«Я чаял, — писал Аввакум, — живучи на востоке в смертех многих, тишину здесь в Москве быти, а ныне увидал церковь паче и прежняго смущенну». Он забрасывал царя челобитными с протестом против никонианства и самого патриарха Алексею Михайловичу хотелось привлечь на свою сторону неустрашимого «ревнителя благочестия», так как это позволило бы в корне заглушить все более нараставшую народную оппозицию. Оттого он, не выказывая прямо своего отношения к челобитным Аввакума, попытался склонить его к уступчивости обещанием сперва места царского духовника, затем, что гораздо больше привлекало Аввакума, справщика и Печатном дворе Одновременно от имени царя боярин Родион Стрешнев уговаривал протопопа прекратить свои проповеди против официальной церкви, по крайней мере до собора, который обсудит вопрос о Никоне.
Тронутый вниманием государя и надеясь, что ему будет поручено исправление книг, Аввакум некоторое время действительно пребывал и умиротворении. Такой поворот событий пришелся не по душе староверам, и они бросились со всех сторон уговаривать протопопа не оставлять «отеческих преданий». Аввакум возобновил свои обличения никонианского духовенства, называя их в своих проповедях и писаниях отщепенцами и униатами. «Они, — утверждал он, — не церковные чада, а диаволя». Царь увидел, сколь беспочвенны его надежды на примирение Аввакума с церковью и, поддавшись уговорам духовенства, 29 августа 1664 года подписал указ о высылке Аввакума в Пустозерский острог.
В феврале 1666 года в связи с открытием церковного собора Аввакума привезли в Москву. Его снова пытались склонить к признанию церковных реформ, но протопоп «покаяния и повиновения не принес, а во всем упорствовал, еще же и освященный собор укорял и неправославным называл». В результате 13 мая Аввакум был расстрижен и предан проклятию как еретик.
После суда Аввакума вместе с другими расколоучителями отправили в заключение в Угрешский монастырь, откуда его позднее перевели в Пафнутьев-Боровский. В специальной инструкции, присланной игумену того монастыря, предписывалось Аввакума «беречь накрепко с великим опасением, чтобы он с тюрьмы не ушел и дурна никакова бы над собою не учинил, и чернил и бумаги ему не давать, и никого к нему пускать не велеть».
Его еще надеялись сломить с помощью вселенских патриархов, которых ждали на собор для низложения Никона.
Патриархи прибыли в Москву в апреле 1667 года.
Поскольку с Никоном все уже было решено и его низложили с патриаршества 12 декабря 1666 года, им не оставалось ничего другого, как основательно заняться Аввакумом. Протопопа доставили им 17 июля. Долго уговаривали они его, советуя смириться и принять церковные нововведения.
«Что ты так упрям? — говорили патриархи. — Вся наша Палестина, и Сербия, и Албания, и волохи, и римляне, и ляхи — все тремя перстами крестятся, один ты упорствуешь в двоеверии».
«Вселенские учители! Рим давно упал и лежит невосклонно, и ляхи с ним же погибли, до конца враги быша христианам. А и у вас православие пестро стало от насилия турскаго Махмета, — да и дивить на вас нельзя: немощни есте стали. И впредь приезжайте к нам учитца: у нас, божиею благодатию, самодержество. До Никона отступника в нашей России у благочестивых князей и царей все было православие чисто и непорочно и церковь немятежна».
После этого Аввакум отошел к дверям и лег на пол со словами:
«Посидите вы, а я полежу».
Больше он не слушал ни насмешек, ни увещеваний. В августе 1667 года Аввакума вывезли в Пустозерск. Там томились его семья, множество других старообрядцев. В пустозерский период Аввакум полностью разработал свое расколоучение. Он выступал за старину, отнюдь не думая пренебрегать настоящим: просто его видение современной действительности противоречило господствующим тенденциям эпохи. Московская Русь перестраивалась на иных духовных началах, всемерно сближая свои культурные и мировоззренческие ориентации с общехристианской и западноевропейской традициями.
Идеология Аввакума несла отпечаток воззрений той части русского крестьянства, которая под воздействием усиливающегося крепостничества по существу превращалась в полных холопов и рабов. Они выступали за сохранение своих прежних привилегий, отвергали все церковные преобразования, стихийно сознавая их связь с новой политической системой. Крестьяне толпами снимались с насиженных мест, уходили в глухие леса Севера и Зауралья, не страшась ни преследований правительства, ни анафем духовных пастырей.
Год от года увеличивалось количество массовых самосожжений. В огне нередко люди гибли сотнями и тысячами. Например, в начале 1687 года в Палеостровском монастыре сожглись более двух тысяч человек. 9 августа того же года в Березове Олонецкого уезда — более тысячи. И подобных фактов было множество.