Невзгоды минувших восьми столетий не обошли стороной этот одинокий памятник, утративший свои важнейшие элементы, но сохранивший основное ядро. Более того, в 1784 г. игумен Боголюбова монастыря просил разрешения на разборку храма Покрова на Нерли на материал для строительства монастырской колокольни. Разрешение от духовного начальства было получено, но храм не успели разрушить лишь потому, что не сошлись в цене за разборку с подрядчиками. Здание уцелело. В 1803 г. оно получило взамен древней шлемовидной существующую и ныне луковичную главу. В середине XIX в. к северу от храма были выстроены кирпичные ворота с колокольней. В 1877 г. духовные власти предприняли ремонт здания. Были заменены поврежденные резные детали и сделано покрытие со сферической кровлей, скрывшей прямоугольный постамент и низ барабана.
Несмотря на все эти существенные переделки, храм Покрова на Нерли и сегодня привлекает множество туристов своей оригинальностью, редкой красотой и образным строем.
Как повествует легенда, церковь была построена в 1165 г. неподалеку от загородного замка князя Андрея Боголюбского, в память о победоносном походе владимирских полков в 1164 г. на болгар. Побежденные болгары якобы возили и камень для ее постройки в качестве своего рода контрибуции. Кроме того, храм стал памятником сыну князя Андрея Изяславу, погибшему в одном из сражений. Был еще один повод для сооружения святыни – новый церковный праздник Покрова Богородицы, установленный владимирскими князьями и духовенством без согласия киевского митрополита и патриарха. Кроме того, устье Клязьмы и Нерли служило воротами суздальской земли и выходом к Оке и Волге. Мимо храма шли корабли из Суздаля и Ростова, суда послов и гостей из стран Востока. Храм связывался единым замыслом с белокаменным княжеским замком и даже с постройками самой столицы княжества – Владимира.
Можно представить, что именно в этом месте гости и послы останавливались, поднимались по ступенькам лестницы на площадку белокаменного холма к храму, присутствовали на богослужениях, входили на хоры, а затем плыли в Боголюбов-город и во Владимир.
Есть свидетельства, что место для храма указал сам Андрей Боголюбский. Правда, в 1165 г. здесь была низменная пойма, над которой на три с лишним метра разливалась вода во время весеннего разлива. Но зодчие не отказались от рискованного княжеского плана, заложив обычный фундамент из залитого прочным раствором булыжного камня, подошва которого легла на слой тугой юрской глины. Для большей прочности ввели внутри ленточные фундаменты, связавшие фундаменты стен и столбов. Далее было возведено в два приема основание стен из тесаного камня высотой около 4 метров и дважды обсыпано снаружи и внутри глинистым супесчаным грунтом. Так вырос искусственный холм, надежно прикрывавший от весеннего паводка лежащее в его массиве основание здания. На этом фундаменте, поднятом над отметкой разлива, и был поставлен храм с его галереями. Зодчие не ограничились плитами, проложили каменные желоба для отвода осадков и «одели» холм белоснежным каменным панцирем. Можно себе представить, каким сверхъестественным чудом казалось людям XII в. это сооружение, неподвижно стоящее на своем каменном острове над бурными водами разлива.
По замыслу строителей, храм должен был представлять собой тот тип небольших одноглавых четырехстопных церквей, которые известны по Боголюбовскому и Дмитровскому дворцовым комплексам. Но в этой простой и ясной схеме мастера воплотили новый образ. Он выражен всем строем пропорций здания, его форм и деталей, создающих впечатление легкости, изящества и в то же время удивительного равновесия.
Точно так же выражено ощущение движения в восточном фасаде. Средняя апсида слегка возвышается, разрывая горизонталь венчающего колончатого пояса. Ее окно тоже несколько приподнято и вырывается из строя окон боковых апсид, подчеркивая ось равновесия фасада и его легкое устремление ввысь.
Стены храма слегка наклонены внутрь, и этот еле заметный наклон к центру ощущается глазом как сильный ракурс, возможный лишь при большой высоте здания, которую подчеркивают и многообломные пилястры с полуколоннами, пронизывающие фасад пучками стремительных вертикалей. В верхнем ярусе к ним присоединяются новые вертикали профилировки закомар и узких высоких окон, поставленных прямо на отлив и освобождающих верхнюю часть стены. Колонки пояса близко сдвинуты, так что глаз прежде всего улавливает множество тонких вертикалей, вместо клинчатых консолей впервые появились маски и фигурки животных, как бы висящие, подобно драгоценным подвескам, на тонких шнурах. В этих объемных трехмерных деталях можно подозревать руку романских резчиков. Над закомарами поднимается на своем пьедестале (он скрыт под кровлей) стройный барабан главы, вторящий фасадным вертикалям своими узкими окнами в обрамлении полуколонок и тающими в небе плавными линиями древнего покрытия главы – островерхого шлема.