24 сентября 1929 года следователь допросил священника, предъявив ему обвинение в противодействии хлебозаготовкам и в антисоветской деятельности. Выслушав обвинения, отец Сергий сказал: «Виновным себя не признаю. По делу могу лишь показать: в церкви я действительно обратился к верующим и просил мне помочь материально деньгами. О непосильности наложенных на меня налогов я не говорил, а говорил лишь только о том, что мне трудно выплатить все платежи, так как вы сами, некоторые верующие, мне ничего не платите, тогда как с меня учитывают в полной мере, за весь приход. О заготовках хлеба — в церкви не было сказано ни слова. На Пасху я действительно приветствовал христиан и говорил, что мы должны хранить в себе веру, но о власти не было произнесено ни одного слова. Я совершенно лояльно отношусь к советской власти, и когда утверждали устав нашего религиозного общества, я произнес речь, в которой указал на то, что в нашем обществе ни в коем случае не должно быть противников власти, и всегда я старался государственные повинности выполнить первый. К толпе я никогда не обращался, а обращался, если было нужно, прямо к центральной власти. Я считаю наложенную на меня норму хлеба неправильной и непосильной, так как у меня не было такого урожая. От секретаря сельсовета я узнал, что на меня наложено сто семьдесят пять пудов ржи, он указал, что сегодня вечером будет пленум сельсовета, на котором я могу подать свое заявление, так как сам он от меня его не принял. Когда я пришел к сельсовету, выяснилось, что пленума не было».
23 октября 1929 года власти арестовали отца Сергия и шестерых крестьян. В тот же день священник подал следователю заявление, в котором писал: «Начальник милиции при Захаровском ВИКе при мне доложил начальнику милиции Рязанского округа, что я будто бы отказывался платить хлеб и агитировал граждан не платить хлеб. Не знаю, откуда начальник милиции почерпнул сведения, но эта кляуза не соответствует действительности.
Прошу допросить всех членов сельсовета и председателя комитета взаимопомощи, что я еще 5 сентября подал письменное заявление, где обещался сдать немедленно излишки хлеба, но просил приставить контроль при обмолоте моей ржи и очистке зерна за мой счет. И после неоднократно просил сельсовет о том же. Это исполнимо. Требовалось только распоряжение, а каждый член сельсовета рад бы был при других условиях заработать при безработице. Но было не выгодно контролировать меня, так как членам сельсовета пришлось бы последовать моему примеру — выяснить добросовестно у себя и у других граждан наличие излишков хлеба, устроить соревнование в сдаче хлеба. А у них у первых были излишки хлеба… Они не удовлетворили моего ходатайства, а я еще в сентябре сдал бы рожь. Говорят, что у нас много дворов, тогда бы пришлось и у них контролировать. Но это неверно фактически. Никто не заявлял желания контроля у себя, и забегать вперед, говорить о них не было основания. А если бы нашлись таковые граждане, то это следовало бы приветствовать и даже устроить бы соревнование. Ни труда, ни расхода для сельсовета, а для государства была бы польза. Не потребовалось бы ходить по амбарам, рыться в сундуках, арестовывать и увеличивать делопроизводство в судах. Я уверен, что, глядя на членов сельсовета, и граждане не очень бы беспокоили своими просьбами сельсовет.
5 октября председатель сельсовета указала мне машину, и я 6 октября обмолотил. Одна копна не обмолочена по случаю полома машины, после она ручным способом обмолочена. Ждал очереди получить веялку. Не дождавшись, перевеял поломанной веялкой и сдал государству.
Итак, я стремился сдать, что имел. Но от покупки ржи для сдачи я отказался. Кляуза обо мне исходит от тех, которые устроили ширмы из меня для прикрытия своих фактических излишков».
22 ноября следствие было закончено. Отца Сергия обвинили в том, что будто бы он, «используя религиозные предрассудки крестьян, в особенности женщин, в целях ослабления мощности советской власти произносил в церкви проповеди, указывая в них на невыполнимость хлебозаготовок, а также на то, что советская власть одурачивает крестьян, соблазняет их и тому подобное».
29 января 1930 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило отца Сергия к трем годам заключения в концлагерь. Наказание он отбывал в Пенюжском, Архангельском и Вишерском лагерях. В феврале 1932 года отец Сергий вернулся домой, и ему пришлось устроиться счетоводом в совхозе. Через полгода он был уволен по сокращению штатов. Полгода он был без работы, а затем был назначен настоятелем Пятницкой церкви в селе Мягкое Серебрянопрудского района.
22 ноября 1937 года отец Сергий был арестован, заключен в тюрьму при районном отделении НКВД в Тульской области и через несколько дней допрошен.
—Допрошенные нами свидетели Крюков, Пименов и другие показали, что в разговорах с ними вы проводили антисоветскую агитацию, — и следователь зачитал показания свидетелей. — Следствие требует от вас признания своей вины.