В эти наполненные событиями годы к беспокойствам Фрейда добавилось также его плохое физическое состояние. Природой ему была отпущена очень здоровая конституция, и те болезни, от которых он страдал в последующие годы, возникали скорее от перенесенных им страданий, нежели обусловливались врожденными факторами. Правда, на протяжении всей своей жизни он мучился от мигрени, хотя в более поздние годы эти приступы стали менее частыми. Довольно любопытно, что Флисс также страдал от мигрени. Двое этих мужчин создавали различные теории, ни одна из которых не оказалась пригодной для объяснения этого огорчительного расстройства. Фрейд сильно мучился в те годы от назальной инфекции. В действительности они оба от нее страдали и проявляли с обеих сторон чрезмерный интерес к состоянию носов друг друга — к тому органу, который, в конце концов, впервые возбудил интерес Флисса к сексуальным процессам. Флисс дважды делал Фрейду носовые операции (вторая операция была проведена летом 1895 года). Также регулярно прописывался кокаин, в благотворное действие которого Флисс глубоко верил. Однако в течение длительного времени Фрейд мучился от рецидивов скопления гноя в полостях носа, сначала в одной, затем в другой. Естественно, предпринимались отчаянные попытки объяснить эти различные приступы и обострения с точки зрения действия периодических законов.
Весной 1894 года имело место более серьезное заболевание. Перенесенный Фрейдом в 1889 году грипп способствовал появлению у него аритмии, и спустя пять лет это заболевание обострилось. Оно последовало за кратким периодом воздержания от курения (по мнению Флисса, аритмия явилась не только следствием гриппа, но и злоупотребления никотином, поэтому можно думать, что Фрейд был заядлым курильщиком). И это действительно так. 20 сигар в день было для него обычной нормой, и он крайне тяжело переносил воздержание от курения. В его письмах неоднократно упоминается о том, что он пытается уменьшить количество ежедневно выкуриваемых сигар или даже вообще (по совету Флисса) бросить курить. Но даже влияние Флисса оказалось неэффективным. Вскоре Фрейд наотрез отказался последовать его совету*: «Я не следую твоему запрету относительно курения: не очень-то приятно влачить долгую несчастную жизнь, не правда ли?»
Но затем с Фрейдом случился приступ, который лучше описать его собственными словами: