Бабеф не сразу смог разобраться в том, что произошло в стране. Он приветствовал «революцию 9 термидора» и осуждал Робеспьера как тирана. Однако вскоре он пересмотрел свою позицию. Новую, очень высокую оценку Робеспьера и революционной диктатуры он высказал в нескольких статьях.
Но наиболее ярко вся перемена его взглядов отражена в одном из частных писем начала 1796 года: «Ныне я… упрекаю себя в том, что некогда чернил и революционное правительство, и Робеспьера, и Сен-Жюста, и других. Я полагаю, что эти люди сами по себе стоили больше, чем все остальные революционеры, вместе взятые, и что их диктаторское правление было дьявольски хорошо задумано». Бабеф подчеркивал: «…робеспьеризм — это демократия, и два эти слова совершенно тождественны… Мы лишь вторые Гракхи французской революции… мы лишь следуем за первыми великодушными защитниками народа, до нас указавшими ту цель справедливости и благоденствия, которой народ должен достигнуть». Провозгласив себя наследником и продолжателем дела Робеспьера, Бабеф в своей «Газете свободы печати» прежде всего принялся отстаивать свободу печатного слова от посягательств администрации. Причем был очень резок в выражениях, что в те времена было редкостью. По сути дела, особого давления на газету после 9 термидора не было, но Бабеф стремился укрепить в сознании общества принципы неограниченной свободы прессы, чтобы застраховать ее от правительственного давления в будущем.
«Выходки» Бабефа раздражали многих, и 13 октября 1794 года комитет общественной безопасности отдал приказ арестовать Бабефа. В тюрьме, где Бабеф находился до осени 1795 года, он работал над «Манифестом плебеев» и усиленно вел агитационную работу. Особенно сблизился он с арестованным гусарским капитаном Жерменом, ставшим впоследствии одним из виднейших организаторов движения бабувистов (последователей Бабефа). В парижской тюрьме Плесси он познакомился с Филиппом Буонарроти, деятелем революционного движения во Франции и Италии, коммунистом-утопистом. Именно в тюрьме сложилось основное ядро будущих участников утопически-коммунистического движения.
В октябре 1795 года Бабефа по амнистии выпустили на свободу. Он сразу же возобновил издание «Народного трибуна», где опубликовал «Манифест плебеев» — первый манифест коммунистов. Настало время положить конец нищете, говорилось в нем, экспроприировать богатых, отнять у них то, что они отняли у бедных с помощью грабежа их имущества и пользуясь законами, которые защищают воров и мошенников. «Манифест» провозглашал, что целью общества является всеобщее благо. Земля не принадлежит никому в частности — она принадлежит всем. Все, что превышает необходимые средства для удовлетворения потребностей, есть социальное воровство.
Бабеф считал, что самое лучшее правительство не в состоянии в корне изменить социальный порядок — необходимо разрушить источник корыстолюбия и властолюбия. «Надо изменить все общественные учреждения таким образом, чтобы они лишили всех индивидов надежды сделаться когда бы то ни было ни более богатыми, ни более могущественными, ни более выдающимися, чем все остальные, равные ему». Документ, который предлагался французскому народу для изучения и ознакомления с его сущностью, заканчивался такими призывами: «Народ! Пробудись, выйди из своего оцепенения. Пусть это произведение станет сигналом, станет молнией, которая оживит, возродит всех. Пусть народ узнает подлинную идею равенства. Пусть будут низвергнуты все эти старые варварские учреждения… Пусть будет нам видна цель общества, пусть будет видно общее благоденствие».