После ареста Серебрянского его специальная группа прекратила свое существование. Однако Великая Отечественная война, принявшая неожиданно для Сталина трагический оборот, потребовала концентрации всех сил на отпор врагу. В этих условиях органам государственной безопасности приходилось перестраиваться на военный лад, а не заниматься ведомственными разборками и поисками внутренних врагов. Враг был налицо, невиданно жестокий и могучий. В рамках НКВД было создано 4-е управление, в задачу которого входила организация зафронтовой разведки и развертывание диверсионной борьбы в тылу врага. Но из-за имевших место перед войной репрессий этому управлению явно не хватало профессионалов, подобных Серебрянскому. Начальник 4-го управления генерал Судоплатов обратился к Берии с просьбой освободить из заключения ожидавшего расстрела Серебрянского и еще ряд чекистов. Вот как он позже вспоминал об этом в своих мемуарах:
«В начале войны мы испытывали острую нехватку в квалифицированных кадрах. Я и Эйтингон предложили, чтобы из тюрем были освобождены бывшие сотрудники разведки и госбезопасности. Циничность Берии и простота в решении людских судеб ясно проявились в его реакции на наше предложение. Берию совершенно не интересовало, виноваты или не виноваты те, кого мы рекомендовали для работы. Он задал единственный вопрос:
— Вы уверены, что они нам нужны?
— Совершенно уверен, — ответил я.
— Тогда свяжитесь с Кобуловым, пусть освободит. И немедленно их используйте.
Я получил для просмотра дела запрошенных мною людей. Из них следовало, что все были арестованы по инициативе и прямому приказу высшего руководства — Сталина и Молотова. К несчастью, Шпигсльглас, Карин, Малли и другие разведчики к этому времени были уже расстреляны».
Для лучшего понимания имевших место в то время событий хотелось бы здесь остановиться на интересном эпизоде, о котором рассказывает в одном из своих произведений известный российский писатель, ветеран советской внешней разведки и один из бывших сотрудников Особой группы НКВД СССР, считающий Серебрянского своим учителем, и отмеченный в 1995 году за свои подвиги во время Великой Отечественной войны высоким званием Героя России, Юрий Антонович Колесников:
«Июль 1941 года был на исходе. Шла пятая неделя войны. На чашу весов легла судьба Отечества.
Заседание Государственного Комитета Обороны давно закончилось. Последний задержавшийся в кабинете генсека ВКП(б) нарком внутренних дел Берия, выдержав паузу после затянувшегося разговора со Сталиным, тоже собирался уходить.
Берия уже стоял с папкой в руке, когда Сталин вышел из-за стола и в некоторой задумчивости, не торопясь, направился к двери. Однако, сделав несколько шагов, он остановился, медленно повернул голову в сторону шедшего рядом Берии и, как бы между прочим, спросил:
— Где тот эсер, который наповал уложил начальника жандармского управления Могилева?
Память наркома мгновенно подсказала исполнителя акции, но полной уверенности не было в том, что именно его имеет в виду генсек. Ошибиться очень не хотелось.
Сталин искоса скользнул взглядом по озабоченному лицу Берии и, недовольный недогадливостью соратника, нехотя пояснил:
— В Париже он возился с бандой Кутепова… Потом неплохо помогал немецким фашистам вывозить сырье из Норвегии…
— Серебрянский? — поспешно выпалил Берия, довольный, что память не подвела, но продолжать, на всякий случай, не стал.
Он хорошо знал своего хозяина. И в данный момент не обманулся: Сталин спрашивал о том, что самому было хорошо известно. В то же время с иронией ли говорит, что Серебрянский «помогал фашистам», или нет? Определить сразу было непросто. Немецкие суда, загруженные в Норвегии никелем или цинковой рудой, редко достигали порта назначения. Что было тому причиной, он тоже знает.
Сталин спросил:
— Чем он занимается?
У Берии перехватило дыхание, но тут же сообразив, несколько сдавленным голосом ответил:
— В камере смертников дожидается приведения приговора…
— Что за чушь! Есть там у вас голова на плечах?..
Берия невольно подумал — «пока она есть» и объяснил о данном распоряжении воздержаться с исполнением приговора суда.
Оборвав его, Сталин неожиданно участливо спросил:
— Как он себя чувствует?
— Ничего, здоров.
— Это хорошо…
Явно удовлетворенный ответом, Сталин решительно шагнул к выходу. Стало ясно — именно это, последнее, интересовало его.
Прибыв в Наркомат, Берия срочно вызвал к себе с «делом» Серебрянского начальника Первого специального отдела НКВД майора госбезопасности Леонида Фокеевича Баштакова.
Учитывая развитие событий на фронте, Баштаков быстро связал вызов к наркому с его интересом к бывшей сфере деятельности Серебрянского, с которой он был достаточно знаком.
Баштаков прекрасно понимал также, что не окажись страна в столь тяжелом положении, вряд ли кто-либо поинтересовался бы участью верой и правдой послужившего режиму разведчика-чекиста, как и освобождаемых в последнее время из тюрем и лагерей военачальников. Выручили военные события. Правда, далеко не всех.