Не многие знают, что гонения на художника усилились с окончанием Великой Отечественной войны. Съемочную группу трагические события застали в лесах Западной Украины, где разворачивалась работа над картиной «Песня о Довбуше». Так Кавалеридзе с группой остался на оккупированной территории. Узнав о том, что здесь в глуши застрял знаменитый режиссер, фашисты разрешили ему вернуться в Киев, где 8 октября 1941 г. он вошел в Союз украинских писателей. Как писала тогда газета «Украинское слово», правление считало «своей первой задачей объединить всех украинских литературных работников и направить их творческую работу на пользу украинской национальной культуре». Отдел искусств в городской управе возглавил Кавалеридзе, до этого ради пропитания продававший свои картины на рынке. Но его хватило всего на несколько месяцев: вскоре он оставил должность и просто прятался от фашистов. А когда к нему однажды пришел немецкий офицер и заказал бюст Гитлера, Кавалеридзе схитрил: «Без натуры не леплю», хотя Ленина и Сталина лепил по памяти – обоих видел издали, выступающими с балкона и трибуны. Но этого было достаточно, чтобы впоследствии обвинить скульптора в сотрудничестве с захватчиками. Поэтому долгие годы ему больше запрещали, чем разрешали.
А после печально известного хрущевского скандала на выставке в Манеже на Кавалеридзе навесили ярлык формалиста. По приказу ретивых чиновников за одну ночь уничтожили памятник Шевченко в Сумах, под постоянной угрозой разрушения оказались монументы в Полтаве и Ромнах. Сценарии Кавалеридзе перестали включать в планы съемок киностудий. Но используя свой бесценный опыт сценариста и режиссера, Иван Петрович начал писать драмы. Однако из 12 его законченных пьес в условиях творческих гонений удалось поставить только четыре. Одна из них, «Перекоп», с успехом прошла только в 1967 г. в Харьковском театре украинской драмы. Так харьковчане поддержали автора, который в Киеве находился под негласным запретом.
Кавалеридзе по праву называют зачинателем украинского исторического кино. Ему же принадлежит идея озвучивать музыкальные фильмы голосами признанных певцов. Так, чтобы «оправдаться» перед Сталиным за «Прометея», Кавалеридзе «сделал приятное вождю народов», сняв шедевры украинской классики – кинооперы «Наталка-Полтавка», где исполнительница главной роли Катерина Смеловская поет голосом Литвиненко-Вольгемут; и «Запорожец за Дунаем» с Лесем Сердюком (за кадром звучит голос Козловского). Это была творческая находка режиссера, новое слово в кинематографе. Следует сказать, что он первым увидел в Людмиле Гурченко драматическую актрису и пригласил ее на главную роль в картину «Гулящая» (1961 г.) по роману П. Мирного. Критика в те годы отнеслась к фильму прохладно: ведь звезда «Карнавальной ночи» играла проститутку, которая сначала заболела сифилисом, а потом и вовсе замерзла у порога собственного дома. Картина по этой причине имела не слишком широкий прокат, хотя в основе фильма – классическая литература. Может быть, и по этой причине Кавалеридзе больше практически не снимал.