Одной из самых тяжелых проблем было сокращение численности населения в Северном Китае. На 1195 г. при династии Цзинь Северный Китай населяло более 45 миллионов человек (из них б миллионов чжурчжэней), а вместе население Южного и Северного Китая превышало 100 миллионов. К 1393 г., в начале правления местной китайской династии, наследовавшей монголам, общая численность населения Китая сократилась до 60 миллионов. Это разительное сокращение остается без объяснения. Отчасти его можно отнести на счет войн, сопровождавших падение монгольской династии. Возможно, еще большее значение имеют ошибки, допущенные при переписях вследствие уклонений и продажности переписчиков. И все же снижение численности населения в Северном Китае невозможно отрицать, а оно, в свою очередь, указывает на бедственное состояние страны.
Если Хубилай хотел упорядочить китайское общество, он должен был ответить на эти вопросы и разрешить связанные с ними проблемы. Созданные им правительственные учреждения были ценными инструментами, но они требовали умелого руководства. Хубилаю нужно было обозначить политический, экономический и социальный курс, которому они должны следовать. Чем четче и яснее будут определены задачи, тем эффективнее будут работать ведомства. Хубилаю следовало изложить программу действий, а не просто выкачивать из Китая ресурсы, и тогда чиновники могли оказать ему помощь и поддержку в управлении оседлой цивилизацией. В 1230-х и 1240-х гг. Хубилай уже защищал интересы китайских крестьян в своем уделе, но теперь он должен был оповестить о своих намерениях весь Китай.
Однако, прежде чем заняться составлением четкой программы, которая прояснила бы его социальные, политические и экономические идеалы, Хубилай должен был облегчить положение беднейших слоев населения. Записи о первых годах его правления полны сообщениями о его действиях в этом направлении. На его рассмотрение представляли просьбы о помощи и освобождении от налогов из многих областей Северного Китая, и он часто соглашался на пожелания просителей. В 1261 г. он освободил от уплаты налогов Хуаймэн в Хэнани и другие районы, поскольку до него дошли известия об их экономических затруднениях. В апреле 1262 г. он даровал те же льготы области Гуаннин вокруг современного Пекина и другим местностям, пострадавшим от северных войн. Он также облегчил налоговое бремя для крестьян, которые занимались разведением тутовых деревьев и шелковичных понесли ущерб в ходе военных действий. В том же году он пожаловал бумажные деньги крестьянам в Хэси, земли которых были разорены стихийными бедствиями. Хубилай часто предоставлял зерно вдовам и сиротам, не имеющим средств к пропитанию. В 1262 г. он приказал своим уполномоченным-монголам не возлагать тяжелые трудовые повинности на крестьян, особенно на тех, кто вернулся на заброшенные земли. С этих пор он запретил чиновникам и военным угнетать китайцев непосильными работами. Он даже вознаграждал покорившихся его власти китайцев, ранее не признававших его императором, даровав им одежды и другие подарки. С другой стороны, китайцы, осознанно уклонявшиеся от уплаты налогов, подлежали суровым наказаниям. И все же от первых лет правления Хубилая до нас дошло множество сведений о снижении или освобождении от налогов и о мерах, направленных против жестоких и корыстолюбивых чиновников. Хубилай заботился о благосостоянии своих китайских подданных и экономическому возрождению страны.