М.И. Кутузов был награжден орденом Святого Георгия 2-й степени за взятие Мачина. Главнокомандующий русскими войсками князь Репнин доносил в Санкт-Петербург: «Расторопность и сообразительность генерала Кутузова превосходят всякую мою похвалу…»
После Ясского мира генерал-поручик Голенищев-Кутузов был отправлен в 1792 году чрезвычайным послом России в столицу Оттоманской империи Стамбул (Константинополь), где проявил себя выдающимся дипломатом, блистательно выполнив поручения императрицы Екатерины II Великой.
В 1794 году его назначили директором Сухопутного шляхетского корпуса, на этом посту Кутузов воспитал много способных офицеров, которые впоследствии отличились в Отечественной войне 1812 года и других войнах Российской империи первой половины XIX столетия.
С 1795 года Михаил Илларионович был командующим и инспектором войск, расквартированных в Финляндии. В 1798 году Голенищев-Кутузов получил звание генерала от инфантерии. Успешно выполнил дипломатическую миссию в Пруссии, сделав ее союзницей России против Франции. Был литовским и санкт-петербургским генерал-губернатором. В 1802 году Кутузов вызвал неудовольствие императора Александра I неудовлетворительным состоянием столичной полиции и, попав в опалу, попросился в отставку от службы. Три года он проживал в своем поместье, находясь не у дел.
Когда началась война с завоевателем Европы Наполеоном Бонапартом, российский государь Александр I послал в 1805 году на помощь союзной Австрии две русские армии. Командовать одной из них он поручил генералу от инфантерии Кутузову. Пока его 50-тысячная армия находилась на марше, союзная австрийская армия потерпела полный разгром в сражении под Ульмом. Кутузов оказался один против превосходящих сил противника.
Тогда русский полководец совершил свой знаменитый отступательный марш-маневр от Браунау к Ольмицу (Оломоуцу), чтобы не позволить французам окружить свою армию. В ходе маневра русские разбили войска наполеоновских маршалов Мюрата под Аштеттином и Мортье под Дюренштейном. Этот марш вошел в историю военного искусства как замечательный образец стратегического маневра.
Вопреки мнению Кутузова император Александр I и австрийский император Франц I перешли в наступление на французскую армию. 20 ноября 1805 года состоялось Аустерлицкое сражение, в котором русский главнокомандующий оказался фактически отстраненным от командования войсками. Наполеон одержал под Аустерлицем одну из самых крупных своих побед. Александр I, прямой виновник поражения союзной русско-австрийской армии, вину за нее возложил на Кутузова, и тот снова оказался в опале.
Генерал от инфантерии был назначен киевским военным губернатором. В марте 1808 года ему поручили командовать корпусом Молдавской армии. Но из-за разногласий по поводу ведения боевых действий против турок в войне 1806–1812 годов и штурма крепости Браилов у Кутузова не сложились отношения с престарелым главнокомандующим, генерал-фельдмаршалом А.А. Прозоровским, и Михаила Илларионовича назначили виленским военным губернатором.
Однако именно Кутузову пришлось победно завершить эту затянувшуюся Русско-турецкую войну, на которую в Париже возлагали большие надежды, – император Наполеон I Бонапарт уже деятельно готовился к вторжению в Россию. В 1811 году, когда война с Турцией зашла в тупик, российский император назначил главнокомандующим Молдавской армией опального полководца. В Рущукском сражении, имея всего 15 тысяч войск, Кутузов нанес сокрушительное поражение 60-тысячной султанской армии под командованием опытного полководца Ахмет-паши.
После одержанной победы он преднамеренно отвел русскую армию за Дунай, в Валахию. За ним на противоположный дунайский берег устремился и неприятель, и 40 тысяч турок оказались блокированными русскими войсками в лагере под Слободзеей. Вскоре султанская армия сдалась «на сохранение» русскому главнокомандующему, и султан Махмуд II, лишившись цвета своего воинства, вынужден был заключить мир с Россией на выгодных для нее условиях.
Генерал от инфантерии М.И. Голенищев-Кутузов за победное окончание войны с Оттоманской Портой получил графский титул, но не вернул себе расположения императора. Александр I был недоволен действиями главнокомандующего Молдавской армией и условиями заключенного Кутузовым (он обладал такими правами) мира с турками. Полководец снова был отстранен от командных должностей в русской армии.
В начале Отечественной войны 1812 года Михаила Илларионовича избрали начальником Санкт-Петербургского, а затем Московского ополчений. После того как русские войска оставили Смоленск, под давлением общественности император назначил Кутузова главнокомандующим всей русской действующей армией, уступив членам Особого правительственного комитета.