Научное сообщество реагировало на происходящее чрезвычайно активно; исследователи из разных университетов мира попытались получить в своих лабораториях реакцию холодного ядерного синтеза. В течение десяти месяцев по тематике ХЯС было опубликовано свыше ста сорока статей. Более чем в пятидесяти процентах статей идея ХЯС отвергалась, примерно четверть статей содержала в целом позитивные оценки. В остальных случаях авторы публикаций не подтверждали и не опровергали результаты Понса и Флейшмана.
Весьма активной была реакция на происходящее правительства США. Уже в апреле 1989 года в десяти национальных лабораториях начались работы в области ХЯС. В августе того же года было начато государственное финансирование специально созданного Национального института по холодному синтезу в Солт-Лейк-Сити. Министерство энергетики США провело собственный опрос экспертов, и большинство из опрошенных негативно отнеслось к исследованиям Флейшмана и Понса. Ситуацию усугубил сам Флейшман, отказавшийся разрешить экспертам познакомиться с его лабораторными журналами. В итоге уже в июне 1991 года институт в Солт-Лейк-Сити был официально закрыт, а в 1992 году у Флейшмана и Понса закончился срок контракта в университете Юта. Они уехали из США и продолжили свои исследования по ХЯС во Франции, получая финансовую поддержку от частных фондов и некоторых японских корпораций.
Десять лет назад в истории с холодным синтезом начался новый этап. Станислав Шпак и Памела Мозье-Босс, работавшие в Департаменте прикладных наук в Центре космических и морских военных систем ВМФ США в Сан-Диего, объявили о том, что в процессе электрохимических опытов наблюдали образование трития. Свои результаты Мозье-Босс и Шпак опубликовали в различных рецензируемых журналах, одним из которых был весьма известный в научном сообществе Naturwissenschaften. На страницах этого издания в разные годы публиковали свои статьи нобелевские лауреаты Альберт Эйнштейн, Конрад Лоренц и Вернер Гейзенберг.
Новые исследования по ХЯС не остались незамеченными, и в 2002 году был опубликован доклад морского ведомства США, авторы которого утверждали, что в отношении реальности ХЯС появились принципиально новые доказательства. Наступает 2005 год, и Мозье-Босс и Шпак заявляют, что в их экспериментах возникают новые химические элементы... При этом в их экспериментах методика Флейшмана и Понса подвергается существенной модификации. Вместо палладия для изготовления электродов используется никель или золото, а в качестве электролита — раствор хлорида палладия и хлорида лития в тяжелой воде. В ходе электролиза происходит выделение на электроде одновременно и палладия, и дейтерия, вследствие чего процесс «упаковки» — который ранее занимал несколько дней — происходит всего лишь за несколько секунд.
Еще одна существенная деталь: в новых экспериментах их авторы, стремясь «завербовать» как можно больше сторонников, обращают максимальное внимание на способ регистрации тех частиц, которые сопровождают реакции синтеза. Этим они принципиально отличаются от Флейшмана и Понса, которые в качестве главного аргумента ссылались на положительный энергетический баланс исследуемых процессов. Детектор, который используют Шпак и Мозье-Босс, хорошо известен физикам-ядерщикам, и поэтому собранные с его помощью данные не вызывали у экспертов настороженности. Треки, оставляемые в детекторе при попадании в него протонов или ядер атомов трития, можно изучать с помощью микроскопа.
В частности, при расположении детектора в непосредственной близости от электрода было обнаружено неравномерное распределение треков по поверхности детектора: около электрода треков было больше, в то время как вдали от него их вообще не было. Если же в эксперименте использовался электролит без солей палладия, то на детекторе обнаруживались только лишь несколько треков в случайных местах, и в их расположении нельзя было увидеть никакой закономерности. Шпак и Мозье-Босс даже предположили, что такие треки обусловлены фоновым радиоактивным излучением.
Научное сообщество, как и в случае Флейшмана и Понса, продолжает оставаться расколотым на два лагеря. Представители разных лагерей по-разному интерпретируют показания детектора. Так, Лоуренс Форсли, президент JWK Technologies (эта организация является партнером центра в Сан-Диего), полагает, что показания детектора не отличаются от следов, которые оставляют обычно заряженные частицы, то есть детектор фиксирует именно попадание заряженных частиц, а не результат неких химических реакций. С ним согласен и Гарри Филипс, причем и Филипс, и Форсли известны как опытные физики-ядерщики.