Таким образом, когда он весной 1794 года приехал в Йену, чтобы занять предложенную ему кафедру философии, его имя было достаточно хорошо известно и привлекло на его лекции большое число слушателей. Публичные лекции Фихте, посвященные теме «Назначение ученого», посещало так много людей, что большая аудитория Йенского университета не могла вместить всех желающих. Вот что писал он своей жене, еще не переехавшей к нему в Йену: «В прошлую пятницу я читал свою первую публичную лекцию. Самая большая аудитория Йены оказалась слишком тесной; вход и двор были полны народа; сидели и стояли на столах и скамьях, тесня друг друга… Теперь я могу сказать с еще большей уверенностью, что все приняли меня с распростертыми объятиями, и очень многие достойные люди желают лично со мной познакомиться. Этим я обязан отчасти моей известности, которая в действительности гораздо больше, чем я думал…»
Молодых слушателей увлекал пафос Фихте, резко критиковавшего старые феодальные порядки во имя разума и свободы. «Всякий, считающий себя господином других, сам раб. Если он и не всегда действительно является таковым, то у него все же рабская душа, и перед первым попавшимся более сильным, который его поработит, он будет гнусно ползать… Только тот свободен, кто хочет все вокруг себя сделать свободным.»
Кроме публичных, Фихте читал и курс частных лекций, предназначенных уже не для широкой публики, а для студентов, которым он излагал содержание своей системы. Программа этого курса была предварительно подготовлена и напечатана под заголовком: «О понятии наукоучения, или так называемой философии». Лекции Фихте составили содержание его важнейшего сочинения первого периода — «Основы общего наукоучения», которое печаталось отдельными листами по ходу чтения лекций и было предназначено для слушателей. Несмотря на то, что наукоучение было весьма трудным для понимания и вызывало много вопросов не только у студентов, но и у коллег-философов, дидактический дар и ораторское искусство Фихте облегчало восприятие сложного построения.
В 1795 году Фихте вместе со своим другом Ф. И Нитхаммером, тоже профессором философии в Йене, стал издавать «Философский журнал общества немецких ученых», в котором публиковались многие работы самого Фихте и близких ему философов. Йенский период в творчестве философа был очень продуктивным: им был написан ряд исследований, в том числе две большие работы — «Основы естественного права согласно принципам наукоучения» (1796) и «Система учения о нравственности согласно принципам наукоучения» (1798). В этих произведениях получили свое обоснование и развитие те идеи, контуры которых были намечены в сочинениях, посвященных Французской революции. Его известность и влияние росли. Выдающиеся умы стали приверженцами наукоучения, среди них — Карл Рейнгольд, уже знаменитый философ, и молодой Фридрих Шеллинг.
Фихте завоевал уважение и признание таких людей, как Гете, Якоби, Вильгельм фон Гумбольдт, братья Фридрих и Август Шлегели, Шиллер, Тик, Новалис. Романтики Йенской школы создавали свои культурно-исторические и эстетические теории под непосредственным влиянием наукоучения. И материально Фихте теперь тоже был обеспечен. Вначале, правда, его жалованье сверхштатного профессора не превышало 200 талеров в год: на его приватный курс записалось сначала только 26 студентов. Однако к концу первого семестра число слушателей возросло до 60, а во втором семестре — до 200. Вместе с гонорарами за свои сочинения философ получал теперь до 3000 талеров в год; часть денег он отсылал родственникам в Рамменау, а в 1797 году смог даже купить себе дом в Йене. Однако кипучая деятельность молодого профессора была неожиданно прервана.
В Йенском университете у Фихте из-за его бескомпромиссности было и немало противников, в особенности после того, как он утратил поддержку Канта. Фихте считал, что его учение это лишь разъяснение правильно понятой им философии Канта, но на самом деле далеко от нее отошел и прежде всего от присущей ей созерцательности Кант заметил, что Фихте слишком удалился от его основных принципов, якобы развивая их. Например, отказался от «вещи в себе», а за разумом признал отвергнутую им способность к интуиции.