Игуменом Троице-Сергиевой лавры Паисий продержался года два с небольшим (1479–1481). За это время он успел обогатить лаврскую библиотеку книгами о духовной жизни, особенно об «умной» (внутренней) молитве, но постригшиеся в этом монастыре «боярские дети» и прочие свободолюбивые люди без сопротивления не сдавались и, в конце концов, применив угрозы физического убиения, вынудили игумена к «добровольной» отставке. Специально для современного читателя подчеркну: тут дело не в том, что игумен боялся за свою жизнь, а в том, что институт монашества, в отличие от, например, Федеральной службы исполнения наказаний, не предусматривает никаких методов воздействия на потенциальных убийц; разные цели воспитания диктуют выбор различных средств, а также и различного исходного человеческого материала. Если игумен не мог решить проблему изгнанием из монастыря некоторой части монахов, то у него не оставалось выхода, кроме как уйти самому. После этой истории перспектива оказаться во главе всей церковной организации Московской Руси должна была представляться Паисию еще менее привлекательной, тем более что она требовала вовлечения в хронический конфликт между великим князем и митрополитом Геронтием.
Паисий, судя по всему, был по своему складу исихастом – молитвенником и книжником. Он охотно помогал тем, кто сам обращался к нему за наставлениями, но он был не из тех, кто умел оказывать принуждение.
В качестве игумена Троице-Сергиевского монастыря Паисий выступил истцом в судебном споре из-за земли против Кирилловского игумена Нифонта. Это важный факт, доказывающий, что, подобно Кириллу Белозерскому, Паисий не считал монастырское землевладение недопустимым в принципе. Трудно предположить, чтобы Нил Сорский думал иначе. Будущая полемика нестяжателей против монастырского землевладения окажется связанной только с той конкретной ситуацией, которая сложится на Руси.