Громкий процесс, за которым следил весь мир, начался в пригороде Вашингтона 6 марта 2005 года и продолжался два месяца. Сначала были выбраны присяжные, которые должны были определить степень виновности заговорщика. Первый этап длительного процесса выборов завершился без участия подсудимого. Доставленный в зал суда Муссауи назвал выборы жюри присяжных и сам судебный процесс «цирком» и потребовал от судьи слова, чтобы выразить недоверие своей защите. «Мои адвокаты меня не представляют», — успел заявить он, после чего был выведен из зала Федерального суда города Александрии штата Вирджиния.
Процедура выборов жюри завершилась к 6 марта 2006 года. Обвинителей и адвокатов интересовало отношение кандидатов к исламу, участие в ветеранских организациях и членство в Национальной ассоциации винтовки и Союзе гражданских свобод США. Прокуроры и адвокаты предупредили присяжных, что для того, чтобы услышать и увидеть свидетельские показания, кадры хроники, выступления родственников погибших и оставшиеся в магнитофонной записи голоса жертв теракта, потребуется немало сил и мужества. Но присяжные должны понять масштабы терактов, осуществленных членами «Аль-Каиды», такими же, как подсудимый Муссауи.
Итак, от присяжных заседателей ожидали только двух вердиктов для обвиняемого: пожизненное заключение или смертная казнь.
В начале следствия Закария, оказавшийся единственным человеком, задержанным по обвинению в подготовке сентябрьских терактов в США, отрицал свою причастность к трагическим событиям, но затем признался, что должен был принимать участие терактах. В частности, в его задачу входил захват пассажирского самолета и последующая атака на Белый дом. Однако менее чем за месяц до нанесения спланированных Усамой Бен Ладеном атак на Всемирный торговый центр в Нью-Йорке и здание Пентагона в Вашингтоне Муссауи был арестован в штате Миннесота. Ему были предъявлены обвинения в нарушении иммиграционного законодательства. Сидя за решеткой, он лгал следователям для того, чтобы не помешать проведению терактов. Комиссия Конгресса пришла к выводу, что еще задолго до атаки на Нью-Йорк ФБР заподозрила Муссауи в связях с террористами, и только из-за бюрократических проволочек спецслужбе не удалось предотвратить теракты. Кроме того, выяснилось, что американские спецслужбы еще до 11 сентября располагали информацией о том, что арестованный в Миннеаполисе студент летной школы Закария Муссауи занимался крайне подозрительной деятельностью, однако попытка сотрудников ФБР проверить жесткий диск его компьютера была заблокирована вышестоящими инстанциями. Комиссия, изучавшая обстоятельства атаки 11 сентября, пришла к выводу о том, что если бы по делу Муссауи вовремя началось следствие, то трагедии, возможно, удалось бы избежать. Он мог оказаться тем ключевым звеном, потянув за которое вовремя, спецслужбы могли бы предотвратить теракты, впоследствии унесшие жизни почти трех тысяч человек.
«Да, я моджахед, воин Аллаха, если Аллах примет меня, и в ваших глазах я террорист. Но это не означает, что я принимал участие в атаках 11 сентября, — поначалу заявил Закария. — И ФБР об этом знает, потому что они следили за всеми моими действиями и контактами и в США, и за границей». В свою очередь, правительство США утверждает, что никакой слежки за Муссауи, вплоть до его ареста в августе прошлого года, не было. Вашингтон не возражал и против проведения повторной экспертизы личных вещей Муссауи, захваченных во время ареста с целью обнаружения в них «жучков». Такой экспертизы настоятельно требовал и сам подсудимый.
Слушания по этому делу транслировались по просьбе подсудимого по кабельному телевидению — таким образом Муссауи надеялся обеспечить объективность процесса. На первом же заседании суда подсудимый отказался от услуг адвокатов. Один из них был назначен общественным защитником Муссауи три года назад. Однако Муссауи обозвал своего адвоката «свиньей», поскольку юрист, по его словам, сотрудничал с обвинением. После этого адвокат и сам отказался представлять интересы своего клиента. До этого адвокаты, защищающие Муссауи, пытались убедить суд, что обвиняемый страдает психическим расстройством и не осознает, что делает, значит, ему нельзя выносить смертный приговор, следует ограничиться пожизненным тюремным заключением. 18 апреля 2006 года перед судом выступил социальный работник приюта для умственно отсталых детей Ян Воджелсанг. Он утверждал, что Муссауи, сын разведенных родителей, содержался в приюте, пока ему не исполнилось шесть лет. По свидетельству Воджелсанга, в семье Муссауи практиковались побои, а среди родных обвиняемого много умственно неполноценных. Адвокаты также были намерены добиться смягчения приговора еще и потому, что, по их мнению, смертная казнь сделает Муссауи мучеником в глазах исламского мира.
Но Генеральный прокурор Альберто Гонсалес утверждал, что Муссауи вполне вменяем. Он заявил: «Эти обвинения подразумевают высшую меру наказания. И мы будем настаивать на смертной казни».