22 июля 1994 года приемные пункты АО «МММ» были опечатаны, а 28 июля Мавроди выступил с протестом против действий налоговой службы и затем больше двух недель не выходил из собственной квартиры. Как только стало известно о закрытии пунктов скупки, началась настоящая паника. Вкладчики бросились изымать свои деньги, и «пирамида» «МММ» обрушилась, что довольно быстро сказалось и на других подобных структурах. Но, как ни парадоксально, даже эта паника оказалась на руку Мавроди. Тысячи пострадавших вкладчиков еще крепче сплотились вокруг знамени «МММ»: они связывали с компанией все свои надежды и склонны были видеть причину краха в грубом вмешательстве государства. И когда налоговики вывели бизнесмена из дома и усадили в машину, ее сразу окружила толпа. Раздавались призывы к расправе над полицией и крики: «Руки прочь от Мавроди!». Великий комбинатор понял, в чем теперь его сила. В сентябре 1994 года, уже находясь в тюрьме, начал. предвыборную кампанию и, получив 29 % голосов избирателей от города Мытищи, был избран депутатом Госдумы. Естественно, уголовное дело о сокрытии доходов было приостановлено, и Мавроди освободили. Сергей Пантелеевич показался в Думе всего один раз, предпочтя вновь раскручивать «пирамиду» «МММ». В программах «Взгляд» и «Прессклуб» Мавроди откровенно объяснил телезрителям, что если бы его «пирамида» и обрушилась, то только лет через пять, и убытки при этом понесли бы не россияне, а жители ближнего и дальнего зарубежья, но скандал с «МММ» и арест самого Мавроди помешали реализации этого проекта. Тем временем над головой не в меру увлекшегося коммерсанта снова сгущались тучи: государство приводило в порядок рынок ценных бумаг и Уголовный кодекс. В конце марта 1995 года против Мавроди впервые было возбуждено дело по статье «мошенничество». В октябре с него досрочно сняли депутатские полномочия. Потеря депутатской неприкосновенности, впрочем, серьезных хлопот комбинатору не причинила. Поскольку по законам 1990–1994 годов никакого особого криминала в деятельности «МММ» не было, следствие по его делу велось очень вяло, то возобновляясь, то приостанавливаясь. Сергея Пантелеевича даже ни разу не вызывали на допрос.
В том же 1995 году Мавроди пытается снова попасть в Госдуму, на этот раз во главе собственной партии — «Партии народного капитала». Следующими в федеральном списке партии шли его жена Елена и брат Вячеслав. Однако партия не получила ожидаемой народной поддержки. Сергей Пантелеевич убедился, что «низы» ему больше не верят, а «верхи» не собираются и близко подпускать к рулю. В этот раз, всерьез опасаясь ареста, он предпочел окончательно уйти в тень. Власти заметили его исчезновение, когда уже было поздно. В 1997 году было возобновлено дело о мошенничестве, а в 1998 году Мавроди объявили в федеральный, а когда появилась информация о том, что он находится в Греции, и международный розыск. Только к 2002 году российские спецслужбы установили, что основатель скандально известной «пирамиды» то ли вернулся из-за границы, то ли вообще никуда не уезжал и скрывается где-то в Москве и ее окрестностях, на удивление умело конспирируясь и постоянно меняя место жительства.
В подполье Сергей Пантелеевич вовсе не сидел сложа руки. Каждое утро он садился за компьютер и играл через посредников на фондовом рынке России — работал с кредитами, акциями, заключал договоры. Летом 1998 года он даже дал эксклюзивное интервью газете «Совершенно секретно», в котором уверенно предсказал грядущий дефолт («в условиях сформировавшейся олигархии иначе просто не может быть») и справедливо отметил, что выпущенные вскоре после краха «МММ» государственные краткосрочные облигации оказались как раз самым ярким примером «“пирамиды”, в основании которой нет ничего, кроме правительственных обещаний». Тогда же Мавроди заявил, что «проблемы акционеров «МММ» — дело самих акционеров “МММ’», поскольку отказ поддержать «Партию народного капитала» в 1995 году для них означал отказ от борьбы за собственные деньги.
А тем временем вся семья Мавроди была при деле. Елена в 1997 году баллотировалась в депутаты Госдумы от Тулы. Вячеслав Мавроди под лозунгом возврата долгов «МММ» создал свою «пирамиду», но в 1998 году попался на незаконных операциях с золотом, ударился в бега и был арестован в январе 2001 года. А в 1999 году в суд штата Массачусетс был подан иск против некой Оксаны Павлюченко за организацию в Интернете виртуальной биржи Stock Generation, на которой прогорели десятки тысяч американцев и европейцев. Оксана Павлюченко, девушка двадцати с небольшим лет, оказалась троюродной сестрой Сергея Пантелеевича, и эта афера тоже была записана на счет знаменитого семейства.