Собор, собравшийся по делу патриарха Никона, хотел решить вопрос и с раскольниками. Долго убеждали протопопа примириться с церковью: «Вся Палестина, все православные земли крестятся тремя перстами, один ты стоишь на своем упорстве… Так не подобает». Но Аввакум был уже закален долгими годами тяжких испытаний и потому резко отвечал: «Ваше православие пестро от ересей, а моя вера чиста… и прах от ног моих я отрясаю перед вами по писанному; лучше един, творяй волю Божию, нежели тьмы беззаконий».
И тогда непокорного протопопа расстригли и предали с единомышленниками анафеме. А потом посадили в глубокое подземелье Николо-Угрешского подворья, где он усердно клал земные поклоны перед почерневшей от времени иконой. Из Угрешской тюрьмы протопопа перевели в Боровский монастырь, где он пробыл в заключении год. А потом Аввакума опять повезли на Собор, куда на этот раз прибыли и Восточные патриархи. На все увещевания он советовал им заимствовать свет у Русской церкви и «впредь приезжать к нам учиться». Когда возмущенные члены Собора бросились на протопопа, он закричал им: «Постойте, не бейте! Как же вы, убивши человека, будете совершать богослужение?» После этих слов он отошел к дверям и лег на пол, тем самым выказывав полное пренебрежение к увещеваниям вселенских патриархов.
В 1667 году Аввакума сослали в небольшой городок Пустозерск – «место тундряное, студеное и безлесное», куда даже ворон костей не занашивал. На север от города тянулся песчаный берег, а за ним раскинулось суровое море с его вечными льдами и грозными бурями. Вместе с ним в ссылку прибыли еще трое вождей «церковных мятежников»: соловецкий старец Епифаний (духовный отец Аввакума), бывший дьякон Федор Иванов из Благовещенского собора Кремля и отец Лазарь – священник из города Романова. В качестве «добавочной казни» старцу Епифанию и отцу Лазарю отрезали языки.
Тюрьмой Аввакума стала глубокая яма, вырытая в мерзлой, никогда не оттаивающей земле. В нее был спущен бревенчатый сруб, а между стеной сруба и землей оставался узкий коридор. Все это сооружение было покрыто толстыми бревнами и засыпано землей, наподобие могильного холма. С одной стороны его был простой лаз в коридор, прикрытый тяжелой дверью с запором. Они сидели по одиночке, каждый в своем срубе – без света, без воздуха, страдая от собственных испражнений… В знак протеста против таких условий содержания протопоп и его «соузники» отказались от всякой одежды и жили в ямах голые. Аввакум еще и постился, доведя себя до полного изнеможения. По ночам, пока стража дремала, они вылезали из своих ям и, отводя душу, вели тихие беседы. Протопоп Аввакум из своего сурового заточения ухитрялся посылать единоверцам послания, в которых призывал их к стойкости в борьбе за старую веру. Он даже здесь находил друзей и единомышленников, которые изредка приносили ему вести о том, что делается на свете, принимали его послания и разносили их по всей стране. Своими посланиями, которые оказывались самым ходовым товаром на Красной площади и в Охотном ряду, неистовый протопоп приводил царский дом в судорожный трепет.
Когда до Москвы дошли сведения, что узники по-прежнему крестятся двумя перстами, пишут и переправляют на волю смущающие народ послания и грозят царю-вероотступнику страшными карами, отцам Епифанию и Лазарю снова урезали языки и укоротили пальцы. Но они и окровавленными ртами славили Христа, проклинали Никона и, чтобы палачи не медлили, сами подставляли руки под топор.
Годы тяжкого заточения превратили Аввакума в дряхлого старика, и только глаза его горели прежним блеском. Он пишет письмо новому царю – Федору Алексеевичу – и со всей пылкостью перечисляет заблуждения его покойного родителя, как много совершил тот несправедливостей против верных сынов старины. И ему, царю Федору Алексеевичу, надлежит теперь исправить эти несправедливости, вернуть из ссылки истинных вероучителей… Но это письмо оказалось роковым в судьбе протопопа. Полное резких выражений против покойного царя Алексея Михайловича, оно, конечно же, не могло вызвать в молодом царе жалости к несчастному раскольнику. Быстро последовал царский указ о переводе Аввакума «с товарищи» из Пустозерского острога в тюрьмы других монастырей, однако по каким-то причинам перевод этот не состоялся. Но условия содержания узников в Пустозерске ужесточились. Караульным стрельцам под страхом смертной казни приказано было стеречь их накрепко, чтобы они не убежали, к ним никого не пропускать и «чернил и бумаги» не давать. Сотнику повелели смотреть за стрельцами, да и самому воеводе вменялось досматривать колодников «все дни». Несмотря на принятые меры, связь с волей узники не утратили: доставать бумагу стало затруднительно, так они приспособились писать на бересте. Но однажды из Москвы прибыл гонец с царским повелением: «за великие на царский дом хулы» приказано было «Аввакума-распопа, заблудша в ереси, с его товарищами в огонь ставить и в огне том сжечь».