В 1474 году Иван выкупил у ростовских князей оставшуюся ещё у них половину их княжества. Однако гораздо более важным событием было окончательное покорение Новгорода. В 1477 году в Москву приехали два чиновника Новгородского веча. В своей челобитной они называли Ивана и его сына государями, тогда как прежде все новгородцы именовали их господами. Великий князь ухватился за это и 24 апреля отправил своих послов спросить: какого государства хочет Великий Новгород? Новгородцы на вече отвечали, что не называли великого князя государем и не посылали к нему послов говорить о каком-то новом государстве, весь Новгород, напротив, хочет, чтобы всё оставалось без перемены, по старине. Иван пришёл к митрополиту с вестью о клятвопреступлении новгородцев: «Я не хотел у них государства, сами присылали, а теперь запираются и на нас ложь положили». То же объявил матери, братьям, боярам, воеводам и по общему благословению и совету вооружился на новгородцев. Московские отряды распущены были по всей Новгородской земле от Заволочья до Наровы и должны были жечь людские поселения и истреблять жителей. Для защиты своей свободы у новгородцев не было ни материальных средств, ни нравственной силы. Они отправили владыку с послами просить у великого князя мира и правды. Условия, на которых тот предложил им мир, означали полный отказ от былой воли. Послам объявили волю Ивана: «Вече и колоколу не быть, посаднику не быть, государство Новгородское держать великому князю точно так же, как он держит государство в Низовой земле, а управлять в Новгороде его наместникам». Новгородцы должны были поневоле согласиться на всё. 15 января 1478 года все горожане были приведены к присяге на полное повиновение великому князю. Вечевой колокол был снят и отправлен в Москву.
В марте 1478 года Иван III возвратился в Москву, благополучно завершив всё дело. Но уже осенью 1479 года ему дали знать, что многие новгородцы пересылаются с Казимиром Польским, зовут его к себе, и король обещает явиться с полками, причём сносится с Ахматом, ханом Большой Орды, и зовёт его на Москву. К заговору оказались причастны братья Ивана. Положение было нешуточным, и, вопреки своему обычаю, Иван стал действовать быстро и решительно. Он утаил своё настоящее намерение и пустил слух, будто идёт на немцев, нападавших тогда на Псков, даже сын его не знал истинной цели похода. Новгородцы между тем, понадеявшись на помощь Казимира, прогнали великокняжеских наместников, возобновили вечевой порядок, избрали посадника и тысяцкого. Великий князь подошёл к городу с Аристотелем Фиораванти, который поставил против Новгорода пушки, и начал обстрел города. Тем временем великокняжеская рать захватила посады, и Новгород очутился в осаде. В городе начался разлад. Многие сообразили, что нет надежды на защиту, и поспешили заранее в стан великого князя. Руководители заговора, будучи не в силах обороняться, послали к Ивану просить «спаса», то есть грамоты на свободный проезд для переговоров. «Я вам спас, - сказал великий князь, - я спас невинным; я государь вам, отворите ворота, войду - никого невинного не оскорблю».
Новгородцы отворили ворота и сдались на полную волю победителя. На этот раз условия мира оказались намного тяжелее: москвичи казнили многих участников мятежа, более тысячи семей купеческих и детей боярских было выслано и поселено в Переславле, Владимире, Юрьеве, Муроме, Ростове, Костроме, Нижнем Новгороде. Через несколько дней после того московское войско погнало более 7 тысяч семей из Новгорода в Московскую землю. Всё недвижимое и движимое имущество переселённых сделалось достоянием великого князя. Немало сосланных умерли по дороге, так как их везли зимой, не дав собраться; оставшихся в живых расселили по разным посадам и городам: новгородским детям боярским давали поместья, а вместо них поселяли в Новгородскую землю москвичей.