В феврале 1930 года сотрудники ОГПУ арестовали протоиерея Иоанна Смирнова и вместе с ним членов церковной общины, всего одиннадцать человек. Все они были заключены в тюрьму в городе Коломне. На допросе следователи стали спрашивать священника о его отношении к советской власти и к закрытию ею собора. Причем вопросы были поставлены так, что и положительными ответами и отрицательными следователи могли воспользоваться для обвинения священника, и потому отец Иоанн решил отвечать как можно более уклончиво.
«С июня 1904 года я проживаю в городе Зарайске беспрерывно, — сказал священник, — и выполняю обязанности священнослужителя Спасо–Преображенской церкви. В 1917 году и по настоящее время к партийным течениям не примыкал и никакого участия в их работе не принимал. Происхожу из духовного звания, из имущества ничего никогда не имел, кроме домашней обстановки и одежды.
В религиозном отношении я примыкаю к староцерковникам (тихоновцам). К изъятию церковных ценностей в 1922 году отношусь безразлично — не был за то, чтобы церковные ценности были изъяты, и не был за то, чтобы их оставляли. К закрытию собора в Зарайске я также относился безразлично. К советским мероприятиям отношусь сочувственно, так как это вызывается ходом исторических моментов, и против таких мероприятий я не шел и считаю их вполне нужными и необходимыми. Против мероприятий советской власти я никогда не шел и контрреволюционных агитаций не проводил. Виновным себя я ни в чем не признаю».
30 апреля 1930 года тройка ОГПУ приговорила протоиерея Иоанна к трем годам ссылки в Северный край.
После ареста священника власти в Никольском соборе сначала разместили музейную экспозицию, но затем бесценная церковная утварь и древние рукописи были вывезены и в храме разместился архив НКВД. Иоанно–Предтеченская церковь была обращена в кинотеатр.
Жена священника, Зинаида Ивановна, с пятью детьми была выселена из церковного дома. Первое время они скитались по городу, находя лишь временное пристанище. Она просила милостыню, а дети, чтобы выжить, выполняли самые разные работы.
Однажды утром Зинаида Ивановна открыла дверь и увидела на пороге узелок с продуктами, к которому не было приложено никакой записки. То же самое повторилось и на второй день, и на третий, и в последующие дни, до тех пор, пока одной из дочерей не удалось получить постоянную работу, что несколько облегчило их положение. Им так и не удалось узнать, кто был их благодетелем, но Зинаида Ивановна всегда считала, что это помощь угодника Божия святителя Николая.
По возвращении из ссылки отец Иоанн был назначен настоятелем Спасо–Преображенского храма в Зарайске. В 1937 году усилились гонения на Русскую Православную Церковь. По требованию властей секретные осведомители стали собирать сведения о возвратившихся из ссылки священниках. Один из них писал об отце Иоанне, будто тот в разговоре с ним говорил: «Всему тому, что пишут в советской печати, верить нельзя. Советская власть только что и живет за счет обмана, иначе ее давно бы свергли. Кричат, что народу весело и хорошо живется, а в магазинах в городе сахара нет, тогда как в старое время им скот кормили. На что только смотрит народ, ведь это нужно иметь адское терпение, чтобы переносить такие муки и терзания, неужели они не образумятся?»
«11 августа в Спасской церкви в Зарайске состоялась так называемая торжественная служба, на которую собралось шесть попов, — писал осведомитель. — До начала службы Смирнов, обращаясь к попам, сказал:«Советская власть опять возвращается к арестам 1930 года; в городе Москве арестовали архиерея Иоанна и много священников. Вот вам и конституция, вот вам и неприкосновенность личности… мы репрессий бояться не должны, а должны стоять твердо на своем посту»».
В середине августа 1937 года следователь допросил лжесвидетелей, которые подписали показания, им составленные. 20 августа сотрудники НКВД арестовали отца Иоанна, и он был заключен в одну из тюрем Коломенского района. Его обвинили в том, что он «высказывает гнусную контрреволюционного характера клевету на советскую власть, призывает население при выборах в советы голосовать против коммунистов, высказывает пораженческие настроения против советской власти, террористические настроения против коммунистов». Во время допроса следователь сказал отцу Иоанну:
—Следствию известно, что вы среди населения города Зарайска вели контрреволюционную работу, доказывали, что в Советском Союзе жизнь тяжела…
— Верующие сами неоднократно обращались ко мне с жалобами на тяжелую жизнь. Я верующим разъяснял, что они терпят все муки и тяжести сами от себя и что Господь Бог послал им это для испытания, как православным, — ответил священник.
— Следствию известно, что вы 11 августа 1937 года в помещении Спасской церкви говорили присутствующим о репрессиях в городе Москве против духовенства в связи с предстоящими выборами в советы. Признаете это?