19 октября Вильгельм с флотом отплыл в Англию, но сильная буря и противный ветер принудили его возвратиться. Эта задержка привела в уныние его английских союзников, но сам принц отнёсся к неудаче с полным спокойствием. 1 ноября он во второй раз вышел в море. На этот раз ему сопутствовал полный успех. 5 ноября корабли вошли в гавань Торэ, и армия Вильгельма, не встретив никакого сопротивления, высадилась на английский берег. Население высыпало встречать её радостными криками. Лондон сильно волновался в ожидании дальнейших событий. Все симпатии англичан были на стороне Вильгельма. Король Иаков пытался бежать, был задержан на берегу рыбаками и переехал в Рочестер. После его отъезда Вильгельм 18 декабря торжественно вступил в Лондон. Он благоразумно отказался от короны, которую предлагали ему по праву завоевания, и предоставил решение всех спорных вопросов парламенту. Так как единственный парламент Иакова был избран с нарушением законов, палата лордов созвала 26 декабря тех депутатов палаты общин, которые заседали в последнем парламенте Карла II. Эта палата провела закон о вручении временных полномочий по управлению страной принцу Оранскому и вотировала ему на текущие расходы 100 тысяч фунтов стерлингов. Затем были назначены выборы в новый парламент. Он собрался в следующем году и открыл свои заседания 22 января. 28-го числа было решено считать бегство Иакова равносильным его формальному отречению. Вопрос о том, кто должен занять вакантный престол, вызвал долгие споры. Все понимали, что реально править страной может сейчас только Вильгельм, но тори очень не хотели провозглашать его королём. Предлагали передать корону его жене Марии. На это Вильгельм отвечал, что никогда не согласится быть слугой своей жены, и, если власть не будет вручена ему лично, он немедленно покинет Англию. Ввиду этого тори скрепя сердце согласились, чтоб королевский сан был передан одновременно и Марии и Вильгельму. Однако правительственная власть вручалась одному Вильгельму и должна была сохраниться за ним даже в том случае, если бы он пережил жену. Затем корону должны были наследовать их дети, а если брак останется бесплодным - она должна была перейти к сестре Марии, Анне. Но прежде чем вручить власть Вильгельму, парламент принял билль о правах: в нём ясным и торжественным образом были изложены основные начала государственного устройства Англии. В том числе было утверждено, что король без согласия парламента не может вводить и собирать никаких налогов, что он не может созывать армию в мирное время, никаким образом мешать свободной работе парламента и вмешиваться в дела правосудия, которое будет совершаться совершенно свободно и независимо на основе существующих законов. 11 апреля Вильгельм и Мария короновались как английские короли.
Большим достоинством нового государя была его искренняя веротерпимость. Уже в мае он очень благосклонно принял депутацию шотландского парламента, которая сообщила ему о восстановлении в стране пресвитерианской церкви, и старался только о том, чтобы здесь не начались гонения на последователей англиканства. Вскоре по инициативе короля был принят «Акт о веротерпимости». Хотя веротерпимость, провозглашённая им, имела весьма ограниченный характер и освободила от преследования лишь незначительные разряды диссидентов, всё же он был важным шагом на пути к свободе совести. Католики не получили никаких послаблений, но более по политическим, чем по религиозным причинам. Как в Англии, так и в Шотландии сильны были позиции сторонников низложенного короля (их называли якобитами), большую роль среди которых играло фанатичное англиканское духовенство, очень подозрительно относившееся к веротерпимости Вильгельма. Уже в 1689 году произошли мощные восстания якобитов в Ирландии и горной Шотландии. Летом 1690 года Вильгельм переправился во главе большой армии в Ирландию. Здесь 30 июля на речке Бойне произошло решительно сражение, в котором англичане одержали полную победу. Дублин сдался без боя. Все имения мятежников были конфискованы, многие из якобитов покинули родину. Вильгельм был признан королём во всех трёх частях государства.