В начале царствования Хубилая китайские советники также забрасывали его проектами по организации системы управления. Многие из них были похожи друг на друга, так как брали за основу традиционное китайское устройство администрации. Типичными для этого жанра выглядят шестнадцать пунктов, предложенных Хао Цзином, посланником Хубилая, задержанным властями Южной Сун. Во-первых, Хао предлагал Хубилаю созвать совет из ученых и чиновников для обсуждения новой политической системы. Важнейшей темой, которую должны будут изучить собравшиеся, будет оборона; наказанием для предателей и перебежчиков должна быть смертная казнь, хотя при начале правления новой династии следует объявить частичную амнистию тем, кто отречется от изменников. Правитель должен быть открытым в общении, обладать полной единоличной властью и четко определить награды и наказания. Тем не менее, ему потребуется центральная администрация и министры, облеченные определенными властными полномочиями, поскольку он не может сам решать все дела. Центральное правительство следует разместить в Северном Китае, поскольку здесь находится сердце империи, но в Каракоруме нужно содержать дополнительную администрацию, а по границам учредить военные округа. Правителю следует уделять особое внимание поддержанию добрых отношений с принцами крови; но и при выполнении этого условия необходимо организовать инспекторскую службу, чтобы контролировать княжеские уделы и ограничивать возможные злоупотребления властью. Правитель также должен стремиться к снижению числа чиновников и объединять должности так, чтобы держать под контролем расходы и не допускать создания отдельных группировок в чиновничьем классе. Налоги следует удерживать на минимальном уровне, а чрезвычайные сборы, введенные Сун и другими династиями, чтобы покрыть свои затраты, нужно отменить. Надо запустить в широкое обращение бумажные деньги и сохранить государственную монополию на соль и железо, одновременно уменьшив число чиновников, ведающих этими монополиями. Предприняв все эти шаги, правитель должен назвать имя наследного принца, чтобы обеспечить престолонаследие.
В конечном итоге Хубилай взял на вооружение многие предложения Хао, совпадавшие с идеями многих других конфуцианских ученых. Однако в его планы не входило восстановление традиционной системы китайского управления, как того хотели его советники-конфуцианцы. Он желал, чтобы его администрация пользовалась поддержкой со стороны китайцев, но вместе с тем отражала и защищала интересы монголов. Хубилай не собирался делиться властью со своими советниками. Его не устраивали предложения построить весь административный аппарат по образу и подобию прежних китайских династий. Он стремился создать структуру, отвечающую его собственным требованиям. Например, у него не было намерений вернуть экзамены на гражданские чины, хотя он не запрещал вести оживленные дискуссии на эту тему. Эти тяжелые экзамены, требовавшие глубокого знания классической конфуцианской литературы, должен был сдавать каждый будущий чиновник. Однако Хубилай не имел ни малейшего желания связывать себе руки при назначении угодных ему чиновников какими-либо китайскими традициями. Для подготовки к экзаменам было необходимо длительное изучение и приверженность конфуцианскому учению, а Хубилая совсем не привлекала мысль о том, что он окажется в окружении советников, объединенных одной господствующей идеологией. Один из его советников-конфуцианцев, Ван Вэньтун, уже ступил на путь измены. Сколько же еще чиновников, не горящих желанием помогать монголам в управлении китайцами, последуют его примеру? Хубилай не хотел, чтобы конфуцианцы оккупировали все правительственные должности, а экзамены на гражданский чин были единственным путем в чиновничий класс. Так как экзамены составляли одну из самых характерных черт китайской цивилизации, их отсутствие во время царствования Хубилая знаменовало собой существенное отклонение от китайских традиций.
Хубилай не следовал китайским обычаям и в некоторых других важных вопросах. Он разделил население на три, а позже четыре группы, среди которых монголы, естественно, занимали первое место. За ними шли так называемые Сэму жэнь (иностранцы) — по большей части выходцы из Персии и Средней Азии — которым в награду за службу был предоставлен более высокий статус, чем местным жителям. На третьем месте стояли северные китайцы, а также чжурчжэни прежней династии Цзинь, которые именовались Ханьжэнь и до завоевания монголами Южной Сун в 1279 г. представляли низший класс населения. Ниже их находились южные китайцы, Наньжэнь, самая ненадежная и угнетаемая часть подданных Хубилая. Представители обеих китайских групп не могли занимать некоторых важнейших гражданских постов, закрепленных за монголами и их среднеазиатскими подчиненными. Хотя китайцы, привлеченные ко двору в качестве советников, подчас пользовались большим влиянием, чем высшие сановники, их статус не был столь четко определен.