Сходным образом потерпели неудачу и планы относительно Уйгурии. В борьбе с Хайду Хубилай намеревался использовать земли уйгуров в южной части современной провинции Синьцзян как военную базу. Одновременно он стремился прибрать к рукам ресурсы этой области и оградить их от посягательств противника. В 1280 г. китайский полководец Ци Гунчжи получил задание восстановить контроль династии Юань над этими территориями и отвоевать уйгурские земли, ранее захваченные Хайду.[428]
Через год Ци во главе отряда в 1000 человек занял Бешбалык, столицу Уйгурии, и организовал там военные поселения.[429] Однако переход на полное самообеспечение оставался далекой, почти призрачной целью. В течение нескольких последующих лет Хубилай не раз, откликаясь на просьбы Ци, отправлял ему необходимые припасы. Хотя монголы обложили местное население налогами и повинностями, доходы были достаточно низкими. Хайду устраивал набеги, нанося большой вред поселениям уйгурских земледельцев и отнимая у уйгуров накопленные припасы и ценности.[430] Хубилай был не в состоянии предотвратить эти нападения, а отряды Хайду избегали столкновений с неприятелем.«Вторжения Хайду в Уйгуристан вызывали серьезные социальные и экономические проблемы. Земледельческая экономика, основанная на широкомасштабном использовании ирригации, крайне чувствительна к превратностям войны. Такие жизненно важные сооружения, как дамбы и каналы, разрушаются не только непосредственно в ходе военных действий, но и вследствие рассеяния земледельческого населения, которое приводит к нарушению постоянного обслуживания и прекращению ремонтных работ, необходимых для устранения наносов».[431]
В отсутствие надежной защиты от кочевников некоторые уйгуры переселились в Китай, а в какой-то момент (до 1283 г.) их правитель, идук-кут, переехал в Юнчан в Ганьсу.[432]
Последним» ударом стала потеря Бешбалыка в 1285 г. и пленение Ци Гунчжи, полководца, которому было поручено восстановить власть династии Юань над Уйгурией. [433]Эти события окончательно перечеркнули все планы Хубилая, который утратил всякую надежду когда-либо захватить контроль над Средней Азией. Подобно многим китайским правителям, начиная с императоров династии Хань (206 г. до н. э. — 220 г. н. э..), Хубилай столкнулся с огромными трудностями, пытаясь утвердиться в степях и оазисах современной провинции Синьцзян.[434]
Линии снабжения, необходимые для содержания армии и поддержки дружественного местного населения, были растянуты и ненадежны; постоянная угроза со стороны кочевников и их неуловимость раздражали и устрашали солдат и союзников Хубилая, а перевести поселения в оазисах на полное самообеспечение так и не удалось. Отправлять войска на защиту местных жителей и подвозить им продовольствие оказалось чрезвычайно дорого и ложилось тяжелым бременем на императорскую казну. Шаги, предпринятые Хубилаем, не увенчались успехом. Однако ему удалось удержать Хайду в Средней Азии, не позволяя ему совершать набеги на территорию собственно Китая.В борьбе со своими противниками в Монголии Хубилаю повезло больше.[435]
После поражения Ариг-Буки здесь наступил период спокойствия и восстановления, длившийся более десяти лет. Гражданская война, которую развязал Ариг-Бука, нанесла серьезный удар по экономике Монголии, и Хубилаю требовалось облегчить жизнь местного населения, чтобы добиться расположения соплеменников. Он принял меры в этом направлении, раздавая зерно неимущим, снижая налоги и создавая военные поселения. Тем самым Хубилай рассчитывал облегчить бремя, гнетущее местное население, и дать монголам возможность достичь некоторой самодостаточности. Он обустроил почтовые станции, чтобы обеспечить связь со своей столицей в Северном Китае и послал в Монголию ремесленников, которые должны были помочь коренным жителям освоить навыки ремесел.[436]