Присутствовал по обычаю и сам царь, окруженный толпой опричников. Когда крестный ход достиг святых ворот и остановился для прочтения Евангелия, святой Филипп обратился к народу, чтобы преподать
Царь окинул взором свою свиту, но опричник уже успел снять и скрыть свою тафью. Это рассердило Грозного, и он непременно хотел дознаться, кто учинил беззаконие. Несмотря на это, никто из присутствующих не посмел открыть виновного, потому что он был одним из любимцев царских. Приближенные же, Иоанну сумели уверить его, что митрополит солгал, издеваясь всенародно над его царской державой. Тогда разгневанный царь стал грубо ругать святителя. Называл его лжецом, мятежником, клялся, что уличит его во всем! И с этого же дня начал проводить свое намерение относительно низложения святого Филиппа.
Желая придать своему замыслу вид законности, Иоанн не задумался устроить показной суд над праведником. Ему хотелось, чтобы митрополит был низложен как бы за свое дурное поведение. С этой целью царь приказал схватить всех главных бояр и сановников митрополичьих. Их заключили под стражу, пытали, стараясь выведать что-нибудь недоброе о святителе, но ничего не допытались. Тогда, не надеясь найти оснований к обвинению святого Филиппа в Москве, где его жизнь, сиявшая добродетелями, была известна всем и каждому, послали на Соловки известных недоброжелателей Филиппа: Суздальского епископа Пафнутия, андрониевского архимандрита Феодосия и князя Василия Темкина с военным конвоем, как бы для расследования его тамошней жизни.
Прибыв в Соловецкий монастырь, они употребили все – и ласки, и угрозы, и дары, и обещания почестей, чтобы найти между иноками лжесвидетелей на митрополита. Более всего старался Пафнутий, который не хотел слышать ни одного слова правды о святом. Обещанием епископского сана он привлек на свою сторону игумена Паисия, недостойного преемника святого Филиппа по игуменству. Примером настоятеля соблазнилось еще несколько легкомысленных иноков, а на других подействовали угрозами. Были, однако, благочестивые старцы в Соловецкой обители, которые, несмотря на все угрозы и даже мучения, не согласились лгать. Они единодушно свидетельствовали о непорочной жизни святого Филиппа и его отеческом попечении о спасении вверенной его надзору братии. Но послы царские не слушали их. Записав клеветы и лжесвидетельства на святителя и взяв с собой Паисия и других клеветников, они поспешили в Москву.
Иоанн Грозный, которому немедленно были доставлены лживые обвинения против святого Филиппа, остался ими доволен и приказал собраться боярам и епископам в соборной церкви Успения для открытого суда над митрополитом. Это было 4 ноября.
В назначенный час прибыли сам государь и невинно обвиняемый первосвятитель; облаченный в святительские одежды, предстал он на суд. Началось чтение доносов, но обвинителей налицо не было, ибо царь побоялся дать святому очную ставку с клеветниками. По прочтении доносов остановились, чтобы выслушать обвиняемого. Святой Филипп, считая излишним оправдываться, ибо знал, что его участь уже заранее решена, обратился к царю с такими словам: «Государь и великий князь! Ты думаешь, я боюсь тебя или смерти? Нет! Лучше умереть невинным мучеником, чем в сане митрополита безмолвно терпеть все эти ужасы беззакония. Твори, что тебе угодно. Вот жезл пастырский, вот клобук и мантия, которыми ты хотел меня возвеличить. А вы, служители алтаря, – продолжал святитель, обращаясь к епископам, – пасите верно стадо Христово; готовьтесь дать ответ Богу и страшитесь Царя Небесного более, чем земного».
Сказав эти слова, святой Филипп снял с себя знаки своего достоинства и хотел удалиться, но царь остановил его, сказав, что ему должно еще ожидать соборного определения, а не быть своим судьей. Принудил его взять обратно одежду святителя и еще служить обедню 8 ноября.
Это был праздник Архангела Михаила. Митрополит Филипп в полном святительском облачении стоял на своем месте в Успенском соборе, готовясь в последний раз совершить Бескровную Жертву Господу.
Вдруг с шумом растворились двери церковные и в собор вошел царский любимец Алексей Басманов с толпою воинов и опричников. Богослужение было прервано. Басманов приказал прочитать вслух перед всем народом царский указ и приговор собора о низложении митрополита, причем оглашены были и все клеветы на него. По окончании чтения пришедшие с яростью кинулись на святителя и стали срывать с него священные одежды. Святой Филипп не смутился духом и старался успокоить свой клир.