8 июля 1941 года Даян перешел границу с небольшой авангардной группой. Они захватили полицейский пост, но попали под тяжелый обстрел с французской стороны. И когда Даян искал с крыши дома огневую точку, используя бинокль убитого французского офицера, пуля разбила линзу, и осколки попали в левый глаз. Только через шесть часов его смогли эвакуировать и доставить в госпиталь в Хайфе. Хирурги извлекли остатки стекла и металла, а глазное отверстие зашили. Так появилась черная повязка, знаменитая во всем мире, ставшая своего рода символом воинственного Израиля и характерной деталью для карикатур. Для Даяна это закончилось долгим мучительным лечением и проблемами с мозгом в конце его активной жизни. Некоторые обвиняли Даяна в излишней театральности за то, что он носил черную повязку, но в действительности травма была столь серьезной, что стеклянный глаз сделать было невозможно.
После выхода из госпиталя Даян был направлен на штабную работу и установил тесные связи с британской военной разведкой на Ближнем Востоке. В конце 1942 года, когда после поражений при Эль-Аламейне и под Сталинградом угроза вторжения стран Оси в Палестину уменьшилась, Даян вернулся в Нахалал и занялся земледелием. Однако пять лет спустя, когда обострилась борьба с арабами и усилилась подготовка к войне, угрожавшей разразиться после провозглашения еврейского государства, он вернулся на службу в Хагану и занялся организацией бронетанковых и артиллерийских частей.
Когда началась война евреев за независимость (18 мая 1948 г.), Даян, ставший к тому времени майором, возглавил военные действия в секторе Иорданской долины, защищая родную Дганию от численно превосходящих сил сирийской армии. Из Дгании он возвратился на центральный фронт и командовал подразделениями, захватившими Рамле и Лидду. Назначенный после первой победы командиром батальона, Даян считался только с собственными установлениями, подбирая нужных людей и технику из других подразделений. Вскоре он заслужил репутацию храброго, толкового командира, совершившего ряд рейдов против более многочисленных арабских частей. Даян был вызван к Бен-Гуриону (первому премьер-министру и министру обороны Израиля), которого просто очаровал. Эта встреча способствовала быстрому продвижению Даяна по служебной лестнице во вновь организованной Армии обороны Израиля (ЦАХАЛ). Уже в августе Даян, получивший чин подполковника, продемонстрировал также и свои дипломатические способности, приняв участие в переговорах с целью окончания войны. Ко времени окончания войны в 1949 году он уже был генерал-майором и возглавил Южное командование.
После окончания военных действий Даян остался служить в армии и стал одним из главных сторонников «военной линии». Он работал над созданием Израильских сил обороны (ИСО), потому что Израиль, как и прежде, был окружен врагами, помышлявшими о его уничтожении. В 1953 году он стал начальником штаба ИСО. Даян провел реорганизацию и заменил многих старших командиров на молодых, более агрессивных офицеров. Он сократил число вспомогательных подразделений и вместе с тем усилил пехоту и бронетанковые части. Даян создал элитную авиационную часть и следил за тем, чтобы армия в целом состояла из отборных подразделений. От подчиненных командиров Даян требовал продолжения операции, если их потери не достигали по крайней мере 50 %. Своим людям (среди которых он был весьма популярен) Даян обещал не оставлять на поле боя раненых на произвол противника.
Израильские акции возмездия все более усиливались. После особенно резкого осуждения Израиля Советом Безопасности ООН за нападение на иорданскую деревню Кибия в декабре 1953 года ушел в отставку с постов премьер-министра и министра обороны Бен-Гурион. Однако перед своим уходом он отозвал Даяна с учебы в Англии и назначил его начальником генерального штаба. «Старик», как называли Бен-Гуриона сподвижники, восхищался умом Даяна, его нетрадиционными методами и уважением к нему со стороны армии, и генерал в военно-политическом плане продолжал проводить линию «старика».
В 1956 году, во время кризиса, охватившего весь Ближний Восток, Даян получил возможность испытать свою армию на деле. Не дожидаясь формального объявления войны, он сосредоточил свои десантные войска на горных дорогах в нужных местах и провел молниеносное наступление на Египет силами бронетанковых войск и мотопехоты. Утром 29 октября израильские войска перешли границу на трех участках. В течение ста часов непрерывных боев египетская армия была разбита и окружена. Синай и сектор Газа были оккупированы, шесть тысяч солдат взяты в плен вместе с огромным количеством вооружений и боеприпасов. Почти все время Даян, вместо штаба, провел на передовой. Он не мог иначе: «Мое место – среди бойцов на передовой линии».