В это время гражданская война достигла наивысшего ожесточения. Непримиримые католики объединились в Лигу, возглавляемую Генрихом Гизом и его братьями. Под прикрытием религиозной борьбы лигисты начали интриги против Генриха III, стараясь свергнуть его с престола. С каждым месяцем король чувствовал себя в Париже всё неуютнее. Наконец в мае 1588 года он бежал в Шартр, а в ноябре его телохранители внезапно напали на Генриха Гиза и зарезали его прямо перед кабинетом короля. После этого отчаянного поступка между Генрихом IV и парижанами уже не могло быть примирения. Главой Лиги сделался младший брат убитого Гиза, герцог Майенский. Генрих стал искать поддержки у короля Наваррского и, поскольку у него не было своих детей, официально признал его в апреле 1589 года своим наследником. Оба Генриха соединили свои войска и подступили к Парижу. Осада была в самом разгаре, когда 1 августа фанатик Жак Клеман заколол короля кинжалом.
Гугеноты, осаждавшие Париж, в тот же день провозгласили Генриха Наваррского королём Франции. Но предводители католической части осаждавшей армии не решались безусловно признать его. Они объявили короля Наваррского законным наследником Генриха III, но с условием принять католичество. Парижане избрали королём дядю Генриха IV, старого кардинала Карла Бурбона, но фактически мятежниками продолжал управлять герцог Майенский. Собственных сил для осады Парижа у Генриха не было. Поэтому он отступил в Нормандию и четыре года вёл войну между берегами Сены и Луары. Сначала он подступил к Дьеппу. Герцог Майенский преследовал его во главе более многочисленной армии. Генрих занял крепкую позицию между трёх рек подле Аркского замка. В течение двух недель происходили непрерывные стычки, а 21 сентября завязался горячий бой, в котором король показал себя отважным воином и заставил герцога отступить, хотя тот и имел втрое больше сил. Генрих двинулся на Париж. 21 октября гугеноты завладели пятью предместьями на левом берегу Сены и разграбили их. Этим успехи Генриха пока ограничились. Он отступил в Тур, который стал для него временной резиденцией. Следующие месяцы были очень важны для короля. Ещё прежде он объявил, что гугеноты не получат от него никаких новых прав, кроме тех, которые были определены по договору с прежним королём, и что он готов отдать все религиозные споры на суд церковного собора. Как для гугенотов, так и для католиков это были приемлемые условия.
Новый король обладал привлекательной наружностью и приятным характером. На поле боя он пленял своей храбростью, а в мирное время привлекал своим остроумием и добродушием, иногда притворным, но всегда любезным. Государственные люди обоих партий всё более убеждались из его переписки и из его образа действий, что Генрих одарён дальновидностью и ясным умом, ненавидит партийные интриги и умеет «одной рукой наносить удары, в то время как другая раздаёт милостыни», отличается благородством идей и твёрдостью характера. Французскому народу, утомлённому долгими десятилетиями междоусобий, он представлялся именно тем человеком, который сумеет восстановить внутреннее спокойствие.
Весной 1590 года Генрих подошёл к Дрё. Герцог Майенский, желая освободить эту крепость от осады, вступил под Иври в бой с королём. Генрих бросился в битву с отвагой средневекового рыцаря. В короткий срок армия герцога была рассеяна, и королевские войска преследовали её до самой ночи. Генрих истребил у католиков всю пехоту, до тысячи человек конницы и завладел большей частью их артиллерии. Сам глава Лиги бежал без свиты в Мант. Этим сражением был предрешён исход войны. Герцог не решился возвратиться в Париж. Старый кардинал Бурбон вскоре умер, и у католиков не было никого, кто мог бы занять его место. Однако военные действия продолжались ещё несколько лет. Генрих подступил к Парижу и начал новую осаду. Вскоре в городе стал свирепствовать голод. Если бы не помощь извне, горожанам пришлось бы на этот раз сдаться. Но испанский король Филипп II, внимательно наблюдавший за ходом дел во Франции, двинул на помощь католикам всю нидерландскую армию. В августе герцог Пармский доставил в Париж продовольствие и принудил короля снять осаду. В 1591 году Генрих получил значительную денежную помощь от английской королевы Елизаветы, набрал наёмников и стал повсюду теснить католиков. Были взяты Мант, Шатр и Нойон.