Салли Флуд настаивал на своем: «Матросы „Марии Целесты“ перепились и подняли бунт. Они убили капитана, его жену, дочь, лейтенанта, старшину и выбросили трупы в море. Потом, отрезвев и увидев, что натворили, матросы покинули корабль и были подобраны каким-то кораблем».
Такие гипотезы ничем нельзя было ни подтвердить, ни опровергнуть. Консул Соединенных Штатов в Гибралтаре направил донесение в Вашингтон, чтобы там могли принять необходимые меры для розыска и наказания преступников. Прокурор со своей стороны дал знать в министерство торговли в Лондоне и во все английские и американские консульства, чтобы в случае, если обнаружатся люди с «Марии Целесты», их сразу задержали и допросили. К тому же все крупные газеты, выходившие на английском языке, напечатали сообщения с призывом ко всем, кто мог дать какие-нибудь сведения о «Марии Целесте», обратиться к властям.
Комиссия решила, что шторм не мог стать причиной трагедии. Один из главных доводов — масленка на швейной машинке. При шторме никем не управляемая бригантина испытывала бы сильную бортовую и килевую качку, в результате чего масленка соскользнула бы с гладкой полки швейной машинки на ковер. Это случилось бы и с тарелками, стоявшими на столе в кают-компании.
Вскоре из Нью-Йорка в Гибралтар прибыл Джеймс Х. Уинчестер, владелец бригантины, и с ним капитан Хатчинс, который должен был принять командование судном, когда следствие будет закончено. Уинчестер сообщил, что обнаруженная на корабле фисгармония принадлежала миссис Бриггс, которая взяла ее с собой, чтобы развлечься во время плавания. А из двух спасательных шлюпок одна была сломана во время погрузки и ее не успели заменить, но вторая во время отплытия, несомненно, была на корабле.
Больше ничего нового установить не удалось, и 26 марта 1872 года Трибунал Морского флота постановил выдать Морхаусу награду за спасение в размере одной пятой части стоимости «Марии Целесты», включая и груз. Это составило 1700 фунтов стерлингов, которые и поделили между собой капитан и команда. Вскоре после этого «Мария Целеста» под командованием капитана Хатчинса покинула Гибралтар, направляясь в Геную, куда ей надо было доставить груз.
Тайну бригантины пытались разгадать и в Америке. Уильям А. Ричард, который был в то время министром финансов Соединенных Штатов, написал открытое письмо, которое появилось на первой странице «Нью-Йорк таймс» 23 марта 1873 года:
«Обстоятельства дела вызывают весьма мрачные опасения, что капитан судна, его жена, ребенок и, возможно, старший помощник были убиты озверевшими от выпивки матросами, которые, по-видимому, получили доступ к бочкам со спиртными напитками, составлявшим значительную часть груза.
Судя по всему, судно было покинуто экипажем в период между 25 ноября и 5 декабря; экипаж либо погиб в море, либо, что более вероятно, был подобран судном, направлявшимся в один из портов Северной или Южной Америки либо Вест-Индии».
«Мария Целеста» была возвращена судовладельцу и продолжала плавать, хотя все время возникали трудности с набором команды. Дурная слава прочно закрепилась за судном, и моряки неохотно нанимались на бригантину. Казалось, что какой-то рок преследует несчастный парусник. В 1885 году «Мария Целеста» погибла, и тоже при весьма загадочных обстоятельствах. В отличную погоду бригантина наскочила на подводные скалы около Гаити и затонула. Катастрофа выглядела столь необычной, что капитана обвинили в умышленной аварии для получения страховки. Однако незадолго до судебного процесса он умер.
Гибель «Марии Целесты» породила много, порой фантастических, гипотез об исчезновении экипажа судна. Вновь появились охотники раскрыть тайну бригантины: журналисты, писатели, детективы, мореходы… Приходя к различным выводам и делая весьма необычные заключения, они все же не смогли найти сколько-нибудь убедительной версии.
Капитана Морхауса и его людей обвиняли в том, что они захватили «Марию Целесту», уничтожив весь экипаж, в надежде получить премию за якобы спасенное судно. Ходили слухи, что еще в Нью-Йорке Морхаусу удалось каким-то образом устроить на «Марию Целесту» своих матросов; те быстро завладели судном, убили людей, выбросили их за борт и в условленном заранее месте стали ждать, когда подойдет «Деи Грация».
По другой версии, владелец «Марии Целесты» подговорил матросов убить капитана Бриггса вместе с семьей и затопить судно, чтобы получить страховую премию, но матросы допустили какую-то оплошность и погибли. Возможно, план предусматривал, что они прыгнут в море и вплавь доберутся до берега, когда судно подойдет к скалам возле Азорских островов, но внезапный порыв ветра отогнал «Марию Целесту» в безопасное место, и она продолжала плавание, а матросы утонули или погибли.