Жители шести восточных царств стали подданными Цинь. Для них это означало не просто смену властелина, но и во многом перемену всего образа их жизни. Основной идеологией в Цинь, в отличие от других царств, где распространилось конфуцианство, было учение фацзя, или легизм. Вопреки взглядам конфуцианцев легисты считали, что процветание государства зависит не от добродетелей государя, а от строгого и неуклонного исполнения законов. Логика закона служила для Ши-хуанди и его сановников основным руководством в их политической деятельности. В связи с этим всякое отступление от закона по мотивам доброты или гуманности считалось недозволенной слабостью. Суровая справедливость напрямую отождествлялась с волей Неба, и служение ей, по понятиям Ши-хуанди, составляло главную добродетель государя. Он был человеком железной воли и не терпел никакого сопротивления. Вскоре всё население Поднебесной почувствовало жёсткую руку нового императора. Сыма Цянь так характеризует порядки, установившиеся в империи Цинь: «Преобладали твёрдость, решительность и крайняя суровость, все дела решались на основании законов; считалось, что только жестокость и угнетение без проявления человеколюбия, милосердия, доброты и справедливости могут соответствовать пяти добродетельным силам. До крайности усердствовали в применении законов и долго никого не миловали».
Своей внутренней организацией Цинь также не походила ни на одно из чжоуских царств. Вместо иерархии феодальных владетелей здесь строго проводилась идея централизации. Вскоре после присоединения Ци возник вопрос о том, как быть с завоёванными царствами. Некоторые сановники советовали Ши-хуанди отправить туда правителями своих сыновей. Однако глава судебного приказа Ли Сы не согласился с таким решением и, ссылаясь на печальный пример династии Чжоу, заявил: «Чжоуские Вэнь-ван и У-ван жаловали владения во множестве сыновьям, младшим братьям и членам своей фамилии, но впоследствии их потомки стали отчуждёнными и сражались друг с другом как заклятые враги, владетельные князья всё чаще нападали и убивали друг друга, а чжоуский Сын Неба был не в состоянии прекратить эти междоусобицы. Ныне, благодаря вашим необыкновенным дарованиям, вся земля среди морей объединена в одно целое и разделена на области и уезды. Если теперь всех сыновей ваших и заслуженных чиновников щедро одарить доходами от поступающих податей, то этого будет вполне достаточно, и Поднебесной станет легче управлять. Отсутствие различных мнений о Поднебесной — вот средство к установлению спокойствия и мира. Если же снова поставить в княжествах владетельных князей, будет плохо». Ши-хуанди последовал этому совету. Он разделил империю на 36 областей, в каждой области поставил начальника — шоу, воеводу — вэя и инспектора — цзяня. Области делились на уезды, уезды — на районы, а районы — на волости. Для прекращения распрей, междоусобий и мятежей всему гражданскому населению было предписано сдать оружие. (В Сяньяне из него выплавили колокола, а также 12 металлических статуй, весом в 1000 дань каждая — около 30 тонн). Для пресечения всякого сепаратизма знать бывших княжеств в количестве 120 тысяч человек была насильно переселена в столицу Цинь Сяньян. Во всех завоёванных царствах Ши-хуанди велел разрушить городские стены, срыть оборонительные дамбы на реках и устранить все препятствия и преграды для свободного передвижения. Повсюду развернулось строительство новых дорог, которые необходимы были для налаживания быстрого сообщения между различными частями империи. В 212 году до Р.Х. началось сооружение стратегической дороги длиной 1800 ли (около 900 километров), которая должна была соединить Цзююань и Юньян. Император ввёл единую систему законов и измерений, мер веса, ёмкости и длины. Для всех повозок была установлена единая длина оси, а в письме введено единое начертание иероглифов.
В то же время, умиротворив Поднебесную, Ши-хуанди развернул наступление на окрестных варваров. В 215 году до Р.Х. он послал 300-тысячную армию на север против племени ху и захватил земли Хэнани (северную излучину Хуанхэ в нынешнем Автономном районе Внутренняя Монголия). Одновременно шла усиленная колонизация южных районов, заселённых варварскими племенами юэ. Здесь были образованы четыре новые области, куда Ши-хуанди велел ссылать всякого рода правонарушителей и преступников, а также людей, бежавших от наказаний, укрывавшихся от уплаты повинностей или отданных за долги в чужие дома. На северо-востоке император начал борьбу с воинственными сюну (хунну). От Юйчжуна вдоль реки Хуанхэ и на восток вплоть до гор Иньшань он учредил 34 новых уезда и велел построить стену вдоль Хуанхэ в качестве заслона от кочевников. Насильно переселяя и ссылая, он заполнил населением вновь учреждённые уезды.