В итоге «ЮКОС», «ВНК», «Томскнефть», «Юганскнефтегаз» и «Самаранефтегаз» остались практически без активов и с «висящей» на них колоссальной задолженностью всего фактически уже не существующего холдинга. Акционеры этих компаний могли использовать свои ценные бумаги с тем же успехом, что и акции скандально известного «МММ». Летом 2002 года гибралтарская «Труп Менатеп Лтд», владеющая 61 % акций нефтяной компании «ЮКОС», опубликовала список своих акционеров. Крупнейшим из них оказался президент «ЮКОСа» Михаил Ходорковский, чья доля в компании стоила около 7,8 млрд долларов. «Это первый случай в России, когда человек публично раскрыл размеры своего личного состояния. Ходорковский — первый официальный нефтяной олигарх», — отметили средства массовой информации. К тому же он решил сделать свою компанию открытой и деньги на ее развитие получать на фондовом рынке за счет покупки акций простыми людьми. Ему потребовалось стать «внятным» на западный манер, то есть научиться говорить так, чтобы инвестор, вкладывающий в «ЮКОС» деньги, понимал, как именно компания собирается эти деньги приумножить.
Самому «виновнику торжества» простоять на вершине удалось недолго. После встречи в Кремле 19 февраля 2003 года президента Путина с крупными промышленниками и предпринимателями по вопросам коррупции Ходорковский почувствовал прямую угрозу. Но он не скрылся из страны, а только собрал руководителей подразделений компании «ЮКОС» и сказал, что компанию ждут трудные времена, она будет атакована и атака эта будет сокрушительной. Ходорковский просил всех, кто не готов подвергнуться сокрушительной атаке, уволиться из компании немедленно, пока не начались трудные времена, чтобы потом не стать предателями. Почти никто не уволился. Некоторые стали предателями.
25 октября 2003 года в Новосибирском аэропорту Михаил Ходорковский был арестован, а вслед за ним и его ближайшие партнеры по бизнесу — Платон Лебедев, Андрей Крайнов и Светлана Бахмина.
У «ЮКОСа» еще есть возможность договориться с государством — так расценил рынок слова президента Путина о том, что правительство не заинтересовано в банкротстве такой компании, как «ЮКОС». Слова эти были произнесены сразу после того, как менеджмент «ЮКОСа» выкинул белый флаг — послал Фрадкову письмо, в котором предлагал погасить 3 млрд долларов долгов компании путем передачи государству части пакета акций Ходорковского. После этого рынок акций «ЮКОСа» побил все рекорды роста. А между тем шансы договориться были ничтожны.
В ходе разбирательства следствие установило, что «в течение 2000–2003 годов некоторые руководители и сотрудники НК «ЮКОС» похитили и легализовали путем вывода за рубеж денежные средства в размере около 7 млрд долларов США. Следствием выявлены схемы, разработанные для хищения выручки от добычи нефти и последующей ее легализации путем выплаты дивидендов подставным фирмам, зарегистрированным в ряде зарубежных стран», — говорится в сообщении Генпрокуратуры. Прокуроры также утверждают, что «для этих операций были привлечены различные лица, в том числе адвокаты, сотрудники различных коммерческих структур и банков». Это подтвердили и обыски в компании «Фаргойл», «дочках “ЮКОСа”». По мнению следователей, они продавали нефть по трансфертным ценам на экспорт, вырученные деньги перечислялись в офшоры, а оттуда выплачивались в виде вознаграждения топ-менеджерам «ЮКОСа» за консультационные услуги.
Существуют три (не противоречащие друг другу) версии активизации действий правоохранительных органов в отношении «ЮКОСа». Первая заключается в том, что российские власти стремились добраться до находящихся на Западе денег «ЮКОСа». Напомним, что ранее по их требованию уже были арестованы имеющие прямое отношение к компании банковские счета в Швейцарии, но затем они были разблокированы по решению судебных органов этой страны. Вторая версия — стремление как можно скорее завершить процесс передела активов «ЮКОСа». Третья версия — политическая. Она основана на том, что одним из основных объектов «внимания» правоохранителей стала именно «Открытая Россия». Александр Осовцов, директор программ «Открытой России», объясняет обыски в этой организации тем, что «сегодняшние российские власти не хотят позволить Михаилу Ходорковскому заниматься любого рода общественной деятельностью и проявлять свою гражданскую позицию. Давление на Фонд идет уже давно, в частности директора его филиалов в Воронеже и Красноярске проходят свидетелями по делу Ходорковского — Лебедева».