В 1592 году Генрих осадил Руан, считавшийся одним из оплотов Католической лиги. Чтобы спасти столицу Нормандии, герцог Пармский во второй раз вторгся во Францию из Нидерландов. Однако до решительного сражения с испанцами опять не дошло. Генрих отступил от Руана, но сохранил сильные позиции в других местах. Было очевидно, что военным путём ни одна из партий не сможет добиться победы. В 1593 году герцог Майенский созвал в Париже Генеральные штаты для избрания нового короля-католика. С самого начала депутаты были в большом затруднении: Генрих оставался единственным законным претендентом на престол. Противопоставить ему можно было только дочь Филиппа II Изабеллу (по матери она приходилась внучкой Генриху II). Среди депутатов инфанта имела немало сторонников, но даже самые рьяные из них отдавали себе отчёт в том, что поставить во главе Франции женщину, и к тому же испанку, будет нелёгким делом. Между тем Генрих поспешил выбить почву из-под ног своих врагов, объявив 23 июля о переходе в католичество. Надо полагать, он решился на этот шаг не без колебаний, хотя едва ли они были религиозного характера. Генрих был достаточно трезвым политиком и закоренелым вольнодумцем, чтобы, выбирая между вопросами веры и политическими выгодами, предпочесть веру. На упрёки своих приверженцев король, по-видимому шутливо, но на самом деле вполне серьёзно отвечал, что «Париж стоит мессы». И это было его искреннее мнение. Сомнения вызывали другие соображения: сделается ли он сильнее от перемены религии, останутся ли ему верны прежние сторонники-гугеноты и готовы ли примириться с ним старые враги-лигисты.
Ему не пришлось долго ждать ответа на эти вопросы. 25 июля король в первый раз присутствовал на католической службе в сен-дениском храме, после чего епископ Буржский торжественно объявил о его возвращении в лоно римской церкви. Едва об этом стало известно в столице, многие парижане, несмотря на запрещение герцога Майенского, поспешили в Сен-Дени приветствовать своего короля. Гугеноты хотя и порицали Генриха за перемену вероисповедания, продолжали держать его сторону, понимая, что этот король никогда не начнёт против них религиозных гонений. Герцог Майенский тщетно призывал своих сторонников к оружию и убеждал их не верить «притворному обращению» короля. Его никто не хотел слушать. Города и вельможи постепенно прекращали борьбу, одни добровольно, а другие продавая свою верность на более или менее выгодных условиях. Таким образом, Генрих завладел своим королевством «по частям и по клочкам», по выражению Сюлли. Он вступил в январе 1594 года в Мо, который был сдан ему комендантом этого города Витри. Потом получил Орлеан и Бурж от Ла-Шатра и Экс в Провансе от местного парламента. В феврале сдали свой город лионские политики. В Шартре Генрих был торжественно помазан по старому обычаю французских королей и 22 марта без боя вошёл в Париж. Тогда же были окончены переговоры о сдаче Руана. Лаон, Амьен и другие города Пикардии, считавшиеся колыбелью Лиги, один за другим открывали свои ворота. Карл Гиз, племянник герцога Майенского, отдал Генриху Шампань. Каждый из этих договоров стоил королю многочисленных уступок в виде раздачи почётных отличий, политических прав и в особенности денежных сумм. Генрих щедро раздавал титулы, назначал пенсии, уплачивал чужие долги, предпочитая материальные издержки кровопролитию. Но там, где переговоры не давали ожидаемого результата, король пускал в ход оружие. В июле 1595 года в сражении при Фонтен-Франсез он нанёс поражение своему старому врагу герцогу Майенскому и отобрал у него Бургундию. Но затем заключил с ним очень сносный договор, стараясь всячески щадить его политические и религиозные чувства: везде, где это было возможно, король старался быть выше личной вражды. В сентябре папа Климент VIII, опасаясь, как бы французская церковь не вышла из-под его влияния, снял с Генриха церковное отлучение и заключил с ним формальный мир. Но продолжалась война с испанским королём, упорно не признававшим прав Генриха на французскую корону. В 1595 году испанцы взяли Камбре, в 1596 году - Кале и, наконец, в 1597 году - Амьен. Но, несмотря на эти успехи, Филипп по-прежнему не имел никакой надежды низложить Генриха. Денег на продолжение войны у него не было, и в мае 1598 года испанский король согласился на мир. Все завоёванные им провинции были возвращены Франции. Последним оплотом лигистов оставалась Бретань, захваченная герцогом Меркером. Генрих сам выступил против него и принудил к покорности.