Трагедия случилась в ноябре 1581 года (скорее всего 14 ноября). Царь с челядью жил тогда в столице опричнины — Александровской слободе. Одни историки полагали, что убийство царевича было не случайным — царь видел в умном, образованном, сильном и вполне достойном наследнике соперника, способного занять русский трон. Другие считали, что наоборот, царь и не думал убивать Ивана, все произошло совершенно случайно. По их версии, Грозный однажды встретил в одной из палат дворца невестку, одетую, как он полагал, неподобающим образом — не то число нижних рубашек было на ней! В палатах было жарко, и беременная Елена действительно слегка облегчила свои одеяния. И тут с царем, никогда не отличавшимся особым стремлением соблюдать приличия, случился приступ гнева — неоправданный, несправедливый. Царь в порыве дикой ярости набросился на несчастную беременную невестку, а увидевший эту безобразную сцену царевич, конечно же, встал на защиту любимой жены. И вот тогда отец ударил сына своим посохом, на котором был острый железный наконечник. Удар, попавший в висок, оказался смертельным — по одним источникам, царевич скончался сразу, по другим — после ужасных мучений, через четыре дня, 19 ноября. От страшных переживаний беременность Елены закончилась выкидышем. Оставшуюся часть жизни она, в одночасье потерявшая мужа, ребенка и статус будущей царицы, провела в монастыре.
Иван-царевич, волею отца не доживший и до тридцати лет, умер, не оставив потомства. Погребли его торжественно, в московском Архангельском соборе, по всем канонам. Горе Ивана Грозного было безмерным. Как мог, он замаливал свой страшный грех: отправлял дорогие дары в монастыри, заказывал службы, молил Господа о прощении…
Но сегодня многие специалисты по истории России полагают, что царь не убивал своего сына. Нет об убийстве царевича ни слова или хотя бы намека и в русских летописях. Лишь констатация факта: царевич скончался в Александровской слободе 17 ноября 1581 года. В 1963–1965 годах в Архангельском соборе Московского Кремля были вскрыты гробницы и изучены останки царевича Ивана. Официальные результаты таковы: никаких открытых черепно-мозговых травм у царевича не обнаружено! Смерть наступила в результате отравления ядом!
В экспертном заключении говорится, что при исследовании волос, извлеченных из саркофага Ивана Ивановича, крови не обнаружено (молекулярная структура крови такова, что смыть ее следы с волос никакими средствами невозможно), зато ученые обнаружили в останках царевича Иоанна мышьяк и ртуть, причем содержание мышьяка превышает смертельно допустимую норму в 3 раза, а содержание ртути — в 33 раза! Итак, получается, что Ивана Грозного оклеветали!
Гнусный клеветник, как полагают сегодня историки, — это монах-иезуит Антоний Поссевин, который приехал в Москву спустя несколько месяцев после смерти царевича как личный представитель (легат) папы Григория XIII с целью подчинить Русскую Церковь папскому престолу. Однако у него ничего не получилось — царь устоял перед богатыми посулами Ватикана и не предал православия. Миссия была провалена. И тогда прелат возненавидел русского государя и сочинил пасквиль о том, что Иван Грозный в порыве гнева убил своего сына и наследника престола царевича Ивана.
А затем эту историю подхватил другой иностранец, немец Генрих Штаден, бывший опричником на царской службе. Его записки вошли в обиход русских историков и затем попали к Карамзину. Так история о царе Иване-сыноубийце вошла в национальное сознание.
Но тогда, в начале 1880-х годов, Репин был уверен в исторической правде своего полотна, да, вероятно, это было и не так уж важно для него — главное было показать жестокость правителя, не щадящего даже своего сына…
Работа над картиной, посвященной царю-сыноубийце, увлекла Репина. Натурщиков долго искать не пришлось. Грозный был написан с известного передвижника Григория Григорьевича Мясоедова — приятели обоих художников легко узнавали в чертах царя мясоедовский кривой нос, резко вылепленный череп с покатым лбом, крупные уши и впадины у висков. Григорий Григорьевич был резким, сложным человеком, порой просто невыносимым. От его характера страдали и близкие, и друзья. Своего сына Ивана он долгие годы не признавал — внушал ему, что он приемыш, был с ним груб и нетерпим. А однажды после какой-то шалости мальчика так страшно на него разозлился, что чуть не убил, после чего маленького Ивана забрал в свою семью пейзажист Александр Киселев, ставший свидетелем этой безобразной сцены. Конечно, Репин знал, что происходило в семье его товарища-передвижника, и, возможно, не случайно именно с Мясоедова писал своего царя Ивана. Детоубийцей тот, конечно, не был, но все-таки в чужую семью и в приют своего родного сына отдавал! Позже сам Мясоедов вспоминал: «Илья взял царя с меня, потому что ни у кого не было такого зверского выражения лица, как у меня…»