной жизнедеятельности, на которые они получали от иеромонахов руководящие указания. Руководящую роль в контрреволюционной деятельности нелегального монастыря выполнял вернувшийся из ссылки бывший князь Ширинский–Шихматов, который лично мне рассказывал о творящихся ужасах и издевательствах над заключенными, что он всегда готов вести борьбу с ненавистной ему советской властью. Я участия в этой контрреволюционной деятельности не принимал, просто в силу служебных обязанностей по монастырю пришлось быть свидетелем означенных контрреволюционных действий, о чем чистосердечно сообщаю».
28 марта 1933 года иеродиакон Феодор был арестован. Всего по этому «делу» было арестовано двадцать четыре человека — священнослужителей и мирян. Среди других был арестован и иеромонах Никола (Ширинский–Шихматов).
1 апреля 1933 года следователь допросил иеродиакона Феодора. Побеседовав с ним, он составил протокол ответов на интересующие следствие вопросы. «Я, как бывший дворянин, не имея перспектив, решил посвятить свою жизнь служению культу. Служа в Красной армии в 1927—1928 годах, я ходил в красноармейской одежде в церковь и помогал в богослужении, читая Евангелие, Псалтирь и прочее. После окончания службы в Красной армии я перешел в нелегальный, бывший Петровский, монастырь, который существовал при церкви Сергия на Дмитровке. Мне известно, что в этом монастыре производились тайные постриги в монахи и в монахини. Постригались люди из числа верующих — проверенных ревнителей Церкви. Мне известны два пострига — Прокофьева Григория (Сергия) и Николы, служащего священником в селе Никольском. Кроме тайных постригов, при церкви Сергия на Дмитровке существовал нелегальный монастырь, куда собирались монахи и монашки из разных закрытых монастырей. Количество собирающихся я указать не могу, но предполагаю, что их было более пятидесяти. Нелегальный монастырь, в котором я состоял, был озабочен тем, чтобы подготавливать квалифицированные кадры. Помимо того, что я получал опыт от старых монахов, я старался получить богословское образование. Мне известно, что при нашем нелегальном монастыре существовала нелегальная духовная академия, преподавателями которой были протоиерей Смирнов и профессор Четвериков. У Смирнова лично я прослушал несколько лекций, которые он читал у себя на колокольне».
Прочитав написанное следователем, отец Феодор написал: «Содержание данного протокола считаю НЕ соответствующим действительности». Слово «не» отец Феодор написал большими буквами и подчеркнул жирной чертой. На этом допрос был закончен. И сколько впоследствии ни допрашивал его следователь, отец Феодор отказался давать какие бы то ни было показания, о чем следователь вынужден был сделать соответствующую запись. «Не ведают, что творят», — говорил о них впоследствии отец Феодор, жалея их.