Согласно одной из самых распространенных версий, в носовом трюме «Марии Целесты» взорвались пары спирта. Взрывом сорвало люковые крышки трюма. Опасаясь последующих взрывов, люди поспешно спустили шлюпку и отплыли от судна, которое каждую секунду могло превратиться в огромный факел. Взрывов больше не было, но внезапно налетевший шквал погнал бригантину прочь, лишив людей возможности вернуться на судно. Шлюпка затерялась в море и погибла.
Со временем версии стали еще более изощренными. Была высказана мысль, что испорченная пища вызвала у экипажа галлюцинации, и люди стали кидаться в море, чтобы спастись от ужасных видений. По другой версии, всех отравил кок, который выбросил тела умерших за борт и сам прыгнул вслед за ними.
Были истории и совершенно фантастическими. Например, морское чудовище в виде гигантского осьминога уничтожило всех членов экипажа. «Марию Целесту» атаковали мавританские пираты, которые, увидев приближающуюся «Деи Грация», испугались и обратились в бегство, взяв с собой экипаж бригантины.
Другие утверждали, что на судне вспыхнула эпидемия чумы. Капитан с женой и дочерью, сопровождаемые штурманом, поспешно покинули судно на шлюпке, которая потом погибла. Оставшиеся на борту открыли трюм, добрались до спирта, перепились и упали за борт.
Некоторые уверяли, что экипаж оставил судно из-за мощного смерча, который в море не менее опасен, чем торнадо на суше. По другой версии, подводное землетрясение или еще что-то в этом роде вызвало на бригантине панику, и команда покинула корабль. Еще один вариант: где-то неподалеку от Азорских островов «Мария Целеста» наткнулась на «блуждающий остров», то есть движущуюся песчаную отмель, которая постоянно меняет свое местоположение. Сев на мель, экипаж решил, что спасения им ждать неоткуда; они погрузились в шлюпку и, очевидно, погибли в океане. Корабль же после очередной подвижки «острова» вновь оказался на плаву.
Допускалось также, что «Мария Целеста» наткнулась на вулканический остров, неожиданно всплывший из глубин океана. Команда высадилась на этот кусочек земли. После повторного толчка или извержения вулкана остров опять ушел под воду. Люди потонули, бригантина без команды поплыла дальше подобно «Летучему Голландцу».
Приводилась и такая версия. Дочь капитана София любила с бушприта бригантины смотреть на дельфинов. Боясь, что она может упасть в море, ее отец приказал соорудить специальную площадку. Когда команда устроила состязания по плаванию, на этой площадке собрались все матросы. Под их тяжестью площадка рухнула. На людей напали акулы. Спустили шлюпку, но она перевернулась и затонула. Оставшаяся на борту жена капитана с горя бросилась в море.
Через много лет после того, как произошло это событие, объявился человек, который утверждал, будто он единственный из членов экипажа «Марии Целесты», кому удалось спастись. Он рассказал, что капитан вызвал старшего помощника на соревнование, кто быстрее проплывет вокруг судна, но их атаковала акула. Матросы с ужасом смотрели на эту сцену, как вдруг на палубу обрушилась огромная волна и всех до единого смыла за борт. «Мария Целеста» не перевернулась и продолжала плыть дальше, а экипаж, кроме одного матроса, утонул.
Самозванцы, выдававшие себя за матросов с «Марии Целесты», стали появляться один за другим. Даже через пятьдесят лет после исчезновения судна можно было услышать «излияния» моряков, утверждавших, будто они плавали с капитаном Бриггсом.
В 1884 году молодой и тогда еще мало кому известный Артур Конан Дойл опубликовал в январском номере журнала «Корнхилл мэгэзин» рассказ, называвшийся «Сообщение Дж. Шебекука Джефсона». Его герой, с таким чудным именем, был якобы одним из уцелевших моряков с «Марии Целесты». Рассказу Конан Дойля, появившемуся через одиннадцать лет после истории с «Марией Целестой», поверили сразу и безоговорочно, потому что многое в нем было очень правдоподобно. И многое из того, что рассказывают сейчас о бригантине «Мария Целеста», на самом деле почерпнуто из повествования Конан Дойля.
Создатель образа Шерлока Холмса предложил свою версию: на судно было совершено нападение.
«…Едва я поставил ногу на шканцы, как на меня набросились сзади, повалили на спину и заткнули рот платком. Я боролся как мог, но веревка быстро и крепко обмоталась вокруг моего тела, и я почувствовал, как меня привязали к одной из лодок. Я не мог защищаться, а во избежание каких-либо попыток сопротивления мне приставили нож к горлу. Ночь была так темна, что я не мог рассмотреть, кто же напал на меня…»
«…В тишине ночи я услышал глухой стон, затем несколько всплесков».
«Это все, что я знаю о судьбе моих товарищей. Почти немедленно вслед за этим большая лодка последовала за нами, и покинутое судно было оставлено качающимся на волнах. Виден был только мрачный, похожий на привидение корпус корабля».
В талантливом изложении писателя вся история звучала столь убедительно, что читающая публика приняла художественный вымысел за правду. Некоторые газеты вышли с шапками: «Тайна „Марии Целесты“ раскрыта!»