И Софья решила упредить удар. Для этого надо было убрать с дороги Петра. Как и в первый удачный для себя раз, она сделала ставку на стрельцов. Казалось, осечки не будет — теперь во главе их стоял ее верный слуга Федор Шакловитый. Из покоев Софьи в стрелецкие полки поползли слухи, что Нарышкины опять обижают Милославских: обещают-де не только «извести» царевича Ивана, но называют «великую государыню царевну «девкою», не ставят ее ни во что. Но желаемого озлобления против ненавистных ей Нарышкиных вызвать не удалось: стрельцы всегда имели претензии к обоим противоборствующим семействам. И как ни старался Шакловитый, ему не удалось добиться от стрелецких начальников подписей на челобитной с просьбой, чтобы Софья венчалась на царство.
Между тем как Кремль, так и Преображенское жили в напряженном ожидании близкой развязки. В такой ситуации любая ложная тревога, чей-то пьяный клич могли сыграть роль горящей тряпки, брошенной в пороховой погреб. Так и случилось. В ночь с 7 на 8 августа 1689 года кто-то пустил слух, что «потешные» из Преображенского идут в Кремль извести «государыню-царевну». Суета и бряцание оружием среди стрельцов, которые готовились к отражению атаки, ввели в заблуждение сторонников Петра. Те помчались в Преображенское с вестью, что стрельцы идут на него.
Страх, испытанный Петром во время первого стрелецкого мятежа и учиненной в его ходе резни Нарышкиных, овладел им с новой силой. И вот 17-летний Петр, бросив мать, беременную жену Евдокию и своих «потешных», вскочил на лошадь и в одной рубашке умчался в Троице-Сергиеву лавру. Лишь на следующий день к нему, нашедшему защиту у архимандрита, подтянулось «потешное войско», оставшиеся ему верными стрельцы и мать Наталья Кирилловна. Так образовалось два непримиримых лагеря: Софьин — в Кремле и Петров — в Лавре.
Софья обратилась к патриарху с просьбой посодействовать смягчению ситуации. Но тот напомнил ей, что она всего лишь правительница при государях, подтвердив тем самым свою верность законным государям: Петру и Ивану. Несколько ободренный Петр написал брату: «Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». Он призывал брата «государство наше успокоить и обрадовать вскоре» жестко и окончательно, показав кто есть кто.
Василий Васильевич Голицын, большой дока в государственных вопросах, не мог не понимать, что «сидение на троне» дамы его сердца — нелегитимно. Но в создавшейся ситуации ничем помочь ей не мог. Более того, ему было совершенно ясно, что предстоящее падение Софьи увлечет в бездну и его, что приведет не просто к окончанию блестящей карьеры, но и, возможно, к плахе. К чести его, надо сказать, что он не сделал ни малейшей попытки уйти от печальной участи.
Между тем пристыженные голосом патриарха стрельцы пришли к «зазорному лицу», Софье, с требованием выдать им их начальника, склонявшего их к государственной измене и даже убийству «государя Петра». Ей ничего не оставалось, как выдать Шакловитого, который вскоре был отправлен в Лавру, а затем казнен.
Дальше Софья начала стремительно терять сторонников. Как-то незаметно ее покидали недавно клявшиеся в верности бояре, крупное и мелкое начальство, как обычно облеплявшее ступеньки трона. Стрельцы устроили ехавшему в Москву Петру покаянную встречу, положив в знак покорности свои головы на плахи, выставленные вдоль дороги.
Прошел лишь месяц с начала открытого противостояния Софьи, семь лет весьма активно правившей государством, и Петра, практически не выезжавшего из Преображенского, и тем не менее уже всем казалось странным, как это они почитали за государыню всего-навсего женщину, так ловко вывернувшуюся из мрака терема на свет Божий...
В конце сентября 1689 года Софья по приказанию Петра была заключена в Новодевичий монастырь. Отстраненная от власти и государственных дел, бывшая правительница, которой исполнилось 32 года, вполне могла бы заняться еще одним делом, к которому у нее был талант, — писательством. Николай Михайлович Карамзин, читавший в рукописи одно из ее произведений, пришел к мнению, что «царевна могла бы сравниться с лучшими писательницами всех времен, если бы просвещенный вкус управлял ее воображением».
Но отлучение от всего, что составляло суть азартной, неукротимой натуры Софьи, свело на нет все ее устремления. Любое иное занятие казалось ей теперь мелким, никчемным, недостойным той высоты, с которой она только что была сброшена. Как, в каких занятиях коротала она свои монастырские дни — неизвестно. Но в 1698 году повеяло надеждой — в отсутствие Петра стрелецкие полки, предусмотрительно, как ему казалось, расквартированные им в отдалении от Москвы, решились пойти походом на Первопрестольную.
Целью этих «пакостников», как называл их Петр, было вернуть на престол Софью, а не жаловавшего их государя, коли явится из-за границы, «извести».