Кровожадные требования государственного обвинителя были удовлетворены полностью особым присутствием Сената. Все подсудимые, в том числе несовершеннолетний Рысаков, не достигший 19 лет, были приговорены к смерти. Защита указывала на недопущение законом смертной казни для несовершеннолетних. Суд не согласился с этим. Все обвиняемые были признаны виновными в принадлежности к тайному сообществу русской социал-революционной партии, имевшей целью ниспровержение государственного и общественного строя в Российской империи путем насильственного переворота и в посягательствах на государя и других лиц. Софья Перовская была первой русской женщиной, казненной по политическому делу. Эта казнь 3 апреля 1881 года стала последней публично исполненной казнью в Петербурге. Для отправки на казнь осужденные были посажены на две «позорные колесницы». На груди осужденных были повешены черные доски с крупной надписью «цареубийца». Руки были связаны за спиной веревками. Вера Фигнер писала: «Руки Перовской были так туго скручены веревкой, что она сказала: „Мне больно, отпустите немного“. „После будет еще больней“, — грубо буркнул жандармский офицер».
Вслед за позорными колесницами ехали две кареты с пятью священниками в траурных ризах и с крестами в руках. Конные жандармы окружали процессию, которая медленно продвигалась по улицам города к месту казни. Эшафот представлял собою помост в два аршина высотой с тремя позорными столбами и виселицей в виде буквы «П». Это была общая виселица для пяти цареубийц. Позади эшафота находились пять черных деревянных гробов.
«Невозмутимое спокойствие отражались на лице Кибальчича. Желябов казался нервным и часто поворачивал голову в сторону Перовской.
Вскоре после того, как преступники были привязаны к позорным столбам, раздалась военная команда „на караул“, после чего градоначальник известил прокурора судебной палаты, господина Плеве, что все готово к совершению последнего акта земного правосудия.
Палач и два его помощника остались на эшафоте, пока обер-секретарь Попов читал приговор. Чтение краткого приговора продолжалось несколько минут. Все присутствующие обнажили головы. Осужденные почти одновременно подошли к священникам и поцеловали крест, после чего они были отведены палачами, каждый к своей веревке.
Бодрость не покидала Желябова, Перовскую, а особенно Кибальчича. Перед тем, как наденут на них саван с капюшоном, Желябов и Михайлов, приблизившись к Перовской, поцелуем простились с нею. Рысаков стоял неподвижно и смотрел на Желябова все время, пока палач надевал на его сотоварищей саван висельников.
Палач Фролов „начал“ с Кибальчича. Надев на него саван и наложив вокруг шеи петлю, он притянул ее крепко, завязав конец веревки к правому столбу виселицы. Потом он приступил к Михайлову, Перовской и Желябову. Последний по очереди был Рысаков, у него подкосились колени, когда палач быстрым движением накинул на него саван и башлык.
В 9 часов 20 минут палач Фролов, окончив все приготовления к казни, подошел к Кибальчичу и подвел его на высокую черную скамью, помогая взойти на две ступеньки. Палач отдернул скамейку, и преступник повис на воздухе. Смерть настигла Кибальчича мгновенно; по крайней мере, его тело вскоре повисло без конвульсий.
После казни Кибальчича вторым был казнен Михайлов, он дважды срывался с веревки. При первом падении Михайлов сам поднялся и при помощи палача встал на скамейку. Он сорвался вторично и окончательно был повешен лишь в третий раз.
За ним последовала Перовская. Четвертым был казнен Желябов, последним — Рысаков. Он несколько минут боролся с палачом, не давая столкнуть себя со скамьи.
В 8 часов 30 минут казнь окончилась. Трупы казненных висели не более 20 минут. Затем на эшафот были внесены пять черных гробов, которые помощники палача подставили под каждый труп. Военный врач в присутствии двух членов прокуратуры освидетельствовал снятые и положенные в гроб трупы казненных. По освидетельствовании трупов гробы были немедленно накрыты крышками, заколочены и отвезены под сильным конвоем на станцию железной дороги, для предания тел казненных земле на Преображенском кладбище».[29]
«Вся процедура окончилась в 9 часов 58 минут. В 10 часов градоначальник дал приказ к разбору эшафота, что и было немедленно исполнено тут же находившимися плотниками, после того, как палач Фролов, или, как он себя называл, „заплечных дел мастер“, так и его помощники были отвезены в арестантских „хозяйственных фургонах тюремного ведомства“ в Литовский замок.