В 1798 году возник так называемый «спор об атеизме», переросший в общественный скандал, в результате чего весной 1799 года Фихте, обвиненный в атеизме, был вынужден подать в отставку. Поводом послужила публикация в 1798 году в «Философском журнале» статьи одного из слушателей Фихте Форберга «О развитии понятия религии», с которой Фихте как редактор журнала был не во всем согласен, а потому сопроводил ее своей статьей — «Об основании нашей веры в божественное мироправление». Фихте обвиняли за ограничение религии лишь моральной сферой. В действительности это обвинение было искусственным, поскольку и мораль как таковая носит у Фихте в конечном счете религиозный характер — он осознавал роль религии в объединении сил национального освобождения. В учении Фихте несомненно были элементы пантеизма (единства Бога и всего сущего), а его противники изображали это как атеизм. Все попытки друзей и высоких покровителей Фихте, среди которых был, в частности, Гёте, уладить скандал и сохранить для него возможность дальнейшей работы в Йенском университете не принесли желаемых результатов: философ предпочел уйти в отставку, нежели в чем-то поступиться своими принципами.
Оставаться после этого в Йене Фихте не захотел и летом 1799 года переехал в Берлин. Здесь он завязывает дружеские отношения с романтиками Ф. Шлегелем, Л. Тиком, Ф. Шлейермахером. Дружба скрашивает его жизнь в разлуке с семьей, которая еще некоторое время остается в Йене. По-прежнему Фихте продолжает много писать. Он завершает уже ранее начатое сочинение «Назначение человека» (1800), в котором намечается новый этап его развития — не без влияния Якоби, чья доброжелательная и глубокая критика наукоучения дала толчок к новым поискам разрешения трудностей, обнаружившихся в «Основе общего наукоучения». В том же году выходит в свет работа «Замкнутое торговое государство», которую Фихте считал лучшим своим произведением, а в 1801 году — трактат «Ясное, как солнце, сообщение широкой публике об истинной сущности новейшей философии».
Начало нового столетия было омрачено для Фихте разрывом с его молодым другом Ф. Шеллингом, прежде считавшим себя последователем наукоучения. Полемика с Шеллингом побудила Фихте вновь обратиться к обоснованию и прояснению принципов наукоучения, к чему, впрочем, он пришел уже ранее под влиянием Якоби, и не случайно именно 1800-й год стал рубежом в творчестве философа: он во многом уточняет как трактовку свободы, так и исходный пункт своего учения — понятие «Я».
Берлинская молодежь неоднократно просила Фихте провести частный курс лекций, и с осени 1800 года, в течение нескольких лет, он читает лекции, на которые, как и в Йене, стекается много публики: в числе его слушателей не только студенты, но и вполне зрелые люди: среди них — министр фон Альтенштейн, придворный советник фон Бейме и даже австрийский посол при Берлинском дворе князь Меттерних. Зимой 1804–1805 года философом был прочитан курс лекций на тему: «Основные черты современной эпохи», где была разработана концепция философии истории, а в 1806 году — лекции по философии религии, опубликованные под названием «Наставления к блаженной жизни, или Учение о религии».
Драматическим событием в жизни Фихте, как и других его соотечественников, оказалось поражение немцев в войне с французами и оккупация Берлина Наполеоном. Осенью 1806 года Фихте оставил Берлин и переехал в Кенигсберг, где работал до весны 1807 года. Однако семья философа оставалась в Берлине, и в конце лета он вынужден был вернуться. В декабре Фихте читал в оккупированном Берлине свои знаменитые «Речи к немецкой нации», в которых взывал к национальному самосознанию немцев, побуждая свой народ к единению и борьбе против оккупантов. Это был гражданский подвиг мыслителя, требовавший большого мужества.
Нервное напряжение подорвало силы Фихте, и весной 1808 года он заболел. Болезнь была длительной и тяжелой, Фихте долго не мог работать. Но, когда в 1810 году вновь открылся Берлинский университет, он согласился принять предложенную ему должность декана философского факультета. Вскоре его избрали ректором университета — должность, которую было нелегко исполнять такому прямому, темпераментному и лишенному «дипломатических» качеств человеку, каким был Фихте. Уже через полгода он подал прошение об отставке, которая была ему дана весной 1812 года.
Поражение наполеоновских войск в России открывало наконец немцам возможность освободиться от французской оккупации. Патриотический подъем вдохновлял Фихте. Именно осенью 1812 года он занялся новой переработкой наукоучения, написал сочинения «Об отношении логики к философии, или О трансцендентальной логике», «Факты сознания», «Вводные лекции в наукоучение». Однако творческий подъем продолжался недолго. В начале 1814 года жена Фихте, в течение нескольких месяцев ухаживавшая в госпитале за больными и ранеными, заболела тифом, Иоганн Готлиб заразился от нее и скончался 29 января 1814 года.