Следователь поинтересовался отношением отца Иоанна к советской власти. «После революции 1917 года с переходом власти к советам мое отношение к советской власти не было сочувственное, — ответил отец Иоанн. — Причиной этому было следующее: в церковь врывались без всякого соблюдения порядка и приличия, входили в шапках, курили и чуть ли не устраивали танцы. На меня, как на человека религиозного, это действовало отрицательно, и приход советской власти мною не был встречен сочувственно. В дальнейшем советскую власть я рассматривал как и всякую власть — от Бога».
В качестве свидетельницы 1 октября была допрошена учительница села Протопопова, которая сказала: «Религиозная работа церковников в селе чувствуется на учащихся. Среди детей моей группы замечаются иногда выражения недовольства против введения каких‑либо новшеств, были случаи — ученики высказывали недовольство против занятий в воскресенье. Двое учеников долгое время в церкви прислуживали священнику, и только когда весь класс стал над ними смеяться, один из них прислуживание прекратил… Многие из учеников ходят петь на клиросе, бывает так, начинаются занятия, а часть ребят поют в церкви. Кроме того, неоднократно мне со стороны учеников были заявления, что священник при встрече кого‑либо из них или при обходе с молебнами домов заставлял, убеждал обязательно ходить в церковь. С неделю тому назад мне была подброшена анонимная записка следующего содержания:«Не хотим учиться в воскресенье и отдыхать во вторник, долой вторник, да здравствует воскресенье»».
1 и 2 октября состоялись заседания церковного совета Троицкого храма. Собравшиеся говорили, что священник арестован необоснованно, ничего противозаконного он не совершал, поэтому за него надо хлопотать, чтобы его освободили. Чтобы не навлечь подозрений на церковный совет, было принято решение в ближайшее время провести собрание всего прихода, чтобы на этом собрании верующие сами выступили с этой инициативой.
Через несколько дней ОГПУ были арестованы псаломщик, заместитель председателя церковного совета, а также церковный староста Иван Летников.
Исповедник Иоанн (Иван Леонтьевич Летников) родился в 1860 году в селе Протопопово Коломенского уезда Московской губернии. Вместе с тестем Андреем Салтыковым, во владении у которого было несколько барж и пароходов на реке Оке, Иван Летников занимался покупкой ржи, которую перемалывали затем в муку и отвозили в Москву на продажу. Впоследствии Иван стал лесопромышленником, имел свой лесопильный завод и мельницу. В 1918 году он добровольно отдал государству лесопильный завод и занялся крестьянским трудом.
Троицкая церковь в селе Протопопово была перестроена Андреем Салтыковым. В 1897 году были отстроены приделы во имя Святогорской иконы Божией Матери и во имя преподобного Андрея Критского. С 1904 по 1929 год Иван Леонтьевич был старостой этого храма.
Иван Леонтьевич был арестован 5 октября 1929 года. Будучи допрошен, Иван Леонтьевич не признал себя виновным и не согласился оговорить священника. 12 октября следователь зачитал ему постановление о предъявлении обвинения, подписывать которое Иван Леонтьевич отказался. 17 октября состоялся дополнительный допрос, и в тот же день ему было объявлено об окончании предварительного следствия. «Виновным себя в предъявленном мне обвинении не признаю», — заявил он следователю.
Все время заключения священник Иоанн Калабухов и церковный староста Иван Летников содержались под стражей в Коломенской тюрьме. 23 декабря 1929 года тройка ОГПУ приговорила отца Иоанна к трем годам заключения в концлагерь, а Ивана Летникова к высылке в Северный край на три года.
Тяжелые условия заключения, этапа и жизни на Крайнем Севере подорвали здоровье Ивана Леонтьевича, которому исполнилось тогда 70 лет. 25 октября 1930 года он умер в городе Архангельске и был погребен в неизвестной могиле.
В 1932 году, по отбытии наказания в лагере в городе Котлас, отец Иоанн вернулся в село Протопопово и восстановил служение в Троицком храме. Во время выдачи паспорта ему, как бывшему заключенному, запретили проживание в режимной зоне, и с 1933 года он переселился в село Озерицы Луховицкого района и служил в Ильинском храме.
В разгар беспощадных гонений в конце 1930–х годов против Русской Православной Церкви священник Иоанн Калабухов был 16 февраля 1938 года арестован и сразу же допрошен.
— В 1937 году на праздник Ильин день вы говорили в церкви проповедь о том, что настало смутное время и со стороны коммунистов идет гонение на Церковь, потерпите, скоро придет конец. Говорили вы такую проповедь?
— Нет, такой проповеди я не мог говорить и не говорил, и вообще я проповедей не говорил совсем.
— В январе 1938 года вы ходили в селе Ивняги с молебном по домам или нет?
—Нет, не ходил. На это нужно разрешение сельсовета. Я один раз попробовал, обратился в 1936 году в сельсовет за разрешением, но сельсовет разрешения не дал, и я больше не обращался и с молебнами по приходу не ходил.