В 1947 году генерал-майор Эйтингон был вновь назначен заместителем П. А. Судоплатова, возглавлявшего отдел по диверсионной работе за границей. В послевоенные годы ему пришлось принимать активное участие в разработке и реализации оперативных мероприятий, в частности, по ликвидации литовских националистических бандформирований.
Следует отметить, что в конце 1940-х годов в Прибалтийских республиках, освобожденный Красной Армией от немецко-фашистских оккупантов, было неспокойно. Здесь орудовали банды националистов, которые получали широкую помощь, в том числе военную, от спецслужб Великобритании и США. В Литве активно действовала так называемая Литовская освободительная армия, руководимая Верховным комитетом освобождения Литвы. С 1944 по 1956 год литовские «лесные братья» убили 25 тысяч человек, 23 тысячи из которых были их соотечественниками. В эту республику неоднократно выезжал Эйтингон. Под его руководством литовские чекисты разработали и реализовали ряд успешных агентурных комбинаций по образцу операций «Трест» и «Синдикат».
В конце 1940-х годов британская разведка МИ-6 разработала долгосрочную операцию «Лиотэ», направленную на разложение населения стран социализма, в первую очередь — СССР. Автором операции «Лиотэ» был заместитель директора МИ-6 полковник Валентайн Вивьен. Для подрывной работы против СССР на территории Западной Украины и в Прибалтике в рамках МИ-6 был создан специальный отдел «Нора» во главе с британским подданным русского происхождения Маккибином. Помимо засылки в Прибалтику и Западную Украину вооруженных агентов английских спецслужб из числа местных националистов, включая военных преступников, находившихся в международном розыске, а также поставок оружия и взрывчатки действовавшим там бандам террористов, отдел «Нора» занимался ведением «черной пропаганды» на Советский Союз с использованием аэростатов и воздушных шаров, начиненных листовками, а также организацией пропагандистских радиопередач на канале Би-би-си.
В частности, в конце 1940-х годов отдел «Нора» осуществил заброску на территорию Западной Украины и в Литву организаторов националистического подполья Матвейко, Лукши и Охримовича. С помощью британских спецслужб в Западную Украину был также переброшен бывший гауптштурмфюрер СС Шухевич. Однако советская внешняя разведка через свои возможности в британских спецслужбах получила сведения на Шухевича и Йозаса Лукшу. С февраля 1951 года поиск Лукши в Литве осуществляли две специальные оперативные группы, в состав которых входили командированные из Москвы подчиненные Наума Эйтингона. Это агентурно-оперативное мероприятие продолжалось несколько лет. Генерал-майору Эйтингону пришлось трижды выезжать в Литву, чтобы на месте руководить ходом операции. В конце концов чекистам удалось заманить Йозаса Лукшу в засаду и уничтожить его.
В отчете руководству МГБ СССР от 19 января 1953 года министр госбезопасности Литвы генерал-лейтенант Петр Кондаков докладывал:
«Особенно положительные результаты в ликвидации бандитизма были достигнуты после применения таких форм агентурной работы, как создание агентурно-боевых групп, направленных против банд, оперативное использование тайно задержанных бандитов и их вербовка нашей спецагентурой в качестве легендированных представителей банд, штабов и центров сопротивления… В результате нам удалось взять под агентурный контроль самые серьезные организационные бандитские единицы, уничтожить организационную структуру оставшихся формирований, парализовать их активную террористическую деятельность».
18 апреля 1953 года министр госбезопасности Литвы сообщал в МГБ СССР, что чекисты его министерства за неполных четыре месяца этого года провели 240 агентурно-оперативных комбинаций, захватили 72 руководителя националистического подполья, из которых 18 были перевербованы, 23 националиста использованы для других оперативных целей, а остальные арестованы для предания суду.
После ликвидации бандформирований и уничтожения входивших в них военных преступников вооруженная борьба в республиках, занимавших западные территории СССР, постепенно приобрела характер законспирированного противоборства между спецслужбами националистов и стоявшими за ними МИ-6 и ЦРУ США и советской контрразведкой.
Помимо борьбы с националистами в Литве, Эйтингону пришлось решать в те годы много других важных задач.