Наср назначил Исмаила правителем Бухары в 874 году, и Исмаил в короткий срок сумел подавить восстание крестьян и примирить знать, погрязшую в усобицах.
Исмаил хотел создать централизованное государство, и между братьями началась борьба. В 888 году Исмаил разбил войско Насра и взял его самого в плен. Но когда к нему привезли Насра, Исмаил, желая привлечь на свою сторону сторонников брата, сошел с лошади, поцеловал руку брата, усадил его на трон, а сам стал сзади, готовый прислуживать. Увидев такой прием, Наср даже подумать не мог, что брат над ним издевается. С тех пор фактически правил Маверранахром Исмаил, а Наср лишь номинально оставался эмиром.
После смерти Насра управление страной полностью перешло в руки Исмаила, ставшего основателем государства Саманидов.
В 900 году Исмаил нанес поражение войску иранского правителя Амра ибн Лейса и присоединил к своему государству значительные земли на севере и востоке Ирана, обеспечив независимость своего государства от арабских халифов.
Исмаил создал сильное войско и прочную систему административных учреждений, что помогло ему бороться с непокорными землевладельцами.
После смерти Исмаила в 907 году его сыну Ахмаду бин Исмаилу пришлось подавлять мятежи, вспыхнувшие одновременно в Самарканде, Рее, Систане. Самым крупным было восстание в Систане, подавить которое Ахмаду удалось лишь через год Ахмад ибн Исмаил вызвал ненависть тюркской гвардии, созданной его отцом, и был убит на охоте своими рабами, а власть перешла к его сыну Насру II (914–943). Во время его правления было приведено в порядок управление страной, но продолжались междоусобицы. В конце 914 года поднял восстание племянник Насра II Мансур бин Исхок, и лишь через год мятеж был подавлен.
В конце правления на территории Саманидского государства начало быстро распространяться карматское движение. Карматы были привер женцами одной из мусульманских сект, главными идеалами которой было восстановление общинной собственности на землю и всеобщее равенство. Сам Наср II стал карматом. Это вызвало недовольство мусульманского духовенства. Вместе с гвардейцами духовенство организовало заговор против Насра II. Предполагалось заманить его на пир для военачальников и там убить самого Насра и всех карматов.
Но об этом заговоре стало известно сыну Насра, Нуху, который рассказал обо всем отцу Наср II заманил к себе главного заговорщика и приказал казнить его. После этого Наср вместе с Нухом явились на пир. В самый разгар пиршества Наср сказал, что знает все о готовившемся покушении, и бросил к ногам собравшихся голову их предводителя. После этого Наср объявил об отречении в пользу Нуха, которого никто не мог обвинить в симпатиях карматам.
Нух начал свое правление с истребления карматов и конфискации их имущества. Но несмотря на эго, в государстве возникли серьезные финансовые трудности. Не помогли ни конфискации, ни двойное налогообложение. Нух объявил, что в возникшей ситуации виноват везирь, и приказал казнить его.
Воспользовавшись ослаблением позиций Нуха, его дядя Ибрагим бин Ахмад в 947 году захватил трон, а Нух был вынужден удалиться в Самарканд. Но как только Ибрагим выехал по делам в Чаганиан, Нух вернулся и вновь занял трон, а своего дядю и его сыновей ослепил.
После этого Нуху пришлось усмирять восставшего против него Абуали Чагони, которого он в конце концов был вынужден назначить правителем Чаганиана, а потом и всего Хорасана.
Во время правления Абд ал-Мелика, сына Нуха, усилилось влияние военачальников тюркской армии, в руки которых перешло управление государством. Особенно выдвинулся начальник тюркской гвардии и крупный землевладелец Алп-Тегин. Его влияние было настолько велико, что без согласия Алп-Тегина Абд ал-Мелик не мог даже назначить везиря.
После смерти Абд ал-Мелика Алп-Тегин возвел на престол его малолетнего сына Абдулмалика Насра III, царствование которого длилось один день, т. к. другие военачальники возвели на трон Мансура ибн Нуха. После нескольких сражений с саманидскими войсками Алп-Тегин захватил власть в Газне, восстановить же свою власть в Газне Мансур ибн Нух смог только после смерти Алп-Тегина. Нух II, сын Мансура ибн Нуха, в начале своего правления был вынужден обратиться за помощью к правителю Газны Сабук-Тегину, чтобы подавить восстания в районе Балха и в Хорасане. Сабук-Тегин охотно выполнил его просьбу и разгромил войска восставших. За это он получил титул «защитника религии и государства», а его сын, также отличившийся в боях с мятежниками, получил титул «меча государства» и был назначен наместником Хорасана. Со временем придворные распри и усобицы еще более усилились, страна ослабла настолько, что даже слабый противник мог ее захватить. В 992 году государство Саманидов подверглось первому нападению тюркских кочевников во главе с ханами из племени ягма, так называемыми Караханидами.