Летом того же года на границе был задержан отставной коллежский асессор П. А. Ветошников, который вез из Лондона письма А. И. Герцена и Н. П. Огарева к А. А. Серно-Соловьевичу. В одном из писем была приписка:
Дело Н. Г. Чернышевского поручили вести "Особой следственной комиссии", учрежденной "высочайшим указом" от 16 мая 1862 года. Но комиссия оказалась в затруднении, так как улик против писателя по-прежнему не было. Правда, при обыске его квартиры нашли несколько "недозволенных книг", но такие книги можно было обнаружить в библиотеке почти каждого интеллигентного человека. Статьи, опубликованные в "Современнике", хоть и содержали крамольные мысли, но печатались с разрешения цензуры. И в "деле Н. Г. Чернышевского" лишь сиротливо лежала единственная бумажка с двумя строчками из письма А. И. Герцена.
Четыре месяца самых тщательных поисков не дали против Н. Г. Чернышевского ничего. Но 7 июля 1863 года его все равно арестовали и заключили в Алексеевский равелин в
Я не гуляю и не прохаживаюсь. Исключение бывает лишь когда я бываю принужден к тому желанием лица, пред которым обязан держать себя…
Сначала я думал, что тяжесть в голове, которую я чувствовал в первый месяц ареста, происходит от геморроя, я принуждал себя ходить по комнате для моциона. Но как только я заметил, что боль эта… ревматическая, происходящая от того, что я лежал головой к окну, я стал ложиться головой в противоположную сторону от окна и с того же дня… абсолютно перестал ходить по комнате. Когда меня приглашали выходить в сад, я сначала выходил, воображая, что в это время обыскивается комната, и что я возбудил бы подозрение отказом удалиться из нее. Но месяца через три я убедился, что обысков не делают, подозревать не станут, и стал отказываться выходить в сад.
В не пропущенном к жене письме от 5 октября 1862 года Н. Г. Чернышевский сообщал ей планы о предстоящих ему работах: