В 1946 году был учрежден Международный Военный Трибунал для Дальнего Востока с местопребыванием в Токио. Устав этого Трибунала был утвержден приказом Главнокомандующего союзных войск на Дальнем Востоке Макартура 19 января 1946 года. Устав определял структуру Трибунала, юрисдикцию и общие условия, обеспечивающие справедливый суд над обвиняемыми. Кроме того, были утверждены правила процедуры Международного Военного Трибунала для Дальнего Востока, регламентировавшие, извещение подсудимых, представление дополнительных документов, порядок ведения процесса, допроса свидетелей, рассмотрения ходатайств, ведения протокола и т. д. Список стран, представленных на этом процессе, был гораздо шире. Обвинительное заключение по делу 28 главных японских военных преступников было составлено от имени США, Китайской Республики, Великобритании, СССР, Австралии, Канады, Франции, Нидерландов, Новой Зеландии, Индии и Филиппин. Оно содержало 53 пункта, сгруппированных в трех главах.
Первая глава содержала обвинение в преступлениях против мира в соответствии со статьей 5 Устава Международного Военного Трибунала для Дальнего Востока. Пункт «а» этой главы предусматривал следующие преступления: планирование, подготовка, развязывание или ведение объявленной или необъявленной агрессивной войны или войны, нарушающей международное право, договоры, соглашения или обязательства, или же участие в совместном плане или заговоре в целях осуществления любого из упомянутых выше действий. Пункт «б» устанавливал ответственность за преступления против правил и обычаев войны.
Вторая глава определяла ответственность за убийства, заговоры и покушения на убийство, являющиеся действиями, за которые перечисленные лица, каждый из них в отдельности, несут персональную ответственность. Эти действия являются одновременно и преступлениями против мира, против законов войны и преступлениями против человечности, а также нарушением всех параграфов статьи 5 упомянутого Устава, международного права и внутренних законов всех или одной и более стран, где эти преступления совершались (включая Японию).
Третья глава содержала обвинения в преступлениях против обычаев войны и в преступлениях против человечности, являющихся актами, за которые названные лица и каждый из них в отдельности несут персональную ответственность согласно статье 5 Устава Международного Военного Трибунала для Дальнего Востока и согласно международному праву или одному из них. Например, пункт 45 гласил. «Обвиняемые Араки, Хасимато, Хата, Хиранума, Хирота, Итагаки, Кал, Кидо, Мацуи, Муто, Судзуки и Умедзу 12 декабря 1939 года и в последующие дни посредством незаконных приказов, попустительства и разрешения вооруженным силам Японии напасть на город Нанкин, в нарушение договорных статей, перечисленных в пункте 2 данного документа, и путем организации массовых убийств его жителей и нарушения международного права незаконно убили тысячи лиц гражданского населения и разоруженных солдат Китайской Республики, имена и численность которых в настоящее время неизвестны».
Пункты «б» и «е» статьи 5 предусматривали ответственность за такие преступления против законов ведения войны и против человечности, как убийства, истребление, порабощение, а также другие бесчеловечные акты, совершенные как по политическим, так и расовым мотивам, которые были произведены во время совершения любого преступления или в связи с ним, независимо от того, нарушало ли такое действие внутренние законы той страны, где оно совершалось. Во всех пунктах обвинительного заключения были детализированы как сами многочисленные акты преступных деяний, так и формы конкретного участия в них отдельных обвиняемых. Все обвиняемые занимали самые высокие посты в правительстве и командовании вооруженными силами. Было отмечено, что все эти преступления были заранее запланированы в целях осуществления бредовой идеи японской военщиньг обеспечить господство Японии, нацистской Германии и фашистской Италии над миром. Осуществление агрессии сопровождалось неслыханными жестокостями, полным попранием принципов свободы и уважения человеческой личности, разорением экономики, уничтожением культурных ценностей.