Рассказывая об этом эпизоде почти 40 лет спустя, Фрейд все еще испытывал некоторое огорчение. «На этот раз меня наградили аплодисментами, но затем перестали мной интересоваться. Впечатление, что „компетентные специалисты“ отвергли мои новшества, нерушимо утвердилось у всех; со своими теориями об истерии у мужчин и о возможности вызывать истерические параличи посредством внушения я оказался отброшенным в оппозицию. Когда вскоре после этого передо мною оказались закрыты двери лаборатории по анатомии мозга и в течение семестра я не сумел найти места, где мог бы выступить со своей лекцией, я ушел из академической жизни и из объединений. Уже целую вечность я не появлялся в Венском медицинском обществе».
Его конфликт с Мейнертом не прекращался. В 1889 году Мейнерт опубликовал в «Wiener Klinische Wochenschrift»,
в противовес теории самовнушения Шарко в качестве причины истерических параличей, свое анатомическое объяснение этого явления, которое резко отвергалось Фрейдом в подстрочном примечании в журнале «Poliklinische Vortmge» как «полностью неадекватное». Согласно Мейнерту, ошибка, лежащая в основании объяснения Шарко, заключается в том, что он просмотрел существование малой ветви внутренней сонной артерии, хориоидальной артерии! Очевидно, его враждебность к Фрейду была связана с тем, что Фрейд солидаризировался с Шарко. Он насмехался над «любовью Фрейда поучать его» (Мейнерта) и добавлял: «Я нахожу его защиту суггестивной терапии тем более примечательной, поскольку он уехал из Вены (в Париж) врачом с совершенным знанием физиологии». Он явно ощущал, что Шарко совратил Фрейда со строгой и узкой тропы чистой науки.Фрейд описал эту историю в сокращении в «Автобиографии»,
говоря, что Мейнерт закрыл перед ним двери своей лаборатории по его возвращении из Парижа в 1886 году. На самом деле это могло случиться лишь шесть месяцев спустя, после возвращения Фрейда из свадебного путешествия, так как Мейнерт тепло приветствовал Фрейда по его возвращении из Парижа и пригласил его и всех его учеников (которые могут появиться у Фрейда) работать в своей лаборатории. И Фрейд работал в ней на протяжении всего лета. Однако их отношения начали осложняться после майских лекций Фрейда по гипнотизму и его доклада, посвященного изложению взглядов Шарко, который он прочитал в октябре. Но мы не знаем, вспыхнула ли эта вражда внезапно или накапливалась постепенно; все указывает на последнее, на это указывает и сам Фрейд, рассказывая о своем посещении Мейнерта во время его болезни. Кроме того, когда Фрейд говорит о том, что в течение целого года ему негде было читать лекции, это относится лишь к его клиническим демонстрациям, но данное затруднение нельзя бесспорно приписать Мейнерту, так как два его ассистента имели большие права на это, чем Фрейд. В действительности дело обстояло иначе. Фрейд читал в это время лекции по анатомии, и они хорошо посещались.Летом 1886 года его жизнь была ограничена работой в Институте Кассовица (три раза в неделю), переводами и обзорами научных публикаций, а также частной практикой. Основными его пациентами являлись невротики, что неотлагательно ставило на повестку дня вопрос о терапии, который не был столь актуальным для ученых, занимающихся научно-исследовательской деятельностью. Свои первые попытки в этом направлении Фрейд сделал, следуя учению Эрба, прибегнув к ортодоксальной электротерапии. Кажется странным, что в то время он полностью доверился известному ученому, так как уже был знаком с более многообещающим катарсическим методом Брейера; пренебрежительное отношение к этому методу Шарко явно повлияло на его выбор. Однако это продолжалось не слишком долго. «К сожалению, я скоро убедился, что соблюдение этих предписаний никогда не помогало, то, что я считал результатом точных наблюдений, было плодом фантазии. Прискорбно было обнаружить, что работа первого лица в немецкой невропатологии имеет не больше отношения к реальности, чем какая-нибудь „Египетская книга сновидений“,
которую продавали в наших дешевых книжных лавках, однако это помогло мне еще в какой-то мере избавиться от наивной веры в авторитеты, от которой я до сих пор не был свободен».