Первыми узниками крепости стали в феврале 1718 г. сын Петра I Алексей Петрович, бояре А. В. Кикин, А. Ф. Лопухин, В. В. Долгорукий, сестра царя Мария Алексеевна и другие, арестованные по «царевичеву делу». Царевич Алексей – старший сын Петра от нелюбимой Евдокии Лопухиной – с отцом никогда не ладил, сторонясь всех его реформаторских преобразований. Петр, как мог, старался привлечь сына к своим делам, дать ему образование, но все было тщетно. Царевич бежал за границу, пытался организовать заговор против отца, но в конце концов его возвратили и поместили в Петропавловскую крепость, где он в 1718 г. после нечеловеческих пыток скончался и по указанию Петра был похоронен в недостроенном Петропавловском соборе. Вскоре родилась легенда о том, что Петр приказал установить над могилой сына гигантский шпиль, дабы крамола, исходящая от праха царевича, не распространилась по Руси. А время от времени возникали слухи о том, что его «тихо придушили по указанию отца». А у Пушкина было записано такое предание: «Царевича Алексея положено было отравить ядом. Денщик Петра Первого Ведель заказал оный аптекарю Беру. В назначенный день он прибежал за ним, но аптекарь, узнав, для чего требуется яд, разбил склянку об пол. Денщик взял на себя убиение царевича и вонзил ему тесак в сердце».
Одна из легенд об узниках Петропавловской крепости посвящена княжне Таракановой, выдававшей себя за дочь императрицы Елизаветы Петровны, рожденную от законного брака ее с фельдмаршалом графом Алексеем Разумовским.
Об этой самозванке писали многие иностранные газеты. Они утверждали, будто претендентка на русский престол путем предательства и обмана была привезена из Италии в Россию графом Алексеем Орловым и заключена в Алексеевский каземат Петропавловской крепости. 10 сентября 1777 г. во время одного из петербургских наводнений она погибла в своем каменном заточении, затопленная водами разбушевавшейся Невы.
Эта легенда стала поводом для написания художником Флавицким картины «Княжна Тараканова», появившейся на одной из художественных выставок в Академии художеств в 1867 г., а затем отправленной на Парижскую всемирную выставку. На полотне изображена женщина, одетая в поношенное и уже изорванное платье из атласа и бархата, стоящая на тюремной койке, покрытой овчинным одеялом. В окно с железной решеткой хлещет вода и наполняет комнату. С ужасом и отчаянием смотрит несчастная на свою неизбежную гибель.
Узниками «русской Бастилии» были все поколения русских революционеров, включая декабристов и народовольцев. Осенью 1861 г. в связи со студенческими волнениями правительство закрыло Петербургский университет и около трехсот студентов было заключено в Петропавловскую крепость. Вероятно, тогда и появилась на одной из стен крепости со стороны Невы крупная надпись масляной краской: «Петербургский университет».
В 1917 г. арсенал Петропавловской крепости снабжал оружием отряды Красной гвардии. В 9 часов вечера 25 октября из крепости был дан орудийный выстрел, послуживший, как и выстрел с крейсера «Аврора», сигналом к штурму Зимнего дворца. В ночь на 26 октября в крепость были доставлены арестованные министры свергнутого Временного правительства.
С мая 1993 г. Петропавловская крепость является заповедником. На ее территории расположен Музей истории города.
Ансамбль Петропавловской крепости прочно вошел в сознание как образ всего Петербурга. Ушли в прошлое темные страницы его истории, остались только светлые, живо напоминающие о «величье славных дел Петра».
Петропавловский собор
Одной из главных примет Петербурга является шедевр русского зодчества XVIII в. Петропавловский собор, колокольня которого с ее сияющим шпилем придала Петропавловской крепости, да и самому городу, неповторимый облик.
Собор во имя святых апостолов Петра и Павла в Петропавловской крепости построен на месте деревянной церкви, заложенной в 1703 году. Церковь была возведена в голландском стиле с высокой башней, венчающейся шпилем. Каждый час колокола, установленные на ее башне, вызванивали мелодию, оповещая петербуржцев о времени суток.
Закладка каменного собора, проектирование и строительство которого были поручены архитектору Д. Трезини, состоялась в июне 1712 г., в день рождения Петра I. По требованию царя сначала возводилась многоярусная колокольня собора. Уже в августе 1717 г. канцелярия доносила царю: «Колокольня святые Петра и Павла камнем вся отделана… и шпиц связывают». А еще через три года строительство колокольни было в основном завершено. Только деревянный шпиль оставался не укрытым листами вызолоченной меди.
Мощное прямоугольное основание колокольни как бы подчеркивает немыслимую тяжесть всего сооружения. И только пилястры чуть оживляют его мрачную суровость, да перед входом небольшой портик с восемью колоннами будто искусственно приставлен к западной стене. А две ниши по краям фасада выставляют напоказ толщину кладки.