Но всему когда-нибудь приходит конец. Как только сыщики установили, что Мавроди находится в Москве, кольцо вокруг беглеца стало сжиматься. Понадобился примерно год, чтобы отследить схемы его передвижения. Задача была не из легких: он не находился на одном месте больше трех дней, деньги и связи позволяли ему каждый месяц менять квартиры и подмосковные дачи. Договор об аренде оформлялся на подставных лиц, да и сам Мавроди несколько лет пользовался поддельным паспортом на имя Юрия Зайцева, жителя Петербурга. Вечером 31 января 2003 года оперативники Главного управления уголовного розыска МВД арестовали Мавроди, который благоразумно не стал оказывать сопротивление. Опомнившись от первого потрясения, Мавроди взял с полки книжку Михаила Князева «История одного преступления. Сергей Мавроди, великий и ужасный» и поставил на титульном листе автограф: «На добрую память уголовному розыску, 31.01.03 г.». Юмор не изменил ему даже в такую минуту.
«Коммерсант» пишет, что в момент появления оперативников на Мавроди был кудрявый черный парик. «Едва ли не самый разыскиваемый в России аферист только с помощью парика пытался изменить свою внешность. Никаких пластических операций, о которых писали в СМИ, он не делал», — сообщил заместитель начальника оперативно-разыскного бюро Главного управления уголовного розыска Константин Крысанов. Однако условия конспирации были настолько строгими, что хозяин «МММ» фактически являл собой пример добровольно заключенного. На людях он никогда не появлялся, а свежий воздух мог глотнуть по дороге из дома к шестисотому «мерседесу», который вплотную подгоняли к его подъезду. Поэтому, несмотря на то что в его квартире был оборудован настоящий спортзал, заметно сдал: постарел и растолстел.
Изначально, в феврале 2003 года, Мавроди вменялись три статьи УК — мошенничество в особо крупных размерах (ст. 147 Уголовного кодекса РСФСР), уклонение от уплаты налогов и использование заведомо ложного документа. Подделка паспорта тянула примерно на год отсидки (впрочем, этот срок Мавроди уже отбыл, сидя в изоляторе, а доказательств использования Мавроди поддельного паспорта у следствия не было). При этом Хамовнический суд Москвы учел тот факт, что подсудимый полностью признал свою вину и раскаялся в содеянном, имеет положительные характеристики, а на его иждивении находится несовершеннолетний ребенок — семилетняя дочь.
Два других обвинения были значительно серьезнее. Сергею Пантелеевичу инкриминировали хищение средств вкладчиков (10,5 тысяч человек) на сумму более 270 млрд неденоминированных рублей. «Всю Россию разворовали, а человека, который в экономику деньги вкладывал, посадили!» — возмущались собравшиеся в коридорах районного суда постаревшие вкладчики «МММ». Сочувствующих Мавроди было гораздо больше, чем тех, кто требовал привлечь к ответу «пирамидостроителя». Сам подсудимый, одетый в толстовку, спортивные штаны и коричневые домашние тапочки, был доставлен под бдительным присмотром бойцов спецназа Минюста в суд из СИЗО Матросская Тишина, где он содержался с момента ареста. В январе 2004 года СК МВД снял с Мавроди обвинение в уклонении от уплаты налогов с формулировкой «в связи с истечением сроков давности». «Лирамидщику» простили 8,5 (!) млрд рублей недополученных государством налогов.
Таким образом, обвинение в мошенничестве стало единственным. Гособвинитель Амалия Устаева из Генпрокуратуры сразу же потребовала продлить подсудимому срок содержания под стражей до шести месяцев. В ответ адвокаты Мавроди заявили два ходатайства: о возвращении дела прокурору для устранения нарушений закона при ознакомлении с материалами дела и об изменении меры пресечения. «Мы просим освободить Мавроди под личное поручительство одиннадцати граждан (все они — бывшие вкладчики «МММ») либо изменить ему меру пресечения на любую другую, не связанную с лишением свободы, — попросила адвокат Макарова. — Хотя следствие и утверждает, что Мавроди от него скрывался, но это спорный вопрос. Сам он говорит, что скрывался не от следствия, а от разъяренных вкладчиков».
Ее поддержал другой адвокат Мавроди, Карен Нерсисян: «Сергей Пантелеевич более двух лет добросовестно ознакомлялся с материалами дела и изучил 250 из более чем 600 томов, — сказал он. — И лишь один раз сорвал график ознакомления из-за болезни». Защитник заверил, что в том случае, если его клиента выпустят на свободу, то Мавроди сможет расплатиться со всеми вкладчиками, поскольку в ходе следствия было установлено: по его указанию доверенные лица скупили 66 млн акций «Газпрома». «Умножьте их на 8 долларов за одну штуку, и получится полмиллиарда. Этого вполне хватит, — провел нехитрый расчет адвокат. — К тому же Мавроди говорит, что у него много акций других компаний, но он не может их назвать, так как их у него могут опять украсть».