Местность парка холмистая, с высотами около 1500 м, много озер. Большая часть территории покрыта травянистыми саваннами, распространены акации и комбретум, центральная часть парка покрыта различными ксерофитными видами кустарников.
Довольно разнообразна фауна парка. Здесь водятся зебра, антилопа, бородавочник, лев, леопард, крокодил. В большом количестве водятся гиппопотамы: вслед за буйволами они составляют самую большую биомассу парка — их около трех тысяч. Обитает множество водных и болотных птиц. Успешно реакклиматизирован черный носорог. На побережье водятся змеи — речные кобры и черные мамбы, подчас в большом количестве.
Одна из примет парка Кагера — громадное болото, которое тянется на 95 км с севера на юг по восточной границе заповедника. Оно образовано маленькими озерами, зарослями папируса, тростника, в нем много плавучих островов, полуостровов и отмелей. Сейчас вода в озерах стала илистой, с красноватым оттенком: из-за уничтожения лесов Руанды и заболачивания долины старение водоемов ускорилось.
Здесь можно видеть болото на разных стадиях его развития. Здесь растут высоченные папирусы, фикусы небольших размеров. На воде во многих местах есть плотный слой торфа, и по нему можно даже ходить.
А ведь еще не так давно болота тут не было: существовало озеро длиной около 50 км с большим количеством островов. На самом большом острове, Шанго, в древности была основана столица королевства Мубари. Жители озерной долины рыбачили, охотились и разводили скот. В конце XVII века это королевство, согласно приказу правителя Руанды, перестало существовать. Его жители отправились обживать другие места. Сейчас, например, племя баньямбо живет на танзанийском берегу болота.
Перед началом Первой мировой войны соплеменники вернулись на свою родину, но позже немцы вновь выгнали их с обжитых мест. А во время Второй мировой баньямбо снова оказались в родных местах.
Отношения с властями у этого племени были сложными. Бельгийцы, бывшие колонизаторы, подписали с баньямбо договор, по которому запрещалось охотиться (отлавливать крокодилов в пределах заповедника). Когда во время обыска в одной из деревень было обнаружено около двух тысяч крокодильих кож, колониальная администрация использовала этот факт как предлог, чтобы вновь изгнать баньямбо. С тех пор они стали жить на территории Танзании, иногда отправляясь на болото на рыбалку.
Вьен Жор и Вьен Ги пишут:
Когда весь район был превращен в национальный парк, баньямбо пришлось отказаться от рыбной ловли и охоты, что ущемило их права. Европейцы изредка наведываются к представителям племени, но баньямбо предпочитают поддерживать контакт только с полицией парка. Баньямбо охотятся на антилоп с помощью псов: собаки загоняют дичь, и когда антилопа теряет силы, охотники подплывают к ней на пирогах, пронзают ее копьем. Правда, сейчас баньямбо уже не те, для них совсем не характерен традиционный племенной быт, они также, как европейцы, пользуются пластмассовыми тазами, нейлоновыми сетями и радиоприемниками.
Достопримечательностью парка стал и Остров колдуньи, обладающей большим даром целительницы (к ней приезжают на излечение от недугов даже из соседних стран).
Озеро Ихема — самое крупное в парке. На его берегах обитают черные бакланы, цапли.