Окружной судья Леони Брайнкем после самоотвода адвоката решила удовлетворить требование Муссауи. «Обвиняемый уже признал свою вину, и речь идет не о его защите, а о вынесении приговора», — постановила она, однако все-таки назначила Муссауи защиту, которую, впрочем, подсудимый постоянно оскорблял. Так называемый «двадцатый угонщик» заявил в своем выступлении, что считает адвокатов соучастниками заговора, целью которого является его физическое уничтожение. По его словам, они заинтересованы только в удовлетворении своего тщеславия и жажды наживы.
Муссауи обвинили в сотрудничестве с террористической организацией «АльКаида» с целью организации терактов, воздушном пиратстве, использовании оружия массового поражения, в подготовке убийства правительственных служащих и уничтожении государственной собственности, а также даче ложных показаний (всего шесть пунктов обвинений). По американским законам только за четыре из шести обвинений ему грозила смертная казнь.
Во время разбирательства судья спросила Муссауи, понимает ли он, каковы выдвинутые против него обвинения и какое наказание они могут повлечь за собой. «Да, разумеется, — отвечал он. — Я не ожидаю от американцев никакого снисхождения». На каждом заседании суда в Александрии присутствовали родственники погибших 11 сентября. Был среди свидетелей и бывший мэр Нью-Йорка Рудольф Джулиани. Он рассказывал об ужасающих последствиях атаки на Всемирный торговый центр в Нью-Йорке. «Он [Муссауи] лгал ФБР. Если бы он говорил правду, то, возможно, предотвратил бы это [теракты]. Для меня уже одно это обстоятельство делает его весьма ощутимой и важной частью заговора», — говорил Джулиани.
Выступление на суде бывшего мэра, ставшего для страны одним из символов той трагедии, должно было, по мнению обвинения, помочь убедить присяжных приговорить Муссауи к смертной казни. Показания Джулиани произвели сильное впечатление на присяжных. Девять мужчин и три женщины — таков был состав присяжных — потрясенно слушали его, в то же время Муссауи всячески демонстрировал, что получает удовольствие от увиденного и услышанного. А один раз он даже произнес: «Да испепелит Бог Соединенные Штаты!» Самым ужасным на суде был момент, когда Джулиани, глядя на кадры хроники, едва сдерживал слезы, а Муссауи смеялся. Присяжные видели это. Казалось, прокурорам больше ничего и не надо, чтобы добиться смертного приговора. Тем более что никаких веских аргументов в защиту Муссауи адвокаты не могли привести, разве что с помощью врачей доказать, что он шизофреник.
Первая фаза суда завершилась вердиктом, позволяющим приговорить обвиняемого к смерти, поскольку он несет прямую ответственность за гибель не менее чем одного человека. Но после 6 апреля 2006 года началась вторая фаза. Суд еще три недели слушал свидетельские показания, и только на их основании присяжные должны были решить, приговорить ли обвиняемого к смертной казни. Прокуроры старались всеми средствами убедить присяжных в необходимости смертного приговора. Одним из наиболее сильных аргументов стало обнародование в суде аудиозаписи с одного из разбившихся самолетов. Пока присяжные в оцепенении слушали голоса пассажиров, Муссауи сохранял спокойствие. А когда гособвинение демонстрировало кадры с изображением людей, сгоревших заживо после падения одного из четырех захваченных самолетов на здание Минобороны, Муссауи улыбался, а в конце заседания закричал: «В следующий раз сожгите Пентагон дотла! Да проклянет Аллах вас всех, да благословит Аллах Усаму!»
В ходе заседаний суда Муссауи в ответ на вопрос, что он вообще думает о терактах 11 сентября 2001 года, не один раз заявлял, что не испытывает ни сожалений, ни угрызений совести. Дважды до этого отвергавший свою вину, Муссауи неожиданно объявил, что он действительно был членом «АльКаиды» и дал клятву на верность Усаме Бен Ладену. «Я точно знаю, когда было принято решение [о террористической атаке] и кто именно все это сделал, — сказал на заседании суда Муссауи. — Я знаю очень много всего». Тридцатилетний террорист дал понять, что расскажет обо всех деталях нападения на Америку только в том случае, если ему сохранят жизнь. Муссауи также заявил, что он располагает секретными сведениями, которые, по его словам, заставят правительство «немедленно прекратить дело» в его отношении.
На судью Леони Брайнкем этот нехитрый маневр подсудимого не произвел особого впечатления. Муссауи так горячо убеждал присутствующих, что он может быть полезным американскому правосудию, что его несколько раз призывали замолчать. В какой-то момент судья даже пыталась позвать на помощь охранников, чтобы те силой вывели подозреваемого из зала суда. Но в последний момент Муссауи поднял вверх обе руки в знак признания поражения, и силовая акция не потребовалась. В итоге судьи — весьма редкий случай в истории американской юстиции — не захотели принять признание вины. Они внимательно выслушали обвиняемого, но «утвердить» его раскаяние отказались. Французский алькаидовец Муссауи не смог уговорить власти пойти с ним на сделку.