В отличие от Карла V, который постоянно переезжал из одной страны в другую и сам участвовал в походах, Филипп всё время проводил в кабинете; ему нравилось думать, что, не выходя из комнаты, он правит половиной земного шара. Неограниченную власть он любил ещё более страстно, чем его отец. У него были фавориты, были служители, которыми он очень дорожил, но он никогда не делил с ними не только своей верховной власти, но даже своих правительственных забот. Он сам был своим первым министром и до самой старости хотел всё видеть своими собственными глазами. О своих правах, как и о своих обязанностях, он имел самое высокое понятие и считал себя главным слугой страны. Королевское звание, говорил он, есть должность, и самая важная из всех. Отправляясь в Эскориал из Мадрида, король брал с собой массу деловых бумаг. Трудолюбие его было невероятно: он подробно рассматривал содержание депеш своих посланников, делая многочисленные пометки на полях. Его секретари посылали ему заранее написанные ответы на все доклады, но он пересматривал содержание этих ответов и своими поправками показывал как свою проницательность, так и глубокое понимание каждого дела. Впрочем, это достоинство имело и обратную сторону, так как король в своей дотошности часто доходил до неважных мелочей, подолгу вникал в каждый вопрос и постоянно откладывал решение срочных дел. Но как бы то ни было, Филипп был великий король. Нация, которой он управлял, достигла в его царствование такого высокого положения, какого уже никогда более не достигала. Она стала во главе католического мира, охраняла его, служила для него руководительницей и господствовала над ним. В течение полувека Испания вела упорные войны в разных частях Европы.
По наследству от отца Филипп получил враждебные отношения с Францией и Римом. Папа Павел IV начал свой понтификат с того, что отлучил Карла и Филиппа от церкви и объявил Филиппа лишённым неаполитанской короны. Филипп принуждён был двинуть против папы свою итальянскую армию под командованием герцога Альбы. В сентябре 1557 года Павел IV капитулировал и подписал с Филиппом мирный договор. В то время как шла война в Италии, в Северную Францию вторглась англо-испанская армия под командованием герцога Савойского. В августе был взят Сен-Кантен, под стенами которого потерпел поражение французский коннетабль Монморанси. После этого дорога на Париж была открыта. Но отсутствие денег принудило Филиппа согласиться на переговоры. 2 апреля 1559 года в Като-Комбрези был подписан мирный договор, положивший конец многолетним итальянским войнам.
На смену им пришли бесконечные войны с отпавшими нидерландскими провинциями. Национальный и экономический гнёт тут был ещё усилен жестокими религиозными гонениями протестантов. В 1566 году большая депутация фламандских дворян вручила правившей Нидерландами герцогине Маргарите просьбу о смягчении эдикта против еретиков. Когда Филипп отказался удовлетворить это прошение, в Антверпене и некоторых других городах вспыхнули восстания. В следующем году они были подавлены, но Филипп решил пойти на самые крутые меры. Он назначил своим наместником в Нидерланды герцога Альбу, который неумеренной жестокостью довёл в 1572 году страну до нового восстания. В следующем году король сместил Альбу, однако было уже поздно. В 1575 году Голландия и Зеландия объявили о своём отделении от Испании. Фламандские провинции заключили с ними оборонительный союз. Только после ожесточённой войны испанцам к 1585 году удалось вновь овладеть южными католическими провинциями, но Голландия сохранила независимость.
Важнейшим делом Филиппа на Пиренейском полуострове стало приобретение Португалии. Он был ближайшим наследником бездетного португальского короля Себастьяна, однако кортесы медлили признавать его права. В 1580 году герцог Альба вступил в Португалию во главе большой армии, разбил врага у Алькантары и завладел Лиссабоном. В 1581 году Филипп приехал в покорённую страну и принял изъявление покорности своих новых подданных.