Псковская семинария была относительно небольшой, в ней училось около трехсот человек. Как говорилось в семинарском уставе, она призвана была готовить церковно- и священнослужителей, «истинно религиозных, искренне, сознательно, разумно преданных Церкви». Обучающиеся были разного возраста, ибо абитуриентам при поступлении было от двенадцати до восемнадцати лет. Семинаристы делились на казеннокоштных, находившихся на полном обеспечении, и своекоштных, вносивших плату за обучение. Первых среди воспитанников была меньшая часть, в большинстве своем самые бедные ученики. Основную массу поступающих составляли дети деревенских священников, тихие и богобоязненные мальчики, чей жизненный опыт ограничивался рамками сельского прихода. Конечно, мальчишки есть мальчишки, могли и проказничать, за что подвергались различным наказаниям. Одним снижали оценки по поведению, даже до тройки, за опоздание и пропуск занятий без уважительных причин, игру в карты, курение, пропуск утренней молитвы, шум и крики в коридоре. Других, бывало, и исключали.
Срок обучения в семинарии составлял шесть лет. Первые четыре года отводились общеобразовательному курсу. Окончившие его получали право наравне с выпускниками классических гимназий поступать в высшие учебные заведения. Для продолживших обучение в семинарии в течение двух последующих лет особый упор делался на предметах собственно богословского цикла: гомилетику, литургику, основное, нравственное и догматическое богословие, всеобщую церковную и русскую церковную историю, педагогику и дидактику. По итогам обучения они получали среднее духовное образование.
Учебная жизнь семинарии организовывалась на основании Устава духовных семинарий от 1867 г. Ректор и инспектор семинарии назначались Святейшим синодом. Члены педагогического собрания утверждались епархиальным архиереем. Учебная программа была общероссийской. В Псковской семинарии было тринадцать преподавателей, но лишь трое из них находились в священном сане: преподаватель церковного пения – священник Константин Ковалевский, учитель общей и русской истории – протоиерей Михаил Лавровский и иеромонах Алексий (Баженов), преподававший обличительное богословие и историю русского раскола. Преподаватели в основном являлись выпускниками Санкт-Петербургской и Киевской духовных академий.
Василий прекрасно учился. Много читал: в его библиотечном формуляре кроме церковно-религиозной литературы указаны книги Скотта, Шекспира, Диккенса, а также журналы «Вестник Европы», «Христианское чтение», «Русский вестник», «Сын Отечества», «Сельское хозяйство», «Медицина». Учась в семинарии, Василий получил среди воспитанников шутливо-уважительное прозвище – «архиерей». Сокурсники характеризовали его как скромного, религиозного, доброжелательного и отзывчивого товарища.
В 1884 г. Василий окончил семинарию в числе лучших учеников и поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию на казенный счет.
В эти годы в Академии существенным образом менялась общая атмосфера. Среди ее преподавателей были крупные ученые. Священное Писание Ветхого Завета читал один из лучших библеистов Ф.Г. Елеонский; философию преподавал М.И. Каринский; логику – А.Е. Светилин; на кафедре истории читали курсы И.Ф. Нильский, известный византолог М.О. Коялович, крупнейший специалист по истории славянства П.Ф. Николаевский; церковную историю и археологию преподавал Н.В. Покровский; догматическое богословие – А.Л. Катанский.
Академия находилась на территории Александро-Невской лавры, занимая трехэтажное здание. На первом этаже находилась столовая, куда студенты приходили в часы обеда и чаепития. Здесь же были студенческая библиотека и приемная для гостей, а также находились кабинеты инспектора, двух его помощников и эконома.
На втором этаже располагались аудитории: две – около Академической церкви, рядом с ними был Актовый зал и Церковно-археологический музей; еще две аудитории находились на правой стороне здания (к Обводному каналу) и пятая – на левой стороне, к Лавре. Самая большая аудитория была третья. В ней обыкновенно проводились занятия для двух классов одновременно. Там же, на втором этаже, были студенческие спальни и читальня, куда поступало большое количество периодической духовной и светской литературы. При необходимости студенты имели возможность посещать городскую Публичную библиотеку.
На третьем этаже, в стороне, которая выходила окнами на Лавру, помещались комнаты для занятий студентов. Каждый из них имел свое определенное место за одним из двух больших общих столов, рассчитанных на шесть человек. Тут же стояли два платяных шкафа для одежды, две большие этажерки для книг, два дивана и стулья. В одной комнате занимались 12 человек, сидевшие за столами по списку, в алфавитном порядке.