Он поспешил отправить в Испанию королевскую пятину - большой груз золота (некоторые авторы исчисляют всю добычу в 150 миллионов золотых рублей). Новые толпы искателей приключений бросились в Южную Америку. Корабли совершали частые плавания между Панамой и Перу. Писарро решил тогда перенести административный центр страны к морю и основал "Город Королей" (1535), который позднее получил название Лима.
На склоне жизни Писарро испытывал удовлетворение, прокладывая улицы городов, раздаривая дома своим друзьям. Индейцы выстроили и его личную резиденцию в испанском стиле, с привычным для них патио - внутренним двориком, засаженным привезенными оливковыми и апельсиновыми деревьями.
Но спокойное время продолжалось недолго. Младшие братья Писарро и другие испанцы в Куско нарушили договор и оскорбили правителя Манко. Взбешенный, он тайно готовил восстание. В апреле 1536 года Манко исчез из Куско и созвал своих вождей на встречу, где они поклялись изгнать ненавистных завоевателей из Перу. И уже в мае 190 испанцев в Куско оказались окруженными индейцами.
Восстание Манко продолжалось до декабря. Четыре экспедиции, посланные Писарро в поддержку своих братьев, потерпели поражение в горах, еще на подходах к Куско. Около 500 испанцев были убиты. И все-таки перуанцам не удалось освободить свою страну. Корабли с подкреплением прибыли из Центральной Америки, и блокада Куско была прорвана. Манко бежал в джунгли Амазонии, к священному городу Мачу-Пикчу, где и правил остатками своей империи вместе с тремя сыновьями в течение 35 лет.
Но еще большие трудности, чем с индейцами, испытал Писарро со своим старинным соратником и даже когда-то другом Диего де Альмагро. Тот всегда организовывал снабжение и пополнял людьми экспедиции Писарро. И был жестоко уязвлен тем, что король утвердил для него лишь титул губернатора Перу. Как только представился случай, он обвинил Писарро в присвоении всех званий.
Тогда Писарро сделал дипломатический ход: в награду за усердие Альмагро получил землю на юге Перу. Но когда Диего прибыл туда, то был разочарован - там нечем было поживиться. Он не знал, что на подвластной ему территории находится Потоси, где позже испанцы откроют богатейшие в мире залежи серебра. Альмагро претендовал на Куско. Схватка между испанцами не заставила себя долго ждать, причем она была не менее яростной, чем битвы с индейцами.
Междоусобицы закончились в Куско в 1538 году, когда Альмагро было нанесено поражение братом Писарро - Эрнандо. Неистовый и кровожадный Эрнандо казнил 120 человек, а самого Альмагро убил как предателя. Но это была его ошибка. Вернувшись в Испанию, он был заключен в тюрьму за этот акт мести.
Одержав победу над Манко и Альмагро, Писарро окончательно утвердился в новом городе Лиме. Он занимался обустройством своего дома, ухаживал за садом, прогуливался по улицам, навещая старых солдат, носил старомодное черное одеяние с красным рыцарским крестом на груди, дешевую обувь из оленьей кожи и шляпу. Единственной дорогой вещью у него была шуба из меха куницы, присланная кузеном Кортесом.
Писарро любил играть со своими четырьмя маленькими сыновьями, хотя так и не женился на их матери-индеанке или на какой-либо другой женщине. Он безразлично относился к хорошим винам, еде, лошадям. Постаревший и несказанно богатый, этот наиболее удачливый их всех конкистадоров, казалось, просто не знал, что делать с неожиданно свалившимся на него богатством. Он составил несколько завещаний. Главной его заботой было продолжить родословную и прославить имя Писарро. Всем своим наследникам, как мужского, так и женского пола, он наказывал носить эту фамилию.
Но казнь Альмагро повлекла за собой возмездие Воскресным утром 26 июля 1541 года, когда Писарро принимал у себя гостей, в дом ворвались 20 заговорщиков под началом Альмагро-младшего. Гости разбежались, некоторые выпрыгивали прямо из окон. 63-летний Писарро защищался в спальне мечом и кинжалом. Он дрался отчаянно, убил одного из нападавших, но силы были не равны, и вскоре он упал замертво от множества нанесенных ран.
Место, где он был убит в президентском дворце, теперь покрыто мраморными плитами. На площади Армас в Лиме стоит кафедральный собор, тоже связанный с именем Писарро. В 1977 году во время ремонтных работ в кирпичной кладке сводов собора были обнаружены гробы и свинцовая коробка. В ней оказался череп и рукоятка меча. Снаружи была выгравирована надпись:
Кортес Эрнан