Однако Ариг-Бука тяжело заболел и умер в начале 1266 г., избавив Хубилая от затруднений, связанных с необходимостью устраивать суд над родным братом. Его смерть пришлась как нельзя кстати и уже одним этим вызвала подозрения. Неожиданная болезнь и ее быстрое течение также наводили на размышления. Ариг-Бука был крепким мужчиной, не достигшим еще и 50 лет, и, по-видимому, не страдал никакими серьезными заболеваниями. Некоторые ученые высказывают сомнения в том, что он умер естественной смертью, а некоторые уверены в том, что он был отравлен. Конечно, само его присутствие служило постоянным напоминанием сомнительности избрания Хубилая великим ханом, и устранение бывшего противника могло способствовать укреплению стабильности во владениях его старшего брата. Однако все эти рассуждения о причинах смерти Ариг-Буки являются лишь домыслами. Имеющиеся в нашем распоряжении источники не позволяют разрешить эту загадку.
Даже одержав верх над Ариг-Букой, Хубилай не обезопасил себя от угроз со стороны других претендентов. Его права на престол не представлялись неоспоримыми. На курилтае, избравшем Хубилая, отсутствовали многие важнейшие монгольские князья. Его избрание состоялось в Кайпине, а не в Монголии, как требовалось освященной временем традицией. Когда он предпринял попытку созвать второй курилтай, три главных монгольских хана уклонились, сославшись на проблемы, возникшие в их собственных владениях. Тем не менее, они по-прежнему признавали верховенство Хубилая, а при избрании нового хана в каждом улусе спрашивали его одобрения. И все же он так и не смог избавиться от ауры иллегитимности, лежавшей на его правлении. В самом деле, некоторые его позднейшие шаги во внутренней и внешней политики, вероятно, были продиктованы желанием завоевать единодушную поддержку, которой ему столь долго не хватало.
Далеко не все признавали Хубилая и китайским императором. Пока в Ханчжоу правили императоры династии Сун, многие китайцы хранили им верность. Чтобы завоевать единодушное признание китайских подданных, Хубилаю было необходимо низвергнуть Сун. Кроме того, императорское достоинство Хубилая оспаривалось и в его северных владениях. В первые два года его правления в Северном Китае увеличивалось число недовольных, и в 1262 г. это вылилось в восстание.
Восстание вспыхнуло в провинции Шаньдун, в которой округом Иду управлял вождь восставших Ли Тань. На страницах китайских источников его имя практически не появляется до похода Мункэ на Южный Китай. В 1258 г. Мункэ пригласил Ли присоединиться к его войскам в Центральном Китае, чтобы выступить на юг против династии Сун. Ли сослался на важное стратегическое положение округа Иду, который не следует оставлять без защиты, и получил разрешение Мункэ не участвовать в общем походе. Он водил свои войска в набеги на сунские прибрежные города, захватив Хайчжоу и Ляньчжоу. Китайские летописи, враждебно настроенные по отношению к Ли (в Юань-ши он именуется «мятежным министром»), проводят мысль, что его набеги служили прежде всего его возвеличению и укреплению личной власти. Сунские войска были отвлечены ударами с разных направлений, нанесенных армиями Мункэ, Хубилая и Урянхадая, и прибрежные города прикрывались немногочисленными отрядами. Согласно Юань-ши, Ли едва ли желал успеха монгольскому предприятию. Он прежде всего был озабочен расширением территории, находящейся под его непосредственным управлением, но монголы не подозревали о его истинных намерениях.