Офицеры считали, что нужно создать Морской генеральный штаб, который бы занимался стратегическим планированием и разработкой общей программы реорганизации русского флота. Эта программа была поддержана. Так думали не только офицеры, но и государственные деятели, в частности, депутаты Государственной думы, в том числе весьма активно занимавшийся военными вопросами Александр Иванович Гучков. Это не было изолированное или нелегальное движение, кружок собирался с разрешения начальства. Кончилось тем, что Морской генеральный штаб был создан. И Колчак поступил туда на службу заведующим отделением русской статистики. Тогда же Колчак написал военно-теоретическую работу «Какой нужен России флот». В 1908 году она была напечатана в «Морском сборнике». Колчак рассуждал о роли флота вообще и всячески подчеркивал необходимость его активной роли. Это было важно потому, что флот России всегда был слабым, его руководство находилось в руках сухопутных людей, и флот рассматривался в войне как вспомогательное средство.
Я напомню Ключевского, который писал о походе русского флота под командованием Спиридова во время одной из русско-турецких войн в конце XVIII века. Эскадра обошла вокруг Европы, вошла в Средиземное море, по дороге потеряв половину судов. Во время похода многие моряки умерли от болезней. В Чесменскую бухту, в которой стоял турецкий флот, корабли вошли в жутком состоянии. У русских моряков был только один выход — атаковать, потому что в противном случае они были бы уничтожены. Любопытно, что Екатерина II, которая имела смутное понятие о состоянии флота, писала одному из своих послов: «Если Богу угодно, увидишь чудеса». Ключевский писал с присущей ему иронией: «И чудеса уже начались, одно было налицо: в Архипелаге нашелся флот хуже русского». Это был турецкий.
Россия никогда не была великой морской державой. В начале ХХ века флот рассматривался как нечто вспомогательное. Скажу больше. Балтийский флот во время Первой мировой войны был подчинен командующему Северным фронтом, конкретно — генералу Рузскому. Когда запрашивали старших начальников по вопросу об отречении Николая Второго в 1917-м году, то командующего Балтийским флотом не спросили, потому что это было лицо, подчиненное командующему Северным фронтом. И Колчака не спросили, хотя Черноморский флот, которым он к тому времени командовал, был подчинен непосредственно Ставке, то есть был более самостоятельным, чем Балтийский. Колчак был как бы на уровне командующего фронтом, именно ему подчинялась и созданная по его инициативе морская дивизия, о чем — позднее. И вот в чем пафос этой работы Колчака: сухопутные начальники и некоторые морские теоретики считали, что флот должен защищать берега и морские базы, то есть быть сугубо оборонительной силой. Колчак писал и говорил, что флот должен проводить активные наступательные действия и играть самостоятельную роль. Это было, безусловно, верно. Колчак настаивал на постройке мощных и в то же время быстроходных судов. Ошибся он лишь в оценке роли подводных лодок, считая, что они тихоходные, «слепые», так как обзор у них крайне ограничен, и потому серьезной силой подводные лодки быть не могут. Это был 1908 год. А уже в Первую мировую становится очевидным, что как раз крупные мощные суда — далеко не самые успешные и важные в морских сражениях. Потому что важнее всего маневренность и поражающие средства.
Любопытно, что реализацию программы морских офицеров тормозил Совет государственной обороны, который возглавлял великий князь Николай Николаевич, не придававший большого значения флоту, именно он не давал хода бюджетным ассигнованиям на его модернизацию. Тем не менее, благодаря личной поддержке императора Николая II и Государственной думы, в конце концов, программа была утверждена, хотя и в несколько сокращенном масштабе по сравнению с тем, чего хотели военные моряки.
Затем Колчак вновь возвращается к полярным исследованием, вновь отправляется в экспедицию. Капитан 2го ранга Колчак назначается командиром ледокольного судна «Вайгач», на котором совершает плавание из Петербурга через южные моря в Арктику, а оттуда во Владивосток. Через год Колчак — опять в военно-морском флоте, служит на Балтике, совершая блистательную военную карьеру. Миноносцы, минное дело — вот чему он посвящает себя. И становится крупным теоретиком и практиком в этой области.