Багратиону выпала честь последней победой русского оружия завершить славный суворовский Швейцарский поход, или, иначе говоря, — прорыв через швейцарские Альпы. 1 октября 1799 года авангард под его командованием численностью в 6 тысяч измученных и голодных людей нанес полное поражение противостоящему 5-тысячному отряду французов под командованием генерала Молитора. Эта победа в заснеженных горах при Нефельсе обеспечила беспрепятственный отход русских войск в долину Верхнего Рейна.
В своих приказах и донесениях императору Павлу I А.В. Суворов постоянно отмечал заслуги и геройство командира своего авангарда, успешно справлявшегося с самыми ответственными боевыми задачами. Из заграничного похода генерал Багратион вернулся уже признанным военачальником.
В военной кампании 1805 года, когда русская армия под командованием М.И. Голенищева-Кутузова совершала свой знаменитый стратегический Ульмско-Ольмуцкий марш-маневр, генерал Багратион возглавлял ее арьергард, на долю которого выпало больше всего испытаний.
Из них наиболее серьезным оказался бой 16 ноября 1805 года при Холлабрунне. Русскому 7-тысячному арьергарду противостоял передовой 40-тысячный корпус наполеоновской армии под командованием маршала Мюрата, опытного и смелого кавалерийского военачальника. Закрепившись на позиции у Холлабрунна, князь Багратион держался до тех пор, пока отходившие главные силы кутузовской армии не оказались на недосягаемом для французской армии удалении.
Хотя багратионовский арьергард понес в бою наравне с французами большие потери, особенно в артиллерии, свою задачу он выполнил. Только после этого арьергард оставил занимаемые позиции. Маршал Мюрат оказался бессильным в бою против русского пехотного генерала. Наполеон Бонапарт выразил тогда большое неудовольствие действиями своего прославленного маршала Франции, "главного в кавалерии".
Багратион сумел отбить все попытки французских войск, которыми командовали тогда лучшие наполеоновские военачальники, преследовать русскую армию, когда та, хотя и с большими потерями, сумела добиться успеха в нескольких упорнейших столкновениях. Кутузовский арьергард стал для неприятеля неодолимым препятствием, и императору французов пришлось это признать. Затем генерал Багратион отличился в битве при Шенграбене, проявив здесь завидную стойкость и решительность при отражении натиска французских войск.
Подлинное полководческое призвание пришло к Петру Ивановичу Багратиону после битвы при Аустерлице 2 декабря 1805 года, которую Наполеон считал "солнцем" в своей военной биографии. Армия французского императора насчитывала 75 тысяч человек. Его противники — 85 тысяч (60 — русских и 25 — австрийцев) и 278 орудий. Союзной армией формально командовал Кутузов, но в ходе сражения в его решения постоянно вмешивались российский император Александр I и австрийский император Священной Римской империи Франц II.
Багратион командовал войсками правого крыла союзной армии, которые длительное время стойко отражали все атаки французов. Когда победная чаша весов стала склоняться в сторону наполеоновской армии, почти окруженные войска Багратиона составили арьергард союзных сил, прикрыв собой их отход. Во многом благодаря этому император-полководец Наполеон не смог добиться "совершенной" победы, хотя к ней упорно стремился.
Сражение при Аустерлице — "битва трех императоров" — стала для генерала П.И. Багратиона строгим экзаменом на полководческую зрелость. Его он выдержал с честью. Последствием этой битвы стал распад Священной Римской империи и образование из ее большей части Австрийского государства, которое перестало быть союзником России.
В ходе русско-прусско-французской войны 1806-1807 годов генерал П.И. Багратион вновь командовал арьергардом союзной армии, который отличился в крупных сражениях на территории Восточной Пруссии — у Прейсиш-Эйлау и при Фридланде. В первом из них, состоявшемся 7-8 февраля 1807 года, багратионовские полки прикрывали отход русской армии к Прейсиш-Эйлау. Они успешно отражали вражеские атаки и не позволили французам обойти себя с фланга. После кровопролитного сражения, продолжавшегося до полной темноты, армии противников остались на исходных позициях. На следующий день русские беспрепятственно отступили.
В награду за успешное выполнение поставленной задачи генерал-лейтенант Багратион получил почетное золотое Георгиевское оружие — шпагу, украшенную алмазами, с надписью "За сражение при Прейсиш-Эйлау". К тому времени он уже имел за Шенграбен полководческую награду — орден Святого Георгия 2-й степени.
В ходе Русско-шведской войны 1808-1809 годов генерал Багратион сперва командовал пехотной дивизией, а затем армейским корпусом. Суворовский любимец руководил Аландской экспедицией 1809 года, когда русские войска, совершив переход по льду Ботнического залива, заняли Аландские острова и вышли к берегам Швеции. Это обстоятельство незамедлительно принудило Стокгольм заключить с Россией выгодный для последней мирный договор.