Семьсот человек предстали перед судейским чиновником, уполномоченным вести это дело. Половина из этого числа были вскоре освобождены за недостаточностью улик, но остальными были заполнены все тюрьмы. Страшная эпидемия поразила подсудимых, и без того истощенных болезнями. Более шестидесяти членов из Оржерской шайки умерли от болезни в самое короткое время. Один из бандитов, Жан Мобер по кличке Четыре Су, умер прямо на процессе, когда против него вышла свидетельствовать жертва, которую он, как полагал, убил собственными руками. Кроме Борна де Жуй другие мошенники тоже не замедлили сознаться. Заговорили Жак де Петивье, Сан-Пус, Гранд Мария и, главное, ближайший соратник Бо Франсуа Руж д'Оно. Последний, арестованный Вассером на другой день после сходки в Мюэстском лесу, сначала тоже отрицал свои преступления, как и его вожак, но Бо Франсуа, разозлившись за что-то на Борна де Жуй, сам пустился в откровения и кончил тем, что сделался самым яростным обличителем своих товарищей и себя, так что в этом деле даже оспорил пальму первенства у де Жуй. Очевидцы полагали даже, что он получал удовольствие, описывая следователям те ужасы, которым он был свидетелем, если не действующим лицом. Кстати, впоследствии было установлено, что во многом он наговаривал на себя, вероятно, из бахвальства.
Бо Франсуа, опознанный и обвиненный всеми свидетелями и соучастниками, все наотрез отрицал, не содрогнулся он даже, когда были предъявлены выкопанные кости ребенка, которого он убил, — так называемого Этрешского мальчугана. Однажды утром Шартр с ужасом узнал, что предводитель бандитов бежал из тюрьмы.
Вот как это произошло. Сердобольные граждане, прознав про эпидемию, распространившуюся среди заключенных, потребовали «во имя человеколюбия» перевести преступников в госпиталь, что и было сделано. Атаман Оржерской шайки, пораженный общей эпидемией (а скорее всего симулировавший), был перемещен в тюрьму на улице Шандез, где с него сняли оковы, в которых он постоянно находился. Скоро он оправился и, не дожидаясь перевода в общую тюрьму, с двумя своими товарищами совершил побег из окна камеры, использовав вместо каната разрезанные на полосы суконные одеяла. Больше про Бо Франсуа никто не слышал, рассказывали, что он присоединился к банде шуанов, скрывавшихся в неприступных местах Нижней Бретани.
Следствие по грандиозному процессу шофферов длилось два года. Только 28 Вантоза VII года Республики в первый раз открылось публичное заседание с участием присяжных под председательством гражданина Лиендона. Бывшую Кармелитскую церковь превратили в зал заседаний, так как в ней могло поместиться около двух тысяч человек. Для публики был выстроен амфитеатр.
Множество мест в нем занимали женщины, известные во Франции того времени как «большие охотницы до сильных ощущений». Они приходили туда со своим рукоделием. Два маленьких придела по обеим сторонам большой церкви были превращены в трибуны; на одной были скамьи для подсудимых, на другой стоял огромный стол, где были разложены вещественные доказательства, среди которых находились и кости Этрешского мальчугана. Кроме жандармов, на заседаниях присутствовал взвод гусар с заряженными ружьями. И все-таки все эти меры предосторожности оказались недостаточными. Хотя эпидемия значительно поубавила количество подсудимых, их все-таки оставалось немало — 82 (мужчин и женщин). Такое количество негодяев требовало серьезных предосторожностей, как для обеспечения спокойствия судей, так и для внушения подсудимым уважения к властям. А потому придумали на время заседаний запирать ноги подсудимых чем-то вроде деревянных колодок, которые, позволяя двигаться, не давали возможности вставать с места. В то время много спорили о том, насколько согласуется эта мера с текстом закона, говорящим, что подсудимый должен являться перед судом свободным и без цепей; но в итоге решили, что в этом случае отклонение от закона было извинительно.
Заседания длились восемь месяцев, и, конечно, в душераздирающих сценах недостатка не было; выслушали более двухсот свидетелей и 9 Термидора VIII года Республики (28 июля 1800 года) после двадцатидвухчасового заседания присяжные вынесли вердикт на предложенные им 7800 вопросов. Когда председатель присяжных встал, чтобы огласить приговор, неверно понятое приказание гренадерского офицера привело всех подсудимых в панический страх.